pymol scenariusz

Piaskownica

• fetch 5CF8 - pobranie kompleksu z bazy PDB
• co jest czym w pymolu, myszologia
• [A]ctions:
  • preset
  • zoom
  • remove waters
  • ...
• [S]how, [H]ide, [C]olors
• menu myszy: Selection: chain, atoms, residues ....
• dolne menu: [F]ullscreen, obroty, [S]ekwencja
• 💡 UWAGA: brak możliwości UNDO
• 💡 Zapisywanie sesji pymola

"Na czysto"

• reinitialize - ⚠️ Wyczyszczenie wszystkiego
• fetch 5CF8 (poprzez strzałkę w górę w command line prompt)
• remove waters
• Actions - preset - preety
• Dolne menu - select chains
• remove chain B
• extract ligand
• rename ligand
• duplicate białko

komendy

• bg_color
• ray - raytracing
• set transparency, 0.5
• jedno białko: hide everything, show surface
• kolor surface gray
• ray
• png plik1.png - zapis do pliku graficznego

---

• cartoon: loop rect oval tube | automatic -- zmiana reprezentacji makaronowej. Pokazać TAB do dokończenia komendy (po przyciśnięciu ESC

• set stereo mode, 10, stereo - lub z menu głównego

• set ray_trace_mode, 3 - dla cartoons, np (liczby 0 - default, 1,2,3)

• wiązania wodorowe distance wodorowe, receptor, ligand, mode=2

• dokąd idą wiązania? select residue, show as sticks/lines

---

• fetch 5TQ3
• align
• set grid_mode, 1
• set grid_mode, 0

wizards

• measurement - distance, angle
• label