pymol zaliczenie 2020A
Proszę wczytać w pymolu wskazaną strukturę a następnie:
- zostawić tylko jeden łańcuch białka (jeśli jest kilka)
- ustawić tło koloru białego (white)
- usunąć wodę ze struktury
- wyekstrahować ligand (jeśli mamy więcej niż jeden ligand to wybrać ten największy)
- ustawić reprezentację liganda: sticks
- reprezentacja białka: cartoon (kolor: rainbow)
- znaleźć wiązania wodorowe między ligandem a białkiem; zmienić ich kolor na widoczny (np niebieski)
- w białku podpisać aminokwasy, które tworzą wiązania wodorowe (labels)
- zmierzyć długość ligandu (wybrać arbitralnie najbardziej oddalone od siebie atomy w ligandzie)
- ustalić 3 "ładne" pozy (takie, w których dobrze widać kieszeń wiązania oraz ligand), dla nich zrobić raytracing a rysunki zapisać jako
png.
Aaaaaaby zaliczyć sprawdzian, proszę wysłać mi mailem:
- trzy wygenerowane obrazki, z imieniem, nazwiskiem oraz kodem białka w nazwie pliku (np
jan_kowalski_3XP2_1.png) - treść maila powinna zawierać następujące informacje:
Imię, nazwisko:
Nr indeksu:
Kod białka:
Grupa sprawdzianu: 2020A/B/C/D/E/...
Mój adres: 