Implementação do Algoritmo de Needleman-Wunsh com matriz de pontuação BLOSUM62.

Este repositório contém o algoritmo de alinhamento global par-a-par de Needleman-Wunsh com matriz de pontuação BLOSSUM62, constituído a partir de algoritmos polinomiais em relação ao número de nucleotídeos, no caso das moléculas de DNA e RNA, ou de aminoácidos, no caso das proteínas.

Instruções de como executar:

• Abra o terminal no diretório onde o arquivo "app.py" está localizado
• Execute o script com o comando: python3 app.py

Inicialmente, você receberá uma saída com três opções.

A primeira opção entrará em um submenu com exerícios de alinhamento propostos no projeto do curso "Algoritmos para Bioinformática", DCC/UFMG.

• 1. Resolver exercício 1
• 2. Resolver exercício 2
• 3. Resolver exercício 3
• 4. Resolver exercício 4: alinhamento de duas proteínas, sendo a primeira a glicoproteína Spike do vírus SARS-CoV-2, e a segunda sequência é também da proteína Spike, porém do SARS-Cov-1, que surgiu nos anos 2000.
• 5. Voltar ao Menu Principal

A segunda opção pode ser escolhida caso queira gerar um alinhamento com as suas proteínas de interesse.

A opção 3 você finaliza o algoritmo.

Implementação do Algoritmo de Needleman-Wunsch com Matrix BLOSUM62

MENU

Opção 1 : Resolver exercícios

Opção 2 : Alinhar própria sequência

Opção 3 : Sair

Autores:

Bruno Vinagre Ribeiro (Ciências Biológicas) https://github.com/brunovinr

Igor Cerqueira Andrade (Ciência da Computação) https://github.com/igorandradeio