DNA_FSM

Use finite-state machine to find gene.

目標

輸入一串以核甘酸ATGC組成的染色體序列，三個為一組基因碼，以ATG為開頭，結束於TAA、TAG或TGA，若序列中
找不到基因碼則顯示no gene is found

條件限制

1.基因碼為3的倍數
2.只有1種開頭ATG，結尾有3種TAA、TAG或TGA

有限狀態機

主要有兩個東西：「狀態」，「動作」，總共4個動作：「進入動作」、「退出動作」、「輸入動作」、「轉移動作」
「狀態」外圍有兩個橋接：進入狀態時的「進入動作」、離開狀態時的「退出動作」
「輸入動作」是根據當前狀態與輸入條件進行，也就是說在「狀態」內，會遭遇某些條件而有所動作，條件是被輸入到狀態內的
「轉移動作」是在特定轉移時進行，能轉換從這個「狀態」轉移到其他「狀態」

有限狀態機wiki

虛擬碼

1 建立對照表，ATGC對應0123
2 用對照表建立start矩陣與end矩陣，前者紀錄A到T到G順序(A接下來要接T，T要接到G)，後者依此類推
3 輸入染色體序列
4 逐一讀取字元，直到讀到A，開啟找開始基因碼ATG的狀態
    4.1 查對照表取得直行位置
    4.2 遇到字元是A時開啟開始狀態，紀錄開始字元數
    4.3 下個迴圈查找start矩陣看狀態，若開始狀態開啟，將直行的數字給橫列，對應字元移動的順序，紀錄開始字元數
    4.4 達到開始字元數3，紀錄開始位置，將開始字元數與開始狀態歸零
5 有了開始位置，照步驟4找T開頭的結束基因碼
    5.1 找到結束基因碼，紀錄頭尾都有的情況，紀錄結束位置，印出基因碼，開始和結束的位置都歸零
6 循環4到5步驟

結果