This project contains the software used in the paper "Fast Enumeration of Large k-Plexes" authored by Alessio Conte, Donatella Firmani, Caterina Mordente, Maurizio Patrignani, and Riccardo Torlone and published at the 23rd SIGKDD Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (KDD 2017).
- Linux
- python2 ( e.g. python2.7 )：跑 berlowitz 代码
- python3：跑
kplexes.py - c++11
- 枚举kplex部分需要安装 snap.py 库，
snap.py库对环境要求很高 - 实验代码已在
ubtuntu 18.04系统执行通过
-
关于python2
-
如果你的 python2 不是 2.7 版本，需要在
kplexes.py(代码大概在 108 行，路径：Topk-Coding/kplexes.py)的call函数中修改对应的py2版本号call("python2.7 %s %s" % (berexe, argstring), shell=True, stdout=DEVNULL)
-
-
安装 snap.py 库
-
可直接命令行安装：
pip install snap-stanford -
执行安装 ( e.g.
ubtuntu 18.04 & py2.7)：tar zxvf snap-stanford-5.0.0-5.0-ubuntu18.04.2-x64-py2.7.tar.gz cd snap-stanford-5.0.0-5.0-ubuntu18.04.2-x64-py2.7 sudo python2.X setup.py install
-
cd Topk-Coding
mkdir working_dir
mkdir splex_ans
mkdir input_data
mkdir input_data_c
mkdir ans
g++ -std=c++11 Coding.cpp -o Coding
./Coding XXX.input_file k
-
后台运行
./Coding XXX.input_file k & python3 kplexes.py --k=XXX --m=0 --fileName=XXX.input_file > ans/XXX.txt & -
查看进程：
ps -ef | grep Coding ps -ef | grep kplexes.py
-
查看版本当前操作系统内核信息：
uname -a -
查看当前操作系统版本信息：
cat /proc/version -
查看版本当前操作系统发行版信息：
cat /etc/issue -
查看 cpu 信息：
cat /proc/cpuinfo -
查看 python 具体版本：
python --version -
查看 python 具体安装路径：
which python -
查看 pip 具体版本：
pip --version -
查看 pip 具体安装路径：
which pip -
tar.gz 解压：
tar zxvf XXX.tar.gz -
zip 解压：
unzip XXX.zip -
vim 编辑：
vim /usr/bin/yum i ESC :wq / :q! -
查看系统 python 版本 ：
ll /usr/bin/python* -
备份 python 原版本：
mv /usr/bin/python /usr/bin/python.bak -
建立 python 软链接：
ln -s /usr/local/python27/bin/python2.7 /usr/bin/python -
恢复原来的 python 指向：
cp /usr/bin/python.bak /usr/bin/python -
pip 国内镜像源：
- 清华：
pip install 包名 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple - 阿里云：
pip install 包名 -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ - 豆瓣源（ python 指定 pip ）：
python -m pip install 包名 -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host pypi.douban.com
- 清华：
-
Coding.cpp中的ss_python_cmd文件后缀名(1115行)要与kplexes.py中的extension(33行)匹配 -
执行命令前需要创建
5个文件夹，否则会报错- mkdir working_dir
- mkdir splex_ans
- mkdir input_data
- mkdir input_data_c
- mkdir ans
-
修改命令行参数（
argparse&parser） -
注释
-
169行：
print("%s remove %d edges" % (datetime.today().strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S'), len(cond))) -
246行：
print("%s started %d threads (batch_size=%d, procnum=%d)" % (datetime.today().strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S'), i+1, batch_size, procnum), file = sys.stderr) -
250行：
print("%s ended thread %d" % (datetime.today().strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S'), i), file = sys.stderr) -
293行：
print(sorted_files)
-
-
k从命令行接收：- 27行：
k_cmd = args.k - 304行：
for k in [k_cmd]
- 27行：
-
注释
m的运算规则，从命令行接收：- 318行：
m = max(k**2, math.ceil(fatt)) - 401行：
m = max(k**2, math.ceil(fatt)) - 28行：
m = args.m
- 318行：
-
增加文件比较
- 29行：
fileNameStr = args.fileName - 297行：
if filename == fileNameStr
- 29行：
-
修改
print规则- 注释 413 行：
print(P, file=sys.stderr) - 增加代码 414 行：print(P)
- 注释 413 行：