This code compares the theoretical and practical length distributions of fragments.
“NC_001416” kodlu “bacteriophage lambda” isimli canlının genomu getgenbank() fonksiyonuyla çekildi ve “genom” değişkenine atandı. Length() fonksiyonuyla “genom” değişkeninin içerdiği char sayısı “genom_uzunlugu” değişkenine atandı.
Baz dizilimini fragmanlara ayıracak olan HpaII isimli “CCGG” dizilimli enzim tanımlandı.
Count() fonksiyonuyla canlının genomu üzerindeki “C” ve “G” bazlarının sayıları hesaplandı. Bu sayıların “genom_uzunlugu”na bölünmesiyle sitozin ve guanin bazlarının frekansları elde edildi. [P(C) ve P(G)]
HpaII enziminin baz dizilimi bağımsız olduğu için canlının genomu üzerinden hesapladığımız sitozin ve guanin bazlarının frekanslarının çarpımıyla HpaII enziminin olasılık değeri [P(CCGG)] hesaplandı ve bu değer Poisson formülünde kullanılmak üzere “lambda” değişkenine atandı.
Fragmanların uzunluklarının olasılığının hesaplandığı Poisson formülünde kullanılacak olan (x’e göre türevlenmiş) fonksiyon “fonksiyon” isimli değişkene atandı.
Strfind() fonksiyonuyla canlı genomunun içerisinde HpaII enziminin baz diziliminin bulunduğu kısımların yani Restriction Site (RS)’ların başlangıç indisleri “RS_index” değişkenine atandı.
Genomun HpaII enzimiyle fragmanlara ayrılması sonucu oluşacak fragman sayısı, genom üzerinde bulunan RS sayısından bir fazla olacak şekilde “fragman_sayisi” değişkenine atandı.
Her bir fragmanın baz diziliminin tutulacağı “fragman” değişkeni, cell() fonksiyonuyla 1 satırlı ve fragman_sayisi sütunlu olacak şekilde oluşturuldu.
İlk fragmanın baz dizilimi, genomun ilk indisinden “RS_index(1)-1” indisine kadar olacak şekilde “fragman(1)”e atandı.
For döngüsü kullanılarak son fragman hariç diğer fragmanlar da fragman(i) değişkenine yerleştirildi. Bu işlem için i = 2 : (fragman_sayisi-1) belirlendi.
Genom üzerinde başlangıç indisi “RS_index(i-1)” ve bitiş indisi “RS_index(i)-1” olan fragmanlar, fragman(i) değişkenine yerleştirildi.
Son fragmanın da başlangıç ve bitiş indisleri “RS_index(end) : end” olacak şekilde fragman(end) kısmına yerleştirildi.
Böylelikle HpaII enzimiyle fragmanlara ayrılan genomun, her bir fragmanının baz dizilimi, “fragman” değişkeninin hücrelerinde tutulur hale geldi.
Teorik olarak kaç adet fragmanın hangi uzunluğa düşeceğinin tutulacağı “beklenen_dagilim” değişkeni zeros() fonksiyonu kullanılarak 1 satırlı ve 7 sütunlu olacak şekilde sıfırlarla dolduruldu.
Not: Fragmanlar, 7 adet uzunluk aralığına dağıtılacağı için 7 sütun belirlendi.
[0,100),[100,200),[200,300),[300,400),[400,500),[500,600),[600,48502)
Fragmanların integralde belirtilen sınır aralığında baz içermesi ihtimali, integral() fonksiyonu ile “fonksiyon” değişkeninin belirli integrali alınarak hesaplandı. (Poisson dağılımı)
Her bir aralık için hesaplanan teorik olasılık değerleri, toplam fragman sayısı ile çarpılarak ilgili aralığa düşen fragman sayısı hesaplandı. Bu değerler “beklenen_dagilim(i)” değişkenine atandı.
Fragmanların gözlenen uzunluklarının depolanması için zeros() fonksiyonuyla 1 satırlı 7 sütunlu “gozlenen_dagilim” değişkeni oluşturuldu.
For döngüsüyle her bir fragmanın uzunluğunun hangi aralığa düştüğünün kontrolü yapıldı. Bu işlem için if, elseif, else yapısı kullanıldı.
[0,100) aralığı için gozlenen_dagilim(1),
[100,200) aralığı için gozlenen_dagilim(2),
[200,300) aralığı için gozlenen_dagilim(3),
[300,400) aralığı için gozlenen_dagilim(4),
[400,500) aralığı için gozlenen_dagilim(5),
[500,600) aralığı için gozlenen_dagilim(6),
[600,48502) aralığı için gozlenen_dagilim(7) değerleri bir arttırıldı.
Her bir aralık için beklenen ve gözlenen dağılımlardan yararlanılarak yapılacak olan ki-kare hesaplarının tutulması için zeros() fonksiyonuyla “ki_kare” değişkeni oluşturuldu.
“beklenen_dagilim(i) - gozlenen_dagilim(i)” değerinin karesinin “beklenen_dagilim(i)” değerine bölünmesiyle elde edilen ki-kare değerleri for döngüsüyle “ki_kare” değişkenine atandı.
Hesaplanan ki-kare değerlerinin toplamı da “sonuc” değişkenine atandı.
Sonuç = 154,4658
6.Dereceden Ki-Kare = 12,592 (0.05 için)