DNA-sequences-clustering

Une application pour le partitionnement de séquences d'ADN. Elle vise à diviser l'ensemble de séquences en différents groupes homogènes en sorte que les données de chaque sous-ensemble partagent des caractéristiques communes, en tremes de distances entre elles.

Technologies

• Python
• PyQt5

Fonctionnalités

• Lecture et traitement d’un fichier Fasta (séparation entre clé et séquence).
• Calcul de similarités entre les séquences selon la distance de Levenshtein.
• Calcul de la chaine centrale d’une classe.
• Classification non supervisée des séquences selon les méthodes de clustering :
  • K-Means
  • K-Medoïd
  • DBSCAN (Density-based spatial clustering of applications with noise)
  • Agnes

Modules

• PyQt5
• matplotlib
• pandas
• numpy
• time
• sys
• random

Installation

pip install PyQt5
pip install matplotlib
pip install pandas
pip install numpy
pip install time 
pip install sys
pip install random

git clone https://github.com/sirineFoudili/DNA-sequences-clustering.git