0.1.0-alpha.2: public research prototype

BioInformaticsHarness 0.1.0-alpha.2 — public prototype checkpoint

本版本公开生物模型研究的条件方法指导、证据/交接工具与两个真实 CPU 保存状态消费例。

新增

• 规范的首次方案清单、校验、复制后封存确认与明确的旧协议入口。
• 首个真实审计启动前保存显式代码/配置原字节，并绑定输入身份。
• 将代码、说明、数据、权重、新训练状态和外部依赖分开说明的发行交接指南。
• Splice 12 条与 Yeast 293 条留出记录的实际保存状态消费例，含逐文件来源与许可。

使用

• 仓库首页、core/QUICKSTART.md 与两个案例 README 为使用入口。
• bioinformatics-harness-0.1.0-alpha.2.zip：独立核心工具和方法材料。
• BioInformaticsHarness-0.1.0-alpha.2-checkpoint.zip：完整的本次公开 Git 树，含案例数据及保存状态。
• VALIDATION.json 和 SHA256SUMS：本次验收范围与附件身份。

第一方代码采用 Apache-2.0，原创说明采用 CC BY 4.0；UCI 数据/派生内容保留 CC BY 4.0 与原归属，混合状态按清单标注。运行依赖另装。公开 Git 从本次独立 checkpoint 开始，完整研究历史保留在私有研究档案；公开演进摘要保留案例到设计的线索。

已完成的完整小型研究与本发行的保存状态重放分别登记。本版本不重新训练这些研究，也未估计 Harness 相对无 Harness 的因果增益。后续重点为同课题的新设计、真实补分析、结论复判与第二轮交付。