20190131
bonohu edited this page Dec 20, 2019
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今回は、大阪、東京、同時開催です。
趣旨：ワークフローシステム、再現性、自動化、アノテーション、自然言語処理、画像処理、AIの利用など、関連する様々な事柄について、知見を交換したり、技術を高めるための研究会です
日程：2019年1月31日木曜日
時間：10時から19時
インターネット環境：理研のゲスト用無線LANもしくはeduroamが利用可能です
大阪会場：理化学研究所、A棟2階会議室
大会議室、部屋の前に、10:00-18:00 Workflow Meetupと書いてある貼り紙があります。
アクセス：生命機能科学研究センター・大阪・生命システム研究棟
注意 「大阪大学 生命システム棟」に間違えて行かれる方がいらっしゃいます。 「生命システム研究棟」は最寄り駅 山田駅の大阪大学外の独立した理化学研究所の建物になります。
東京会場：理化学研究所、東京連絡事務所（15階） 第３会議室、部屋の前に、10:00-19:00 Workflow Meetupと書いてある看板があると思います。
アクセス：東京連絡事務所・革新知能統合研究センター・医科学イノベーションハブ推進プログラムへのアクセス | 理化学研究所
- 地下鉄できたときは、１階まで行く
- １階から6階まであがるエレベータにのる（ドラッグストアの近くのエレベータです。）
- 6階から15階まであがるエレベータにのる（会社の受付のようなところをとおりすぎ奥の方へいくとエレベータがあります、入場ゲートはとおらないです）
| 時間 | 内容 | 備考 |
|---|---|---|
| 10:00-11:30 | 作業 | |
| 11:30-12:30 | 昼食 | 東京は、まわりがこみそうなので、とりあえずこの時間に設定しました |
| 12:30-15:00 | 作業 | |
| 15:00-15:30 | 中間報告、問題点共有 | |
| 15:30-16:30 | 作業 | |
| 16:30-17:00 | まとめ | |
| 17:00-19:00 | 作業 |
- Azure イン オープン プラン のリソースを使い切る
- 英語での案内について検討する。
- 参加方法の文言も一度見直す
- Singularity の情報を集める。バージョンも含む。(2.5以上ならcwltool化、ただしすでに3系がでている)
- CWLのLanguage Server Protocol の実装
- Yacleの実装(CWLのGolang実装)
- Galaxy から、前回作ったCWLを呼び出せることを確認する
-
一手詰めワークフローをなにかのシステムで実装
- Galaxyでの、CWLサポートについて可能であればサポートを広げる
- Galaxy多言語対応
- Nextflow と kubernetes、参考
- ACE EditorでのCWLのシンタックスハイライトの作成
- これはpull requestがきた。
- ご自身で開発中のシステムを含めて、CWLやNextflowなどワークフローシステムを使っているところや、使っている情報があれば知りたいです
- Nextflowの Kubernetes サポートについてどうやっているのかなど
- Azure Batchや、AWS Batchなどを使ったジョブ実行方式について調べたいと思っています。dockerコンテナつかえるのかなど。
- セキュリティ関連
- 下記のシステムなど使用(開発)経験はあるので、そのあたりは応えられるかもしれません。
- Puppet, Ansible, Chef, Jenkins
- Java, Python
- Galaxy, CWL
- 各種エディタでの、言語ハイライト
大阪会場から参加させていただきたいと思います。
- Stringtie-mergeを動くようにする
- 中間ファイル(BAM)を残せるようにする
- ikraに対抗できるようにする
- 当日やることを書く、複数あれば複数書く
- こんなこと知りたい、調査したいということを書く。複数あれば複数書く
- なにかその他の情報など、自分が詳しい分野とか、まわりへの告知など
#WorkflowDevMeetup
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西田(大阪)： kozo.nishida@gmail.com
石井(東京)： manabu.ishii.rb@gmail.com