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Kozo Nishida edited this page Sep 26, 2018 · 6 revisions

第8回研究会開催案内

今回は、完全オンラインミートアップです。

実験的なこころみです。 Slack にご参加ください。

開催後、まとめ

まとめ

以下案内

趣旨:ワークフローシステム、再現性、自動化、及びそれに関連する様々な事柄について、知見を交換したり、技術を高めるための研究会です

日程:2018年9月26日水曜日

時間:10時から19時

インターネット環境:各自つながるところでおねがいいたします。

プログラム

時間 内容 備考
10:00-11:30 作業
11:30-12:30 昼食
12:30-18:00 作業
18:00-19:00 まとめ

予定

いろいろなシステムでテレカンファレンス予定。

また、VS Code などの、エディタや統合開発環境(IDE)の、オンライン接続機能などがためせれば。

トーク

事前計画

石井学 (理化学研究所 バイオインフォマティクス研究開発ユニット)

具体的な開発予定

他参加者からの情報提供を希望すること,自分が調査したいと思っていること

  1. ご自身で開発中のシステムを含めて、CWLやNextflowなどワークフローシステムを使っているところや、使っている情報があれば知りたいです
  2. Nextflowの Kubernetes サポートについてどうやっているのかなど
  3. uDockerの中身、具体的な挙動

その他

  • Azure Batchや、AWS Batchなどを使ったジョブ実行方式について調べたいと思っています。dockerコンテナつかえるのかなど。
  • セキュリティ関連
  • 下記のシステムなど使用(開発)経験はあるので、そのあたりは応えられるかもしれません。
    • Puppet, Ansible, Chef, Jenkins
    • Java, Python
    • Galaxy, CWL
    • 各種エディタでの、言語ハイライト

西田孝三 (理化学研究所 バイオコンピューティング研究チーム)

具体的な開発予定

他参加者からの情報提供を希望すること,自分が調査したいと思っていること

  • RDMA を使用した CPU に負荷をかけないデータ転送


雛形(Template)

お名前 (所属など)

具体的な開発予定

  • 当日やることを書く、複数あれば複数書く

他参加者からの情報提供を希望すること,自分が調査したいと思っていること

  1. こんなこと知りたい、調査したいということを書く。複数あれば複数書く

その他

  • なにかその他の情報など、自分が詳しい分野とか、まわりへの告知など

連絡先など

Slack

ハッシュタグ

#WorkflowDevMeetup

#WorkflowDevMeetup - Twitter検索

メール

西田(大阪): kozo.nishida@gmail.com

石井(東京): manabu.ishii.rb@gmail.com

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