20180813 17
Kozo Nishida edited this page Aug 15, 2018
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趣旨：ワークフローシステム、再現性、自動化、及びそれに関連する様々な事柄について、知見を交換したり、技術を高めるための研究会です
日程：2018年8月13日-17日
時間：10時から19時
場所：理化学研究所、東京連絡事務所（15階） 第1会議室、部屋の前に、10:00-19:00 Workflow Meetupと書いてある看板があると思います。(最終日のみ第２会議室、10:00-14:30)
アクセス：東京連絡事務所・革新知能統合研究センター・医科学イノベーションハブ推進プログラムへのアクセス | 理化学研究所
- 地下鉄できたときは、１階まで行く
- １階から6階まであがるエレベータにのる（ドラッグストアの近くのエレベータです。）
- 6階から15階まであがるエレベータにのる（会社の受付のようなところをとおりすぎ奥の方へいくとエレベータがあります、入場ゲートはとおらないです）
東京連絡事務所に入った後、第1会議室への行き方
- 入って、右手に進むとすぐにみつかるとおもいます。
| 時間 | 内容 | 備考 |
|---|---|---|
| 10:00-11:30 | 作業 | |
| 11:30-12:30 | 昼食 | まわりがこみそうなので、とりあえずこの時間に設定しました |
| 12:30-13:30 | 作業 | |
| 14:00-15:00 | 作業 | |
| 15:00-15:30 | 中間報告、問題点共有 | |
| 15:30-18:00 | 作業 | |
| 18:00-19:00 | まとめ |
- 8/15日、hotsub(旧awsub)について、落合さん
- 概要
- CWL対応について
- handson も可能なら
- 8/16日、Common Workflow Language チームとテレカンファレンス
- 最終日(金曜日)の午後に、NII の政谷さんと谷沢さんにLC4RI(Literate Computing for Reproducible Infrastructure)の紹介をしていただこうと思っております
- 日程があえば、BioJulia の紹介をしていただこうと思っております
- ファイル形式のバリデータの開発
- Juliaを使ってシングルバイナリで行う予定
- ACE EditorでのCWLのシンタックスハイライトの作成
- Yacleの実装(CWLのGolang実装)
- 少なくとも１つは、conformance_test を読む。
- Galaxy から、前回作ったCWLを呼び出せることを確認する
- ワークフローシステム(CWLとかNextflowなど)の紹介スライドの作成
-
一手詰めワークフローをなにかのシステムで実装
- Galaxyでの、CWLサポートについて可能であればサポートを広げる
- Galaxy多言語対応
- Nextflow と kubernetes、参考
- ご自身で開発中のシステムを含めて、CWLやNextflowなどワークフローシステムを使っているところや、使っている情報があれば知りたいです
- Nextflowの Kubernetes サポートについてどうやっているのかなど
- uDockerの中身、具体的な挙動
- rootless コンテナ
- Azure Batchや、AWS Batchなどを使ったジョブ実行方式について調べたいと思っています。dockerコンテナつかえるのかなど。
- セキュリティ関連
- 下記のシステムなど使用(開発)経験はあるので、そのあたりは応えられるかもしれません。
- Puppet, Ansible, Chef, Jenkins
- Java, Python
- Galaxy, CWL
- 各種エディタでの、言語ハイライト
-
E-Cell4のバッチジョブ実行例のNotebook作成
- 特にAzure Batch活用例に重点を
- Azure Batchの計算環境へのsshログイン方法
- Azure Batchのジョブ実行状況モニタ方法
- 先行研究調査
- 研究室ウェブサイトの管理
- kubernetes + jupyterhub
- GPU計算環境とストレージ速度の関係
- 安価なストレージサーバ構築について
- NFS高速化
-
NRNB関連のソフトウェア利用・開発経験はあるので、そのあたりは応えられるかもしれません。
- Cytoscape関連
- Wikipathways関連
- 当日やることを書く、複数あれば複数書く
- こんなこと知りたい、調査したいということを書く。複数あれば複数書く
- なにかその他の情報など、自分が詳しい分野とか、まわりへの告知など
#WorkflowDevMeetup