20191030
Manabu ISHII edited this page Oct 24, 2019
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今回は、いまのところ東京のみ開催です。
趣旨：ワークフローシステム、再現性、自動化、アノテーション、自然言語処理、画像処理、AIの利用など、関連する様々な事柄について、知見を交換したり、技術を高めるための研究会です
Date: 2019-10-30(Wed) 日程：2019年10月30日水曜日
Time: 10:00-19:00(JST) 時間：10時から19時
インターネット環境：理研のゲスト用無線LANもしくはeduroamが利用可能です
東京会場：理化学研究所、東京連絡事務所（15階）
10:00 - 19:00 第１会議室
第1会議室、部屋の前に、10:00-19:00 Workflow Meetupと書いてある看板があると思います。
アクセス：東京連絡事務所・革新知能統合研究センター・医科学イノベーションハブ推進プログラムへのアクセス | 理化学研究所
- 地下鉄できたときは、１階まで行く
- １階から6階まであがるエレベータにのる（ドラッグストアの近くのエレベータです。）
- 6階から15階まであがるエレベータにのる（会社の受付のようなところをとおりすぎ奥の方へいくとエレベータがあります、入場ゲートはとおらないです）
| 時間 | 内容 | 備考 |
|---|---|---|
| 10:00-11:30 | 作業 | |
| 11:30-12:30 | 昼食 | 東京は、まわりがこみそうなので、とりあえずこの時間に設定しました |
| 12:30-14:00 | 作業 | |
| 14:00-15:00 | ワークフローのテストに関して | 未定 |
| 15:00-15:30 | 中間報告、問題点共有 | |
| 15:30-18:00 | 作業 | |
| 18:00-19:00 | まとめ |
以下のようなトピックについて考えておりますが、 ほかにも議論したい議題、聞いてみたいことあれば、 それらも含めて、議論できればとおもっております。
- どうやって実行したら良いか？
- どこにデータを置くか？
- どこで、テストを実行するか？
- なにをもってテストが成功、失敗とするか？
- テストに使えるツールは？
はじめての試みなので、もしかすると課題がたくさんみえてくるかもしれませんが その場合は今後継続して議論できればとおもいます。
- CWLを、Docker, Singularity で、動かす
- vmware/tern: Open Source compliance for containers が、quay.io にある、biocontainersのイメージをうまく処理できない原因の調査
- CWLのLanguage Server Protocol の実装
- Yacleの実装(CWLのGolang実装)
- Nextflow
- ご自身で開発中のシステムを含めて、CWLやNextflowなどワークフローシステムを使っているところや、使っている情報があれば知りたいです
- Nextflowの Kubernetes サポートについてどうやっているのかなど
- Azure Batchや、AWS Batchなどを使ったジョブ実行方式について調べたいと思っています。dockerコンテナつかえるのかなど。
- セキュリティ関連
- 下記のシステムなど使用(開発)経験はあるので、そのあたりは応えられるかもしれません。
- Puppet, Ansible, Chef, Jenkins
- Java, Python
- Galaxy, CWL
- 各種エディタでの、言語ハイライト
- 当日やることを書く、複数あれば複数書く
- こんなこと知りたい、調査したいということを書く。複数あれば複数書く
- なにかその他の情報など、自分が詳しい分野とか、まわりへの告知など
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石井(東京)： manabu.ishii.rb@gmail.com