20180614 15
Manabu ISHII edited this page Jun 18, 2018
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趣旨：ワークフローシステム、再現性、自動化、及びそれに関連する様々な事柄について、知見を交換したり、技術を高めるための研究会です
日程：2018年6月14日,15日
時間：10時から19時
場所：理化学研究所、東京連絡事務所（15階） 第５会議室、部屋の前に、10:00-19:00 Workflow Meetupと書いてある看板があると思います。
アクセス：東京連絡事務所・革新知能統合研究センター・医科学イノベーションハブ推進プログラムへのアクセス | 理化学研究所
- 地下鉄できたときは、１階まで行く
- １階から6階まであがるエレベータにのる（ドラッグストアの近くのエレベータです。）
- 6階から15階まであがるエレベータにのる（会社の受付のようなところをとおりすぎ奥の方へいくとエレベータがあります、入場ゲートはとおらないです）
東京連絡事務所に入った後、第5会議室への行き方
- 入って、左手に進むとすぐにみつかるとおもいます。
| 時間 | 内容 | 備考 |
|---|---|---|
| 10:00-11:30 | 作業 | |
| 11:30-12:30 | 昼食 | まわりがこみそうなので、とりあえずこの時間に設定しました |
| 12:30-13:30 | 作業 | |
| 14:00-15:00 | 作業 | |
| 15:00-15:30 | 中間報告、問題点共有 | |
| 15:30-18:00 | 作業 | |
| 18:00-19:00 | まとめ |
- ２日の間に以下の２つのシステムについて、紹介して頂く予定です。
-
CWL-metricsの話(大田さん)
- Accumulating container resource usage with workflow metadata
-
awsubの話(落合さん)
- Command line tool to run a batch jobs with ETL framework on AWS or other cloud computing resources
-
CWL-metricsの話(大田さん)
- ACE EditorでのCWLのシンタックスハイライトの作成
- Yacleの実装(CWLのGolang実装)
- 少なくとも１つは、conformance_test を読む。
- Galaxy から、前回作ったCWLを呼び出せることを確認する
- ワークフローシステム(CWLとかNextflowなど)の紹介スライドの作成
-
一手詰めワークフローをなにかのシステムで実装
- Galaxyでの、CWLサポートについて可能であればサポートを広げる
- Galaxy多言語対応
- Nextflow と kubernetes、参考
- ご自身で開発中のシステムを含めて、CWLやNextflowなどワークフローシステムを使っているところや、使っている情報があれば知りたいです
- Nextflowの Kubernetes サポートについてどうやっているのかなど
- uDockerの中身、具体的な挙動
- rootless コンテナ環境
- Azure Batchや、AWS Batchなどを使ったジョブ実行方式について調べたいと思っています。dockerコンテナつかえるのかなど。
- セキュリティ関連
- 下記のシステムなど使用(開発)経験はあるので、そのあたりは応えられるかもしれません。
- Puppet, Ansible, Chef, Jenkins
- Java, Python
- Galaxy, CWL
- 各種エディタでの、言語ハイライト
-
https://sysmod.info/meetings/sysmod-2018/ の自分のポスターに基づくこの会用紹介スライドの作成
- https://github.com/ecell/ecell4 でのmodelのannotation情報に基づいたbioinfo database連携
- https://github.com/sorgerlab/indra を読む
- https://github.com/pysb/pysb を読む
- https://github.com/ModelSEED の様子をざっと見る
- uniprot の現在の web service全容
- simulation に使えそうな parameter を含む database (BRENDA以外)
- from DNA to FBAのworkflowではない (stochastic)simulationのためのmodeling 用workflow (or 先行研究)は果たして存在するのか
- microserviceとは? SOAとは?
- 上記はやりつつもAzure Batchも試用
- https://f1000research.com/gateways/cytoscapeapps/automation の紹介も可能 (もし興味のある方がいれば)
- 当日やることを書く、複数あれば複数書く
- こんなこと知りたい、調査したいということを書く。複数あれば複数書く
- なにかその他の情報など、自分が詳しい分野とか、まわりへの告知など
#WorkflowDevMeetup