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v3.3.0
Faits marquants
Deux modifications majeures depuis v3.2.0 :
🗂️ Schémas OMOP par catégorie
Un CDM peut lire chaque catégorie de tables OMOP (clinical, vocabulary, derived, metadata…) depuis un schéma PostgreSQL différent. Helper SchemaMap/build_schema_map rétro-compatible (fallback sur omop_schema), colonnes schema_categories (JSON nullable) sur cdm_configs et analysis_settings, éditeur dédié dans Gestion CDM / Réglages. Domaines Quality, conformity et OHDSI résolvent le schéma par catégorie.
🐳 Runner OHDSI dédié — suppression du socket Docker
L'orchestration OHDSI par socket Docker est remplacée par un service opal-ohdsi-runner (FastAPI) qui exécute les outils R en sous-processus, piloté en HTTP. Le backend n'a plus aucun privilège Docker (correction de la vulnérabilité critique S01). Opt-in : OHDSI_MODE=off par défaut ; OHDSI_MODE=on + profil compose ohdsi pour activer. Annulation robuste (SIGTERM → SIGKILL).
Autres
- Export CSV de l'historique de mapping (
GET /api/mapping/history/{cdm}/export). - OHDSI honore désormais l'override de schéma des AnalysisSettings (revue Codex).
OHDSI_RUNNER_TOKENne casse plus les commandesdocker composehors profil.- Tests périmés corrigés — suite verte (672 backend + 8 runner).
⚠️ Migration / déploiement
- Migration Alembic
f6a7b8c9d0e1: colonnesschema_categories(additif, non destructif, auto-appliqué au démarrage). - OHDSI est maintenant désactivé par défaut. Pour l'activer :
OHDSI_MODE=on+OHDSI_RUNNER_TOKEN(openssl rand -hex 32) puisdocker compose --profile ohdsi up -d --build.
Détails complets dans CHANGELOG.md.