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v3.3.0

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@Dorian-APHM Dorian-APHM released this 29 May 10:04
· 66 commits to main since this release

Faits marquants

Deux modifications majeures depuis v3.2.0 :

🗂️ Schémas OMOP par catégorie

Un CDM peut lire chaque catégorie de tables OMOP (clinical, vocabulary, derived, metadata…) depuis un schéma PostgreSQL différent. Helper SchemaMap/build_schema_map rétro-compatible (fallback sur omop_schema), colonnes schema_categories (JSON nullable) sur cdm_configs et analysis_settings, éditeur dédié dans Gestion CDM / Réglages. Domaines Quality, conformity et OHDSI résolvent le schéma par catégorie.

🐳 Runner OHDSI dédié — suppression du socket Docker

L'orchestration OHDSI par socket Docker est remplacée par un service opal-ohdsi-runner (FastAPI) qui exécute les outils R en sous-processus, piloté en HTTP. Le backend n'a plus aucun privilège Docker (correction de la vulnérabilité critique S01). Opt-in : OHDSI_MODE=off par défaut ; OHDSI_MODE=on + profil compose ohdsi pour activer. Annulation robuste (SIGTERM → SIGKILL).

Autres

  • Export CSV de l'historique de mapping (GET /api/mapping/history/{cdm}/export).
  • OHDSI honore désormais l'override de schéma des AnalysisSettings (revue Codex).
  • OHDSI_RUNNER_TOKEN ne casse plus les commandes docker compose hors profil.
  • Tests périmés corrigés — suite verte (672 backend + 8 runner).

⚠️ Migration / déploiement

  • Migration Alembic f6a7b8c9d0e1 : colonnes schema_categories (additif, non destructif, auto-appliqué au démarrage).
  • OHDSI est maintenant désactivé par défaut. Pour l'activer : OHDSI_MODE=on + OHDSI_RUNNER_TOKEN (openssl rand -hex 32) puis docker compose --profile ohdsi up -d --build.

Détails complets dans CHANGELOG.md.