MDpipe v1.7.0

Windows + WSL 的 GROMACS 蛋白–配体分子动力学流水线，首个公开版本。

下载哪个

• MDpipe-Setup-1.7.exe（3.0 MB）— 安装包，不需要管理员权限，装到 %LOCALAPPDATA%\MDpipe，可创建开始菜单/卸载项、可选加入 PATH；装完自动跑环境自检。
• MDpipe-portable.zip（1.1 MB）— 便携版，解压即用，适合放 U 盘或不想装东西。

安装前请确认

安装包不含 Python、GROMACS、显卡驱动、WSL、conda，也不会下载任何运行时。装完先双击「环境自检」，缺什么会逐项列出来。

• 必需：Windows 10/11、Python 3.9+、GROMACS（建议 CUDA 版）
• 可选：WSL2 + AmberTools（配体参数化）、gmx_MMPBSA（结合自由能）、PyMOL/LigPlot+（2D 相互作用图）

安装包未做代码签名，SmartScreen 提示「未知发布者」时点「更多信息 → 仍要运行」。

校验

SHA256  MDpipe-Setup-1.7.exe    5cb8d4c42c222c2c158124962934b9169d0f999578fd0f5989838088f8d49b0e
SHA256  MDpipe-portable.zip     b51afd93c00451df616d6b675783999a42a4ff71d141bdf2a99c3691a7c026fe

从源码运行

git clone https://github.com/HyperWang9331/mdpipe.git
cd mdpipe
python -m pip install numpy scipy matplotlib pandas
python scripts\mdpipe.py doctor
python scripts\mdpipe.py gui

完整文档：分子动力学操作手册.md；组件安装：安装与环境清单.md。