Skip to content

XinMatch xinDB MP-20261031（Materials Project 外部库）

Latest
Latest

Choose a tag to compare

View all tags
@PolyXRD PolyXRD released this 04 Nov 02:45
· 4 commits to main since this release
20261031-mp
19a01b3

XinMatch xinDB MP-20261031（Materials Project 外部库）

数据源：Materials Project summary（D:\Project\MP-summary，CIF 下载日 2026-10-31）
格式：.xinDB v3；meta.library_kind = MP、meta.data_date = 20261031。
这是 XinMatch 的外挂（外部）数据库：单文件，按需挂载，不随应用打包。

库概览

项 值
CIF 源 155,204 个（平铺目录，文件名为化学式）
入库相数 155,201（3 个 CIF 无 # mp-id: 头，按约定跳过）
反射数 / 块数 20,900,193 / 38 chunk
元素 91 种
空间群 / 晶系 225 个真实空间群（取自 CIF 头注释）/ 7 个晶系，无空值
解压后 251,633,664 B（240.0 MiB），journal_mode=DELETE，integrity_check=ok
zip 197,925,329 B
SHA-256（zip） d20c4a61112bcc2efe094cf11929f1020f58642c2e108328b9edb042580cc6bc
SHA-256（.xinDB） 26D7A9BED83A57C0AC63AF422330210A075C03660B96AD7D4358778F5289EE20

与 COD/PCOD/TCOD 库的差异

  • entry_id 用 MP 原生 id：mp-<number>（如 mp-862690），不套 96-XXX-XXXX；
    号段 [0, 20,000,000)（当前最大 3,347,425）。accept_xindb 的 BANDS["MP"] 记录该约定。
  • 真实空间群来自 CIF 注释：pymatgen 导出的结构写成 P 1（_symmetry_space_group_name_H-M 'P 1'），
    真实群只在首行注释 # mp-id: ... | spacegroup: P6_3/mmc | ... 里；构建器用该注释覆盖
    entries.space_group，并由 H-M 符号推导 crystal_system（225 个符号 / 7 个晶系，全量核对与归档一致）。
  • tier = 2（DFT 计算结构）；journal/author = "Materials Project"、quality = "DFT"、year = 2025。
  • 强度为计算值（无实验展宽），用于物相识别；定量需自行标定。

构建与验收

cd D:\Project\XRD\XinMatch-DataBase
python -m tools.build_mp_xindb --data-date 20261031 --workers 14 -v
  • 构建：537.7 s（9.0 min），17,318 相/分钟（14 workers），errors=0。
  • validate_xindb --all-chunks：0 FAIL / 1 WARN / 29 项（38 块全解码；
    C7 min=8 max=150 mean=134.7；WARN 为 5,660 条半塌缩边界相）。
  • accept_xindb --mp-root：0 FAIL / 1 WARN / 19 项：
    • R1.id_band：155,201 个 mp-<n> id 全部规范，数值范围 [2, 3,347,425]；
    • A1.ownership：id 集合与归档 155,201 个 mp-id 完全相等（missing=0、extra=0）；
    • B1.single_peak：bad_phase_ids=[]，n_peaks≤1 相 0 条；
    • 91 种元素、element_inv 全量一致、载荷 norm-1000/零填充/top⊆all 通过。
  • 自重召回 20 相：Top-1 20/20、Top-5 20/20，中位 0.52 s。

安装 / 挂载

unzip MP-20261031.xinDB.zip          # 得到 MP-20261031.xinDB
# 方式一：CLI 挂载外部库
python -m xinmatch.cli.main libraries --add D:\path\to\MP-20261031.xinDB --label "Materials Project"
# 方式二：GUI「设置 → 参考数据库 → 添加外部库」选择该文件
  • 文件名保持 MP-20261031.xinDB（validate_xindb 的 M3.identity 会核对）；
  • 需要 XinMatch v3.0.0+（.xinDB v3）；
  • 可与 COD/PCOD/TCOD（Inorg/Full）多库同时挂载。

校验

sha256sum -c SHA256SUMS.txt
certutil -hashfile MP-20261031.xinDB.zip SHA256   # Windows

已知 WARN（不阻塞）

  • 5,660 条半塌缩边界相：最强反射恰在 d≈λ/2（2θ→180°）但其余峰仍存在；与 COD 族同类，
    属峰口径边缘现象（真实反射，非假峰），重建不会消除。
  • 3 个 CIF（Al(CuO2)3.cif、Ca2YAgO5.cif、ZnCoF5.cif）没有 # mp-id: 头，无法分配稳定 id，按约定跳过。

代码与验收记录

  • 新增 xinmatch/core/db/mp_scan.py（MP 归档扫描 / id / 空间群注释 / 晶系）、
    tools/build_mp_xindb.py（MP 构建入口）、tools/accept_xindb.py 的 MP 号段与全集归属校验、
    tests/test_mp_scan.py（回归）。
  • 完整验收见仓库 docs/MP-库构建与验收.md；发布说明与代码提交在同一仓库历史中。
Assets 4
Loading