v0.0.4 · 大分子 + Ketcher 工作台 + 6 语言 README

首个 GitHub Release。对应的 PyPI 包是 dsh-mol 0.0.4。

pip install 'dsh-mol[mcp]'
dsh-mol-mcp --selftest        # 15/15

这个版本有什么

13 个 MCP 工具（新增 chem_bioseq）：SMILES 校验（人话诊断/三级结果）、分子性质、类药性 + 结构警报 + Murcko 骨架、SMILES/InChI/InChIKey/mol/sdf/分子式互转、标准化、按结构去重、子结构匹配、指纹相似度、批量清洗、画单个分子、画网格图、肽/核酸 → 分子。

生物大分子支持

• 肽（1 字母 GAVL / 3 字母 Gly-Ala-Val）、RNA、DNA、HELM
• IDT 记法（Ketcher 导出核酸时用的就是它）：只在无损时转换；带修饰（如 /3Phos/）、混糖型、非标准糖一律拒绝并说清原因 —— 硬转会静默丢掉修饰（/3Phos/ ≈ 79.97 Da）
• 歧义绝不猜：裸序列 ATGC 即使 auto 也拒绝（A/T/G/C 既是氨基酸字母又是碱基字母），只有 HELM 与 IDT 这两类自带类型信息的记法能自动推断

Ketcher 化学工作台（DSH 插件，dsh-ui 包）

• 全功能 Ketcher 画板 + 分析 + 逆合成三个页签
• 粘一段 SMILES 直接画到画板（也可以读剪贴板）
• 画板是双向的：小分子读 SMILES，大分子按序列 / IDT 读 —— 不再"点了没反应"

6 种语言的 README：中文 / English / 日本語 / 한국어 / Français / 繁體中文。

质量状态

• 核心用例 71/71、服务自检 15/15、界面验收 39 条断言
• 每个工具都有 title 与四项布尔注解（readOnlyHint / destructiveHint / idempotentHint / openWorldHint），描述中英对照
• 纯 RDKit + 标准库，零网络、零额外依赖（mcp 是可选 extra）