Skip to content

phymlGUI Release v1.0

Choose a tag to compare

View all tags
@adrobi adrobi released this 11 Apr 00:45
· 80 commits to master since this release
v1.0
d271c3d

English: phymlGUI v1.0 (First Release)

Overview
A graphical user interface for automating phylogenetic analysis. It streamlines the workflow by integrating sequence alignment, format conversion, and maximum likelihood tree construction.

System Requirements

  • Windows OS.
  • External executables: muscle.exe and phyml.exe (must be specified in the settings).

How to Use

  1. Preparation: Extract the application folder and run phymlgui.exe.
  2. Configuration: Provide paths to phyml.exe and muscle.exe using the "Browse" buttons.
  3. Input: Select an input file in FASTA format.
  4. Settings: Choose the substitution model, branch support method (Bootstrap or aLRT), and search algorithm.
  5. Execution: Click "Start Analysis".
  6. Results: The program automatically generates a PHYLIP file, cleans illegal characters, and opens the final tree once complete.

Key Functions

  • Auto-Alignment: Automatically detects unaligned sequences and runs MUSCLE.
  • Data Cleaning: Converts FASTA to PHYLIP and replaces characters that conflict with the Newick format.
  • Real-time Logging: Monitor the PhyML console output directly in the GUI.
  • Tree Viewer: Interactive visualization of the resulting ML tree.

Russian: phymlGUI v1.0 (Первый релиз)

Обзор
Графический интерфейс для автоматизации филогенетического анализа. Программа объединяет выравнивание последовательностей, конвертацию форматов и построение деревьев методом максимального правдоподобия в единый пайплайн.

Требования

  • ОС Windows.
  • Сторонние программы: muscle.exe и phyml.exe (необходимо указать пути к ним в интерфейсе).

Инструкция по использованию

  1. Подготовка: Распакуйте папку с программой и запустите phymlgui.exe.
  2. Настройка: Укажите пути к файлам phyml.exe и muscle.exe через кнопки «Обзор».
  3. Данные: Выберите входной файл в формате FASTA.
  4. Параметры: Выберите модель замен, метод поддержки ветвей (Bootstrap или aLRT) и алгоритм поиска дерева.
  5. Запуск: Нажмите кнопку «Запуск анализа».
  6. Результат: Программа подготовит очищенный PHYLIP-файл и откроет готовое дерево в отдельном окне по завершении расчетов.

Основные функции

  • Авто-выравнивание: Проверка длин последовательностей и автоматический запуск MUSCLE при необходимости.
  • Очистка данных: Конвертация в PHYLIP с автоматическим удалением символов, конфликтующих с форматом Newick.
  • Мониторинг: Вывод логов работы PhyML в реальном времени внутри приложения.
  • Просмотр дерева: Встроенная визуализация итогового ML-дерева.
Assets 4
Loading