phymlGUI 2.0.0

phymlGUI 2.0.0

Overview

phymlGUI 2.0.0 brings a new window, IQ-TREE as a second engine, an interactive tree viewer and ready-to-run packages for Windows and Linux with all analysis programs included. The program aligns FASTA files with MUSCLE and builds maximum-likelihood trees with PhyML (serial or MPI) or IQ-TREE (ModelFinder, ultrafast bootstrap), for single files or whole folders.

New window

• Two panes: the parameters, recent files, presets and run history on the left; the tree, log, statistics, summary and batch queue on the right.
• Light and dark themes following the system, with an accent colour.
• Every setting is checked before a run, and all problems are listed at once.
• A live CPU monitor for the system and for the analysis process tree; Cancel stops the whole process tree, MPI ranks included.

Tree viewer

• Rectangular, slanted and circular layouts with a distance grid and a scale.
• Support values with threshold highlighting, clade collapsing and rerooting on an outgroup.
• Majority-rule consensus from bootstrap trees and Robinson–Foulds comparison of two trees.
• Export to PNG, SVG and PDF.

Engines and runs

• IQ-TREE 2.4.0: ModelFinder chooses the model (MFP); ultrafast bootstrap with the 1000-replicate minimum enforced; the chosen model and the statistics are shown in the window.
• Batch mode with a live per-file queue, retry of the failed files and an Excel summary next to the CSV one.
• Run history (a double click reopens a tree) and parameter presets.
• Command line without the window: phymlgui-cli.exe on Windows, the AppImage itself on Linux (--file, --batch, --config, --version).

Packages

• Windows zip and Linux AppImage, each with PhyML, IQ-TREE, MUSCLE and RAxML-NG; Python is not required.
• RAxML-NG 2.0.3 is now built natively for Windows from the official sources; its results match the official Linux build. It is included for the command line; an engine in the window is planned.
• Every package is tested before release: alignment and a tree with PhyML and IQ-TREE, an MPI run on Linux, the window opening, and the AppImage on a clean Ubuntu 22.04.

Upgrading from 1.2

• The Windows archive is now phymlGUI-<version>-windows-x64.zip; unpack it into a new folder.
• To keep your settings and run history, copy phyml_config.json and phyml_history.json from the 1.2 folder next to the new phymlgui.exe. Settings and history are kept next to the program when that folder is writable, otherwise in %APPDATA%\phymlGUI (Windows) or ~/.config/phymlGUI (Linux).
• The bundled PhyML for Windows is an MPI build: install Microsoft MPI also for serial runs.

The full list of changes is in CHANGELOG.md.

Download and requirements

• Windows 10/11, 64-bit: phymlGUI-2.0.0-windows-x64.zip. Unpack the whole archive and run phymlgui.exe (phymlgui-cli.exe for the command line). PhyML needs Microsoft MPI (msmpisetup.exe), also for serial runs: the bundled PhyML is an MPI build.
• Linux x86_64: phymlGUI-2.0.0-x86_64.AppImage. Run chmod +x and start it; without FUSE add --appimage-extract-and-run. Needs glibc 2.35 or newer (Ubuntu 22.04+). MPI mode needs OpenMPI: sudo apt install openmpi-bin.
• SHA256SUMS: checksums of the files, sha256sum -c SHA256SUMS.
• raxml-ng-2.0.3-source+patch.tar.gz: RAxML-NG sources and the patch of the Windows build (AGPL-3.0).

Python is not required.

Bundled programs

Program	Windows	Linux
PhyML	3.3	3.3.20260528
IQ-TREE	2.4.0	2.4.0
MUSCLE	5.3	5.3
RAxML-NG	2.0.3	2.0.3

---

Обзор

В phymlGUI 2.0.0 — новое окно, IQ-TREE как второй движок, интерактивный просмотрщик деревьев и готовые пакеты для Windows и Linux со всеми программами анализа внутри. Программа выравнивает FASTA-файлы MUSCLE и строит деревья максимального правдоподобия в PhyML (последовательно или через MPI) или IQ-TREE (ModelFinder, ультрабыстрый бутстреп) — для отдельных файлов или целых папок.

Новое окно

• Две панели: слева параметры, недавние файлы, пресеты и история запусков; справа дерево, журнал, статистика, сводка и очередь пакетного режима.
• Светлая и тёмная темы, следующие за системой, с выбором акцентного цвета.
• Все настройки проверяются до запуска, и все ошибки показываются сразу списком.
• Монитор загрузки CPU для системы и для дерева процессов анализа; «Прервать» останавливает всё дерево процессов, включая ранги MPI.

Просмотрщик деревьев

• Прямоугольная, наклонная и круговая раскладки с сеткой расстояний и шкалой.
• Значения поддержек с подсветкой по порогу, сворачивание клад и укоренение по outgroup.
• Консенсус большинства из бутстреп-деревьев и сравнение двух деревьев по Робинсону–Фаулдсу.
• Экспорт в PNG, SVG и PDF.

Движки и запуски

• IQ-TREE 2.4.0: ModelFinder подбирает модель (MFP); ультрабыстрый бутстреп с минимумом в 1000 реплик; выбранная модель и статистика показываются в окне.
• Пакетный режим с живой очередью по файлам, повтором неудавшихся и сводкой в Excel рядом с CSV.
• История запусков (двойной клик открывает дерево) и пресеты параметров.
• Командная строка без окна: phymlgui-cli.exe под Windows, сам AppImage под Linux (--file, --batch, --config, --version).

Пакеты

• Zip для Windows и AppImage для Linux, в каждом PhyML, IQ-TREE, MUSCLE и RAxML-NG; Python не нужен.
• RAxML-NG 2.0.3 теперь собирается под Windows нативно из официальных исходников; результаты совпадают с официальной сборкой для Linux. Он входит в комплект для командной строки; движок в окне запланирован.
• Каждый пакет проверяется перед выпуском: выравнивание и дерево в PhyML и IQ-TREE, MPI-запуск под Linux, открытие окна и AppImage на чистой Ubuntu 22.04.

Переход с 1.2

• Архив для Windows теперь называется phymlGUI-<версия>-windows-x64.zip; распакуйте его в новую папку.
• Чтобы сохранить настройки и историю запусков, скопируйте phyml_config.json и phyml_history.json из папки 1.2 рядом с новым phymlgui.exe. Настройки и история хранятся рядом с программой, если эта папка доступна для записи, иначе в %APPDATA%\phymlGUI (Windows) или ~/.config/phymlGUI (Linux).
• Встроенный PhyML для Windows собран с MPI: Microsoft MPI нужен и для последовательного режима.

Полный список изменений — в CHANGELOG.md (на английском).

Скачать и требования

• Windows 10/11, 64 бит: phymlGUI-2.0.0-windows-x64.zip. Распакуйте архив целиком и запустите phymlgui.exe (phymlgui-cli.exe — для командной строки). PhyML требует Microsoft MPI (msmpisetup.exe), в том числе для последовательного режима: встроенный PhyML собран с MPI.
• Linux x86_64: phymlGUI-2.0.0-x86_64.AppImage. Выполните chmod +x и запустите; без FUSE добавьте --appimage-extract-and-run. Нужен glibc 2.35 или новее (Ubuntu 22.04+). Для MPI-режима нужен OpenMPI: sudo apt install openmpi-bin.
• SHA256SUMS — контрольные суммы файлов, sha256sum -c SHA256SUMS.
• raxml-ng-2.0.3-source+patch.tar.gz — исходники RAxML-NG и патч сборки для Windows (AGPL-3.0).

Python не нужен.

Программы в комплекте

Программа	Windows	Linux
PhyML	3.3	3.3.20260528
IQ-TREE	2.4.0	2.4.0
MUSCLE	5.3	5.3
RAxML-NG	2.0.3	2.0.3

phymlGUI 1.2

phymlGUI 1.2

English

phymlGUI is a Windows GUI that automates maximum-likelihood phylogenetics: MUSCLE alignment → FASTA→PHYLIP-relaxed conversion → PhyML (serial or MPI), with a built-in Newick tree viewer.

What's new in 1.2

• PySide6 instead of PyQt5 — resolves the MIT/GPLv3 licensing conflict.
• Automatic MPI detection: selecting an MPI PhyML binary enables MPI mode by itself; a serial bootstrap run on an MPI build is blocked with an explanation.
• Core autodetection: the np field is pre-filled with the physical core count; the status bar shows physical/logical cores.
• Live CPU monitoring: a system load bar plus utilization of the analysis process tree (mpiexec/phyml), with an average shown after the run.
• Batch mode: point at a folder — every FASTA file is processed with per-file log sections and an N/M summary; the app's own *_aligned.fasta artifacts are skipped.
• Run statistics: model, taxa, lnL, gamma, Ts/Tv and run time are printed to the log after every analysis.
• CSV summary: phymlgui_summary.csv (semicolon-separated, UTF-8 BOM) is written next to the input after every run — opens cleanly in Excel.
• Code split into phyml_core / phyml_ui modules.

Package contents

File	Description
phymlgui.exe	The GUI (MIT license), no installation required
phyml-mpi.exe	MPI build of PhyML 3.3 (GPL; built from github.com/stephaneguindon/phyml)

Requirements: Microsoft MPI runtime for parallel mode (msmpisetup.exe); MUSCLE (muscle.exe) for automatic alignment — configure its path in the GUI. Results are written next to the input files.

---

Русский

phymlGUI — графический интерфейс для Windows, автоматизирующий филогенетический анализ методом максимального правдоподобия: выравнивание MUSCLE → конвертация FASTA→PHYLIP-relaxed → PhyML (последовательно или через MPI), со встроенным просмотрщиком Newick-деревьев.

Новое в 1.2

• PySide6 вместо PyQt5 — устранён лицензионный конфликт MIT/GPLv3.
• Автоопределение MPI: выбор MPI-бинарника PhyML сам включает MPI-режим; сериальный бутстреп на MPI-сборке блокируется с пояснением.
• Автоподстановка ядер: поле np заполняется числом физических ядер; в строке состояния — физические/логические ядра.
• Мониторинг CPU в реальном времени: полоса загрузки системы + утилизация дерева процессов анализа (mpiexec/phyml), средняя загрузка после прогона.
• Пакетный режим: укажите папку — все FASTA-файлы обработаются с секциями лога по каждому и сводкой N/M; собственные артефакты *_aligned.fasta пропускаются.
• Статистика прогона: модель, таксоны, lnL, гамма, Ts/Tv и время — в логе после каждого анализа.
• CSV-сводка: phymlgui_summary.csv (разделитель «;», UTF-8 BOM — корректно открывается в Excel) пишется рядом с входными файлами.
• Код разнесён на модули phyml_core / phyml_ui.

Состав пакета

Файл	Описание
phymlgui.exe	Программа (лицензия MIT), установка не требуется
phyml-mpi.exe	MPI-сборка PhyML 3.3 (GPL; собрана из github.com/stephaneguindon/phyml)

Требования: среда Microsoft MPI для параллельного режима (msmpisetup.exe); MUSCLE (muscle.exe) для автовыравнивания — путь настраивается в GUI. Результаты записываются рядом с входными файлами.

phymlGUI Release v1.1

🇺🇸 Release Notes (v1.1)
What's New
This version brings a complete overhaul of the project, focusing on performance, portability, and user experience.

Key Features:
MPI Support: Full support for parallel computing is now available. Phylogenetic tree construction is significantly faster by utilizing multiple CPU cores.

Bundled Binary: For your convenience, we have included a pre-compiled phyml-mpi.exe for Win64.

Multilingual UI: Support for both Russian and English languages. The application now automatically detects your system language on startup.

Code Refactoring: The codebase has been unified. Multiple language-specific scripts were merged into a single, robust logic using locales.json.

Credits:
Special thanks to the PhyML authors for their incredible work and contribution to the scientific community.

🇷🇺 Список изменений (v1.1)
Что нового
В этой версии проект был полностью переработан: мы уделили внимание производительности, удобству запуска и доступности.

Основные изменения:
Поддержка MPI: Добавлена полноценная поддержка параллельных вычислений. Теперь построение деревьев происходит значительно быстрее за счет распределения нагрузки на все ядра процессора.

Встроенный бинарник: В архив добавлен скомпилированный под Win64 файл phyml-mpi.exe. Теперь необходимое для работы многопоточности доступно «из коробки».

Двуязычный интерфейс: Добавлена поддержка русского и английского языков. Язык интерфейса теперь определяется автоматически на основе настроек вашей системы.

Рефакторинг кода: Логика программы реорганизована. Вместо разных скриптов теперь используется единое ядро с поддержкой внешних языковых пакетов в формате locales.json.

Благодарности:
Выражаем отдельную благодарность авторам PhyML за их неоценимый вклад в научное сообщество и разработку мощного инструмента анализа.

phymlGUI Release v1.0

English: phymlGUI v1.0 (First Release)

Overview
A graphical user interface for automating phylogenetic analysis. It streamlines the workflow by integrating sequence alignment, format conversion, and maximum likelihood tree construction.

System Requirements

• Windows OS.
• External executables: muscle.exe and phyml.exe (must be specified in the settings).

How to Use

1. Preparation: Extract the application folder and run phymlgui.exe.
2. Configuration: Provide paths to phyml.exe and muscle.exe using the "Browse" buttons.
3. Input: Select an input file in FASTA format.
4. Settings: Choose the substitution model, branch support method (Bootstrap or aLRT), and search algorithm.
5. Execution: Click "Start Analysis".
6. Results: The program automatically generates a PHYLIP file, cleans illegal characters, and opens the final tree once complete.

Key Functions

• Auto-Alignment: Automatically detects unaligned sequences and runs MUSCLE.
• Data Cleaning: Converts FASTA to PHYLIP and replaces characters that conflict with the Newick format.
• Real-time Logging: Monitor the PhyML console output directly in the GUI.
• Tree Viewer: Interactive visualization of the resulting ML tree.

---

Russian: phymlGUI v1.0 (Первый релиз)

Обзор
Графический интерфейс для автоматизации филогенетического анализа. Программа объединяет выравнивание последовательностей, конвертацию форматов и построение деревьев методом максимального правдоподобия в единый пайплайн.

Требования

• ОС Windows.
• Сторонние программы: muscle.exe и phyml.exe (необходимо указать пути к ним в интерфейсе).

Инструкция по использованию

1. Подготовка: Распакуйте папку с программой и запустите phymlgui.exe.
2. Настройка: Укажите пути к файлам phyml.exe и muscle.exe через кнопки «Обзор».
3. Данные: Выберите входной файл в формате FASTA.
4. Параметры: Выберите модель замен, метод поддержки ветвей (Bootstrap или aLRT) и алгоритм поиска дерева.
5. Запуск: Нажмите кнопку «Запуск анализа».
6. Результат: Программа подготовит очищенный PHYLIP-файл и откроет готовое дерево в отдельном окне по завершении расчетов.

Основные функции

• Авто-выравнивание: Проверка длин последовательностей и автоматический запуск MUSCLE при необходимости.
• Очистка данных: Конвертация в PHYLIP с автоматическим удалением символов, конфликтующих с форматом Newick.
• Мониторинг: Вывод логов работы PhyML в реальном времени внутри приложения.
• Просмотр дерева: Встроенная визуализация итогового ML-дерева.