phymlGUI 1.2

phymlGUI 1.2

English

phymlGUI is a Windows GUI that automates maximum-likelihood phylogenetics: MUSCLE alignment → FASTA→PHYLIP-relaxed conversion → PhyML (serial or MPI), with a built-in Newick tree viewer.

What's new in 1.2

• PySide6 instead of PyQt5 — resolves the MIT/GPLv3 licensing conflict.
• Automatic MPI detection: selecting an MPI PhyML binary enables MPI mode by itself; a serial bootstrap run on an MPI build is blocked with an explanation.
• Core autodetection: the np field is pre-filled with the physical core count; the status bar shows physical/logical cores.
• Live CPU monitoring: a system load bar plus utilization of the analysis process tree (mpiexec/phyml), with an average shown after the run.
• Batch mode: point at a folder — every FASTA file is processed with per-file log sections and an N/M summary; the app's own *_aligned.fasta artifacts are skipped.
• Run statistics: model, taxa, lnL, gamma, Ts/Tv and run time are printed to the log after every analysis.
• CSV summary: phymlgui_summary.csv (semicolon-separated, UTF-8 BOM) is written next to the input after every run — opens cleanly in Excel.
• Code split into phyml_core / phyml_ui modules.

Package contents

File	Description
phymlgui.exe	The GUI (MIT license), no installation required
phyml-mpi.exe	MPI build of PhyML 3.3 (GPL; built from github.com/stephaneguindon/phyml)

Requirements: Microsoft MPI runtime for parallel mode (msmpisetup.exe); MUSCLE (muscle.exe) for automatic alignment — configure its path in the GUI. Results are written next to the input files.

---

Русский

phymlGUI — графический интерфейс для Windows, автоматизирующий филогенетический анализ методом максимального правдоподобия: выравнивание MUSCLE → конвертация FASTA→PHYLIP-relaxed → PhyML (последовательно или через MPI), со встроенным просмотрщиком Newick-деревьев.

Новое в 1.2

• PySide6 вместо PyQt5 — устранён лицензионный конфликт MIT/GPLv3.
• Автоопределение MPI: выбор MPI-бинарника PhyML сам включает MPI-режим; сериальный бутстреп на MPI-сборке блокируется с пояснением.
• Автоподстановка ядер: поле np заполняется числом физических ядер; в строке состояния — физические/логические ядра.
• Мониторинг CPU в реальном времени: полоса загрузки системы + утилизация дерева процессов анализа (mpiexec/phyml), средняя загрузка после прогона.
• Пакетный режим: укажите папку — все FASTA-файлы обработаются с секциями лога по каждому и сводкой N/M; собственные артефакты *_aligned.fasta пропускаются.
• Статистика прогона: модель, таксоны, lnL, гамма, Ts/Tv и время — в логе после каждого анализа.
• CSV-сводка: phymlgui_summary.csv (разделитель «;», UTF-8 BOM — корректно открывается в Excel) пишется рядом с входными файлами.
• Код разнесён на модули phyml_core / phyml_ui.

Состав пакета

Файл	Описание
phymlgui.exe	Программа (лицензия MIT), установка не требуется
phyml-mpi.exe	MPI-сборка PhyML 3.3 (GPL; собрана из github.com/stephaneguindon/phyml)

Требования: среда Microsoft MPI для параллельного режима (msmpisetup.exe); MUSCLE (muscle.exe) для автовыравнивания — путь настраивается в GUI. Результаты записываются рядом с входными файлами.