PaperBridge 0.3.4 · 批注 ID 迁移与笔记读取修复

PaperBridge 0.3.4

修复批注 ID 改变后笔记同步误暂停，以及 Codex 因只读取旧 Obsidian 副本而误判个人笔记为空的问题。

批注重新配对

原同步器发现任意旧批注 ID 不在当前 PDF 中，就立即暂停整个论文的同步。现在仅在批注正文、评论、页码和 PDF 来源全部一致，且两端内容能唯一对应时，更新生成回链中的批注 ID。新增批注可以正常加入；批注减少、无法唯一匹配或内容不同仍暂停，不会据相同数量推定安全。

Zotero 富文本自动批注区采用相同的匹配规则。个人笔记与 AI 整理仍使用原来的逐小节冲突检查。没有共同同步历史或同一小节在两端同时修改时，继续保留两端副本，等待用户明确选择来源。旧版暂停与冲突记录会重新检查，无需删除同步状态或保护标记。

读取笔记

get_current_paper 和 get_paper 始终提供配对的 zoteroNote 当前正文，note 仍表示 Obsidian 文件。暂停和冲突状态都返回 noteReadWarning，提醒调用方比较两端；同步未完成或 Obsidian 文件缺失时，也能读取 Zotero 中已保存的笔记。返回前验证笔记属于当前论文且未被删除。

升级

在 Zotero 插件管理器中从文件安装 paperbridge-0.3.4.xpi，然后重启 Zotero。Better Notes、Codex 官方侧栏和阅读兼容补丁无需重装。

验证

• 52 项 Node 自动测试，覆盖唯一 ID 配对、重复内容、真实删除、正文/评论/页码/PDF 来源差异、个人区域保留、暂停读取以及原有同步与传输功能。
• 独立 Zotero 文库与真实 Better Notes 转换验证：相同批注重建后恢复同步并更新两端回链，同时回传 Zotero 个人编辑、逐字保留个人富文本；实际批注区改动继续保留冲突。

原生测试只使用合成论文与笔记，不操作用户文库。

PaperBridge 0.3.3 · 笔记编辑后误报同步冲突修复

PaperBridge 0.3.3

修复在 Zotero 编辑同步笔记后，整篇论文误报“原文批注（自动区被修改）”、个人正文和 AI 内容无法传到 Obsidian 的问题。

Zotero 编辑器保存时会移除 HTML 注释。之前用来标识批注的隐藏注释因此丢失，旧同步器把这个格式变化当成正文变化。本版比较时忽略生成的标识注释，并从批注原文回链识别来源。原文内容、用户修改以及缺少的批注仍参与冲突检查，实际冲突不会被强制覆盖。

旧版已经暂停的记录会重新检查。仅隐藏标识变化造成的误报可以自动恢复；真正的双端修改、批注减少或正文改动继续暂停，保留副本。无需删除冲突目录、重建笔记或手动指定覆盖来源。

读取存在冲突的论文时，接口会明确提示 note 仅是 Obsidian 副本，并同时提供 Zotero 笔记副本，避免因一端为空而误判整份笔记为空。

升级

在 Zotero 插件管理器从文件安装 paperbridge-0.3.3.xpi，然后重启 Zotero。Codex 官方侧栏、Reader Compatibility 和 Better Notes 无需重装。离开笔记编辑区，让后台同步运行后，核对 Zotero 和 Obsidian 中的主笔记；如果仍有真实冲突，先比较两端副本。

验证

47 项 Node 自动测试通过。独立 Zotero 10.0.6 / Better Notes 3.3.3 文库通过 33 项原生检查，覆盖编辑器去掉标识后的正文回传、旧版误报重新检查、原个人富文本保留、PDF 原始批注评论更新、真正批注改动保护以及冲突读取提示。原生测试仅使用合成论文和笔记。

本版沿用 0.3.2 的 Windows 安装器集成及独立阅读补丁。PaperBridge 自有组件仍为手动更新。

PaperBridge 0.3.2 · 独立阅读补丁与 Windows 集成安装包

PaperBridge 0.3.2

HTML 阅读时划选原文后，Codex 可能只收到论文信息，没有收到选中的句子；关闭选区弹窗后，选区也可能丢失。本版新增独立的 Reader Compatibility 0.1.0，补齐阅读器上下文并保留当前选区。单段选中即问，无需点击 Add；需要固定多段内容时仍可使用 Add。

修复不再内嵌到 Codex 官方插件中。官方 XPI 保持原样及其更新地址，兼容插件在侧栏启动或替换后重新检查并挂接。若未来内部接口变化，可能需要更新兼容插件；在“工具 → 阅读兼容补丁状态…”可检查是否启用。

Windows 安装与升级

• 新电脑：下载 PaperBridge-Setup.exe，选择知识库和 Codex 路径。安装器会一起准备 PaperBridge 0.3.2、Better Notes 3.3.3、Codex 官方侧栏和 Reader Compatibility 0.1.0 四个 XPI；随后按提示在 Zotero 插件管理器中从文件安装并重启。
• 已有官方侧栏和 Better Notes：更新 paperbridge-0.3.2.xpi 并新增 paperbridge-reader-compat-0.1.0.xpi，无需重装已正常工作的官方侧栏。
• 曾安装定制侧栏 2026.299.1.1 / 2026.299.1.2：除上述两个插件外，还需安装 codex-for-zotero-official.xpi，恢复官方更新渠道。安装目录里的同一原包名为 codex-for-zotero.xpi。无需先卸载侧栏或删除账号设置。
• 配置助手升级时将安装目录里旧版的自有 XPI 和旧定制侧栏包归档，避免插件目录混入多个旧安装包。它不会直接修改 Zotero 资料目录中的已安装插件。

内附官方侧栏的固定版本为 2026.299.1；保留官方更新渠道不代表承诺兼容所有后续版本。PaperBridge 与 Reader Compatibility 自身继续采用手动更新。

验证与文件

• 44 项 Node 自动测试，其中独立补丁 9 项，覆盖挂接、选区保留、PDF 上下文不受影响、停用恢复、侧栏替换和连续后台检查。
• 独立 Zotero 10.0.6 合成文库：使用未修改的官方侧栏，真实鼠标选中 HTML、关闭弹窗及替换选区后，上下文均包含对应原文；重新安装官方侧栏后自动重挂接。此测试不登录账号或发送模型请求。
• Windows 安装器在隔离目录验证首次安装和重复升级，检查四个插件完整、旧插件归档、本机连接令牌及其他 Codex 配置保留。
• PaperBridge-Source.zip 包含源码、固定版本构建依赖及第三方许可证；独立补丁源码位于 reader-compat/，可用 python reader_compat.py 单独打包。下载文件的 SHA-256 见 SHA256SUMS.txt。

本版包含 0.3.1 的同步标题和批注修复。适用于 Windows x64、Zotero 10（10.0.6 验证）。仍为预发布版本，安装包未提供代码签名；论文、笔记、账号凭据和本机配置不随软件发布。

PaperBridge 0.3.1 · 同步标题与批注修复

PaperBridge 0.3.1

修复首次迁移发生冲突后，后续同步可能重复追加空小节标题的问题。冲突记录不再被当成完整共同版本，未变化的冲突会持续暂停；解析时识别所有受管小节，并正确处理 Zotero 的嵌套笔记容器。历史空重复小节可以自动修复，所有非空内容保留；同一小节有多份非空正文时继续保留冲突。

批注改为读取 Zotero 数据库中已保存的记录，避免附件缓存暂时为空时生成“尚无批注”。已有批注标识减少时暂停覆盖，保留旧内容；确实删除批注时需要先核对删除情况。富文本或 Markdown 转换意外返回空内容时也暂停同步。

单篇论文暂停时，批量同步会报告该篇原因并继续处理其他论文，避免一处异常阻止整个文库更新。

批注区为空占位或经逐条核对是当前原始批注的子集时，可以补齐缺少的批注；存在正文改动、旧标识丢失或来源不明确时继续暂停。即使 Obsidian 批注区已经丢失，也不会用空来源继续清空 Zotero 中尚存的批注。

验证：35 项 Node 自动测试；独立 Zotero 10.0.6 / Better Notes 3.3.3 文库中通过 22 项检查，覆盖首次冲突后的多轮同步、输入改变、空重复标题修复、非空重复正文保护、嵌套容器、空转换、空缓存、批注补齐及两端原内容保留。

不会自动选择冲突来源、删除历史冲突副本或合并不明确的个人内容。已经产生的非空重复正文、Git 冲突标记或批注标识差异，需要比较两端副本并明确选择来源后再恢复。

下载与升级

• 已有用户：下载 paperbridge-0.3.1.xpi，在 Zotero 插件管理器中从文件安装并重启。其他插件和 API Key 无需重新配置。
• 新电脑：下载 PaperBridge-Setup.exe，选择本机知识库和 Codex 路径，再按 README 安装三个 Zotero 插件。
• 多电脑使用：先备份知识库和 Zotero 数据，将所有参与同步的电脑升级到 0.3.1 后，再继续双向同步，避免旧版继续写入异常。
• PaperBridge-Source.zip 包含源码、固定版本的构建依赖和第三方许可证。SHA256SUMS.txt 可用于核对安装包、源码包、插件及中文说明。

适用于 Windows x64、Zotero 10（已在 10.0.6 验证）。本次仍为预发布版本，尚未提供安装包代码签名和在线自动更新。论文、个人笔记、本机配置、API Key 和修复备份不随软件发布。

PaperBridge 0.3.0 · DeepSeek 与阅读模板

PaperBridge 0.3.0

新增独立的 PaperBridge AI 侧栏，可选择 Codex 账户或 DeepSeek API。DeepSeek 直接连接官方接口，支持本机加密保存 Key、连接检查、Flash / Pro、可选深入思考、流式回答、停止请求、按论文保留本地对话及指定 AI 小节保存到 Obsidian。

三种阅读模板现在可以直接在面板中选择并应用到现有同步主笔记，不必通过 Better Notes 的独立模板入口。升级保留之前的笔记和个人书写内容，并包含 0.2.1 的 Codex 路径自动恢复修正。

Key 仅在当前 Zotero 资料目录对应的本机加密文件中保存，不进入知识库或 Git；换电脑后重新填写。DeepSeek 与 Codex 聊天历史分别保存，不会在切换时自动把旧聊天发给另一家服务。论文信息、选中原文和可选正文仅在发送问题时提交给 DeepSeek，按用户自己的 API 账户计费。

验证：31 项自动测试；独立 Zotero 文库中的模式选择、Key 加密保存、本地模拟接口连接、流式回答、对话落盘、方法小节保存和模板升级。未提供真实 DeepSeek Key，因此尚未进行真实账户的付费模型调用。自动分类继续使用原来的 Codex 配置。

适用于 Windows x64、Zotero 10（已在 10.0.6 验证）。这是预发布版本，尚未提供安装包代码签名和在线自动更新。

已有用户升级：在 Zotero 插件管理器中安装 paperbridge-0.3.0.xpi 并重启；已安装的 Codex 侧栏和 Better Notes 无需重装。全新电脑使用 PaperBridge-Setup.exe，按 README 完成本机路径配置和三个插件安装。DeepSeek Key 由每台电脑自行填写。

下载后的文件可用 SHA256SUMS.txt 核对。PaperBridge-Source.zip 包含固定版本的构建依赖和第三方许可证；个人论文、笔记、账号凭据及本机配置不随软件发布。

PaperBridge 0.2.0 · Windows

PaperBridge 0.2.0 — Windows 预发布

将 Zotero 阅读、Codex 问答、Obsidian 主笔记连接起来。每篇论文配对一份 Zotero 子笔记，支持小节级双向同步、独立修改合并、同小节冲突副本、三种阅读模板及分类。

适用于 Windows x64、Zotero 10（已在 10.0.6 验证），需要自行安装并登录 Codex 和 Obsidian。

下载 PaperBridge-Setup.exe 后选择本机路径，再按说明安装三个 Zotero 插件。已有 Codex 侧栏可保留。完整源码包可离线构建；SHA256SUMS.txt 用于核对下载文件。

验证：18 项 Node 自动测试通过；此前独立 Zotero 文库通过 16 项双向笔记实测，包括冲突、图片、公式、代码、双链及删除保护。第二台实体电脑迁移尚未验证。

限制：当前只支持个人文库、每篇论文一份主笔记；旧有其他笔记不自动合并。无跨电脑编辑锁，切换电脑前后请完成 Zotero 和知识库同步。尚未提供自动在线更新与代码签名。

安装步骤见仓库 README；换电脑请阅读 docs/Windows迁移指南.md。下载后可用 SHA256SUMS.txt 核对文件。