Paperico 1.3.0

Paperico v1.3.0

发布日期：2026-10-21。App build 13。基线：1.2.0（App build 12）。需要 Apple Silicon Mac 和 macOS 15 或更高版本。

本版统一论文库、方法索引、阅读器、设置及弹窗的视觉规格，改善窄窗口排版、文字可读性与键盘操作体验。

视觉与交互

• 统一工具栏图标、按钮尺寸、弹窗标题、表单、间距和错误颜色；主操作按钮根据强调色选择对比度更高的文字颜色。
• 论文库与方法索引的加载占位跟随实际网格排列；方法卡补齐悬停反馈，排序按钮和面板层次与论文库保持一致。
• 扩大窄窗口中的论文信息与对话抽屉，避免内容被过度压缩；元数据、Zotero 导入和引用来源弹窗根据窗口宽度调整，长标题与正文可以滚动查看。
• 提升分组计数、阅读错误提示与附加证据的可读性，扩大移除证据按钮的点击区域；首页正确显示论文失败状态。
• 恢复导航和自绘控件的键盘焦点，补充阅读模式、进度和缩放按钮的辅助功能信息；按钮按压及阅读进度动画遵循“减少动态效果”设置。

修复

• AI 模型设置页的论文库引用说明、工具调用状态和输出预算统一纳入玻璃说明框，保持一致的字号、间距与自适应换行。
• macOS 15 回退材质保留控件强调色；开启“减少透明度”时，玻璃表面使用不透明主题背景。
• 外观设置说明与实际行为一致：主题、强调色和正文字号保存后生效，透明度即时生效。

安装与升级

• 下载 Paperico-1.3.0.dmg，将 Paperico 拖入“应用程序”并替换旧版本；附带 .sha256 校验文件。
• 从 1.2.0 升级无需迁移论文库；本版不修改索引 schema、论文、笔记、对话或模型配置格式。
• DMG 使用 ad-hoc 签名，保留 App Sandbox 及网络权限；未使用 Developer ID 签名，未经过 Apple 公证。

验证

• 核心与 MCP：243 项，240 项通过、3 项真实语料集成测试按配置跳过，0 失败。
• 开发脚本：9 项，8 项通过、1 项已退役后端快照检查跳过，0 失败。
• Markdown 渲染：220 / 330 / 480 pt 三种面板宽度，423 个流式快照全部通过。

macOS 15 回退材质及系统“减少透明度”的实机视觉验收尚未完成；本版不包含新的真实模型或 MinerU 服务验收。

Paperico 1.2.0

Paperico v1.2.0

发布日期：2026-10-08。App build 12。基线：1.1.0（App build 11）。需要 Apple Silicon Mac 和 macOS 15 或更高版本。

1.2.0 的主线是跨论文问答：你的整个论文库成为对话上下文——模型可以按需检索、读取库内其他论文来回答宽泛问题，并给出可点击跳回原文的证据来源。同时补齐元数据工作流（旧论文回填、手改保护、Zotero 导入）并把最低系统版本降到 macOS 15。

新增

• 可选论文库问答（Library-aware Chat）：默认关闭，在设置中开启后，对话不再局限于当前论文。
  • 支持工具调用的模型走 agent 路径：只读工具集（search_library / get_paper / search_methods 等）按需检索与读取库内论文，有界执行——默认最多 3 轮工具调用、总计 8 次，达到上限后强制基于已收集证据收束回答。工具走进程内调用，不经 MCP loopback，因此不要求开启 MCP、也不暴露 MCP token；工具不改变阅读状态、不触发解析管线、不访问外部网络。
  • 不支持工具的服务自动走 deterministic fallback：本地关键词检索 Top-K 论文、注入压缩 brief、一次问答生成。能力探测只在设置页「测试连接」时进行，对话中不重复探测。
  • 对话 UI 区分论文 / 方法 / 跨论文三类证据来源，显示本轮查阅论文数与库内查询数；来源卡可打开对应论文并返回原会话。
• Zotero 导入：支持 Zotero「导出集合 → BibTeX + Export Files」产出的文件夹——.bib 与附件 PDF 按路径/文件名配对，bib 元数据作为权威值预填（记为 manual，自动识别不会覆盖），导入摘要逐条列出已导入 / 无元数据 / 重复跳过 / 未配对。兼容 Zotero 7–10 导出的 bib 变体。
• 旧论文元数据识别：论文库支持对单篇或批量旧论文执行「识别元数据」——从原文识别 DOI / arXiv 并回填作者、年份、期刊；manual 论文跳过并提示原因；网络失败静默降级。
• 元数据编辑：MetaCard 新增标题 / 作者 / 年份 / 期刊 / DOI / arXiv 编辑入口，编辑后记为 manual；MetaCard 同时显示标识符与元数据来源。
• 引用质量验收（发布 harness，opt-in）：PAPERICO_E2E_QUESTIONS 激活后对人工题库全量跑问答，输出引用命中率、伪来源数、工具预算等指标，低于阈值直接 FAIL；伪引用 > 0 即 FAIL。

变更

• 最低系统版本降为 macOS 15：部署目标从 26 下调；26 专属的液态玻璃 API 收敛到 GlassKit 统一封装（GlassGroup / liquidScrollEdge），旧系统自动落到系统材质回退，macOS 26+ 观感不变。部署目标即回归门禁——引入未加门槛的 26 专属 API 会直接编译失败。
• 重新分析保留手动改过的标题（meta_source = manual 的标题不再被 LLM 标题覆盖）。
• 对话系统 prompt 补齐作者、年份、期刊、DOI，与笔记合成端对齐。
• MCP get_paper 对元数据回填后的论文返回 doi / authors / year（随 PaperListItem 契约带出，新增测试锁定）。

修复

• 修复宽泛问题几乎必现的「已停止生成」空回答：发送 / 停止双态按钮（或 Esc）在流式刚开始的数百毫秒内被二次触发时，会立即取消刚建立的请求。stopGenerating 现带 1 秒武装期，期内重复触发被忽略；真正的停止意图在武装期后照常生效。
• LLM 请求链路补充 debug 级诊断日志（请求发出、响应状态码、收包字节、取消 / 失败原因，子系统 com.paperico.app），诊断客户端取消类问题时不再丢失响应体证据。

开发

• 全量测试 233 项 0 失败（2 项 opt-in 跳过），含 tool-call SSE / agent loop mock 与新增 LibraryAutomationMetadataTests。
• 新增 macos/scripts/e2e/citations.manifest.json（schema 注释 + 样例；PDF 本体因版权不入库，运行时经 PAPERICO_E2E_PDF_DIR 提供）。

安装与升级

• 数据目录 Application Support/Paperico/ 结构不变：论文库、PDF、笔记、对话、方法分组全部保留。
• 从 1.1.0 升级无需任何手工操作；索引 schema 无变化。
• 论文库问答默认关闭；开启前请在设置页「测试连接」确认当前模型对工具调用的支持情况。

Paperico 1.1.0

Paperico v1.1.0

发布日期：2026-10-07。App build 11。需要 Apple Silicon Mac 和 macOS 26 或更高版本。

1.1.0 是一个收敛版本：把 1.0.x 留下的多处同一不变量实现收拢到各一处，并补齐唯一明显缺失的能力（论文元数据识别）。不新增阅读器形态，不改渲染管线，不动凭据体系。

新增

• 论文元数据自动识别：解析完成后从原文出版信息中识别 DOI / arXiv ID，命中 DOI 时查询 Crossref、命中 arXiv 时查询其 Atom 接口，自动补全作者、年份、期刊。此前这些字段建库时为空且全仓无写入点，论文卡片与 MetaCard 的对应渲染分支一直是空的。
  • 识别失败静默降级，绝不阻塞解析与翻译；查询各有 8 秒硬超时。
  • 没有 DOI / arXiv 的论文行为完全不变：不新增等待、不新增错误态。
  • 你手改过任意元数据字段后（meta_source 记为 manual），自动识别不再覆盖你的值。
• 按 DOI / arXiv 去重：解析完成后从原文识别 DOI / arXiv，在进入模型分析前完成同标识符去重——同一篇论文的预印本与正式版字节不同、SHA-256 不同，此前会被当作两篇论文入库，现在会被识别为重复并指向已有论文。
• MCP brief 资源：外部 Agent 可先读一份压缩上下文（逻辑链 6000 字符预算、方法索引Top-40，§ 章节标题恒留），需要原文时再读 blocks。此前 MCP 端直接返回全量 Block，只有 6 MiB 上限兜底。它与 App 内对话共用同一套压缩实现（不是另写一份）。
• 未引用文件报告：库管理页新增「未引用文件」，列出磁盘上存在但索引里没有对应记录的文件（永久删除中途失败、旧版残留、手工拷入），显示路径、体积与类型。默认只报告不删除；删除需勾选并二次确认，逐项执行、失败可重试。

变更

• 本地 MinerU 解析改为串行（同一时刻只解析一篇）。本地服务就是这台机器上的同一个实例，并发提交两份只会互相拖慢；云端解析与模型调用保持 2 并发不变。批量导入本地论文时总耗时会变长，这是有意的取舍。
• 论文库索引 schema 升到 v2（新增 doi / arxiv_id / meta_source）。升级是单向的：1.1.0 写过的库 1.0.x 打不开，会收到明确的「请升级」提示。
  • 原因：1.0.x 虽能读懂新字段，但写回时会静默丢弃它们——降级会悄悄丢数据。显式拒绝比静默损坏好。
  • 首次打开旧库时会在迁移前生成 library.json.bak-v1-<时间戳> 备份并保留；迁移失败则保留原文件，不会进入半迁移状态。
  • 迁移逻辑只有一个入口（LibraryIndexMigrations），新增字段只允许在那里落。

开发者可见

• 新增真实论文 opt-in 解析回归（PAPERICO_E2E_PDF_DIR）和已分析库副本检查（PAPERICO_E2E_LIBRARY_DIR），env 缺失时 skip，已配置服务的实际失败会让测试失败。macos/scripts/verify_real_pipeline.sh 另行验证真实 App 上传与全管线、三篇排队及元数据落盘；需要显式配置 MinerU 和 LLM，使用隔离库，凭据只在内存中保留。真实 PDF 与解析产物不入仓库。
• 新增磁盘契约 fixture 与 MCP 契约快照（UPDATE_SNAPSHOT=1 刷新）。刷新快照必须在提交信息里说明契约为何变化，见 CONTRIBUTING.md。

安装与升级

• 数据目录 Application Support/Paperico/ 结构不变：论文库、PDF、笔记、对话、方法分组全部保留。
• 无需任何手工操作。首次打开 1.0.x 的论文库时会自动迁移，并在同目录留下一份library.json.bak-v1-<时间戳>。
• 从 1.1.0 降级回 1.0.x 会被明确拒绝。
• 新解析的论文会识别元数据；已完成旧论文的元数据不会在启动时自动回填。
• 若旧版保存的附录没有译文，可以在阅读器选择「重新翻译」生成完整结果。

发布前修复

• 保留首页含 DOI / arXiv 的页眉、页脚出版信息，避免解析器将标识符提前丢弃。
• arXiv 改用 HTTPS；元数据查询拒绝非成功 HTTP 状态，并以总时长限制持续流式响应。
• 保留合法 DOI 内的括号，正确编码 URL 保留字符。
• 同一次库操作内登记标识符与判断重复，防止并发论文互相判重；重复记录不会阻塞已有论文重试。
• 修复符号链接路径（包括 macOS 的 /var → /private/var）导致下载解包后清单路径失效。
• 修复真实回归的空库永久跳过、解析失败被误记为 skip，以及图表/公式译文检查使用错误字段。
• 中英文 README 下载版本与发布说明链接同步为 1.1.0。
• 论文卡片年份按年份显示，修复新元数据使 2026 被显示为 2,026 的格式问题。

验证

• swift test --package-path macos：212 个测试，0 失败，3 个 opt-in 默认跳过（202 个核心、10 个 MCP；含索引迁移、元数据五路径、并发判重与重试、总时长超时、编排顺序、brief 预算、孤儿报告与误删防线、降级拒绝、时间戳定宽、契约快照）。已验证故意重命名一个
  MCP 工具会让快照测试变红。
• 完整 App target 编译通过（Debug / Release）；8 个脚本测试通过（1 个 opt-in 跳过）。

真实环境验收

• 测试论文通过生产 PapersStore.upload → PaperPipeline 导入，观察到本地解析峰值为 1、等待队列峰值为 2；均完成并持久化 DOI、作者、年份和期刊。一次模型段落 ID 错误被拒绝保存，手动继续后复用前五段，仅生成剩余内容，不重新上传或解析。
• 两篇真实 PDF 解析、三篇完成库的 sidecar 指纹与译文检查、外部客户端检查均通过，三项 opt-in 0 跳过。
• Release App 使用隔离真实库确认论文卡片作者/年份与 MetaCard 期刊；原用户库在验收后恢复。
• 外部 Python 进程通过生产 MCP HTTP 服务读取真实库的 brief → blocks，成功追溯 299 个原文块。
• Release DMG 可挂载并启动 App；内部版本为 1.1.0 / 11，ad-hoc 签名与四项 Sandbox/MCP 权限保留，同时提供 SHA-256 校验文件。本包沿用现有分发方式，未做 Developer ID 签名或 Apple 公证。

Paperico 1.0.1

Paperico v1.0.1

发布日期：2026-10-05。App build 10。需要 Apple Silicon Mac 和 macOS 26 或更高版本。

修复与改进

• PDF 阅读区在正文拖选期间隔离窗口背景拖动，避免选择 PDF 内容时带动整个窗口。
• 论文库、方法类别和设置页标题统一为 24；前两页标题略向右缩进，设置页标题缩小。处理任务的重试菜单与打开、停止按钮共用液态玻璃样式。
• 正文范围识别支持 References 之后重新出现的 Methods、Results、附录与扩展图表，保留这些章节及图注的翻译和逻辑链，同时继续排除参考文献、出版信息与 Reporting Summary。
• 长论文按原始节点和文本量分段翻译，完成后再结合全文生成总结与方法索引，减少漏节点、译文错位与输出截断。严格校验稳定编号、原文开头、译文完整性与方法证据。
• 默认输出上限提高为 65,536；按请求内容分配输出预算，移除强制 JSON 格式参数，并检测连续空白和重复方法输出。
• 每个请求只生成一次，失败保留响应，不自动重试。手动继续中断的长文任务可复用已完整校验的分段；完整结果仍可通过「恢复上次返回结果（不调用模型）」在本地恢复。

安装与升级

下载 Paperico-1.0.1.dmg，将 Paperico 拖入 Applications 并替换旧版。
本次提供 ad-hoc 签名，未使用 Developer ID 或 Apple 公证。
原生论文库格式兼容，保留现有 PDF、笔记、对话与方法分组。
新的输出上限默认值适用于新配置；已有配置保留用户设置，可在设置页自行调整。

验证

• 133 项 Swift 回归测试通过，覆盖正文范围、节点与原文校验、分段检查点恢复，以及核心持久化、方法索引和 MCP 集成。
• 开发脚本测试通过；Markdown 渲染检查通过，覆盖 3 种面板宽度的 423 个流式快照。
• 三篇问题文献的全部节点与已保存结果通过完整性校验。
• Release 构建、应用版本与构建号、签名、Sandbox/MCP 权限和 DMG 完整性检查通过。
• PDF 拖选的实机交互未能由自动化工具验证，需实际拖选确认。

Paperico 1.0.0

Paperico v1.0.0

发布日期：2026-10-05。App build 9。需要 Apple Silicon Mac 和 macOS 26 或更高版本。

更新

• 方法索引引入持久分组：全部 8 个预设分组始终可见（包括空分组）；支持新建、改名、删除
  和把条目拖入其他分组，分组名称不能重复；删除分组会删除其中所有索引条目，并在确认框中
  明确说明。分组与条目移动保存在本机论文库，论文原文和解析证据仍然保留。
• 新论文分析接收全部当前方法分组与已有方法清单：模型建议只能使用有效分组；已有条目沿用
  其稳定 ID 和用户编辑后的名称、分组，类别相同不会自动合并。手工整理越多的库，新论文的
  方法识别越贴合自己的用法。
• 分析边界收紧：论文作者/出版信息与参考文献不进入翻译与逻辑链请求（原始块仍保留）；
  保守识别无标准标题的文献段落；正文缺块、乱序或缺译文会使分析失败，而不是返回不完整结果。
• 钥匙串凭据统一保存与串行读取，AI、PDF 解析和 MCP 共享本次运行的授权结果；取消授权
  不再继续弹出其他凭据窗口。已有密钥显示「待解锁」，不误报为未配置。旧条目安全迁移，
  失败保留原值；首次迁移及签名变化的系统授权次数仍由 macOS 决定。
• 「设置 → 关于」显示应用版本、构建号、作者、MIT 许可与项目链接，提供正式版本检查和
  自动检查开关。自动检查每天最多一次，发现新版本后提醒并打开发布页下载；检查失败不会
  打断阅读。应用菜单提供「关于 Paperico」与「检查更新」，均复用工作台内的关于页。
• 界面统一：论文与方法的分组控件、拖拽反馈共用同一套圆角液态玻璃样式（拖拽预览锚定
  指针，目标分组显示加号）；界面使用系统字体，论文正文排版保留衬线；文章标题只显示一次
  （衬线加粗中英对照），保留原始块与证据链接；逻辑链与节点笔记编辑框复用原生 Liquid Glass
  输入表面与保存/取消按钮，直接拖动右下角调节大小；分割条接管鼠标拖动，避免带动窗口；
  行内编辑统一，卡片与分组操作移入右键菜单；底部导航使用随强调色变化的矢量 Paperico 字标。
• 历史对话支持右键改名与删除：改名使用同字号的行内编辑框，删除前确认清除全部消息；
  已导出的笔记保留，操作只影响所选论文的目标会话。
• 编辑时沿用显示状态的字号；论文、方法、分组及历史对话的名称编辑与确认/取消位于同一行，动作靠右。
  逻辑链编辑和笔记入口改为原生玻璃按钮，笔记使用笔记图标；笔记编辑支持 ⌘B/⌘I/⌘H
  切换加粗、斜体、高亮，格式与文本一并保存。逻辑链栏的进出匹配右侧栏的 280ms 动画。
• 对话中的原文证据编号在原位显示为可点击的玻璃按钮，随段落换行；正文、列表、引用、
  表格和流式回答均使用同一机制。代码和无效引用保持普通文字，复制时保留完整证据编号。

安装与升级

下载 Paperico-1.0.0.dmg，将 Paperico 拖入 Applications 并替换旧版。
本次提供 ad-hoc 签名，未使用 Developer ID 或 Apple 公证。
原生论文库格式兼容；更新前可备份完整沙盒数据目录。旧后端 SQLite 库仍没有自动迁移。

验证

• 108 项原生核心测试，覆盖分析边界收紧（作者/文献段排除、缺译文拒绝）、方法分组的
  合并与身份保持，以及库、管线、对话改名/删除、证据编号、笔记格式与归档回归。
• 5 项 MCP 集成测试，使用真实 loopback HTTP 与官方 Swift SDK 客户端互通。
• 24 项离线阅读器测试与生成资源检查、Markdown 流式渲染冒烟检查。
• 干净 Release 构建、DMG 完整性、应用签名与版本号检查。