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Ncbi taxon id を使った検索拡張など
Fumihiro Kato edited this page Jul 16, 2015
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1 revision
=== 和名を入れるとNCBI Taxon IDを返す ===
PREFIX rdfs: PREFIX species: SELECT DISTINCT ?num WHERE { ?sname rdfs:label "アゲハチョウ科"@ja . ?sname species:hasNCBITaxonomyID ?num . }
=== 種の学名(Papilio xuthus)を入れると属のNCBI Taxon IDを返す ===
PREFIX rdfs: PREFIX species: SELECT * WHERE { species:hasSuperTaxon ?o . ?o species:hasTaxonRank . ?o species:hasNCBITaxonomyID ?num . optional { ?o species:commonName ?name . } } LIMIT 200
=== 種の学名(Papilio xuthus)を入れるとそのFamily(科)に属するタクソンのNCBI Taxon IDを返す ===
PREFIX rdfs: PREFIX species: SELECT DISTINCT ?label ?num WHERE { species:hasSuperTaxon ?o . ?o species:hasTaxonRank . ?o2 species:hasSuperTaxon ?o . ?o2 species:hasTaxonRank ?rank . ?o2 species:hasNCBITaxonomyID ?num . ?o2 rdfs:label ?label . } LIMIT 200
=== カサゴケ科の学名(Bryaceae)を入れるとそのFamily(科)に属するタクソンのNCBI Taxon IDを返す ===
PREFIX rdfs: PREFIX species: SELECT DISTINCT ?label ?num ?rank WHERE { ?o2 species:hasSuperTaxon . ?o2 species:hasTaxonRank ?rank . ?o2 species:hasNCBITaxonomyID ?num . ?o2 rdfs:label ?label . } LIMIT 200
=== NCBIのIDを入れるとその上位タクソンを返す ===
PREFIX rdfs: PREFIX species: SELECT * WHERE { rdfs:label ?scientificname ; species:hasSuperTaxon ?parent . ?parent rdfs:label ?parentname. } LIMIT 200
=== NCBIのIDからひとつ上のタクソンを返す(ひとつ上の階層を決め打ち) ===
PREFIX rdfs: PREFIX species: SELECT * WHERE { rdfs:label ?scientificname ; species:hasSuperTaxon ?parent . ?parent rdfs:label ?parentname ; species:hasTaxonRank . } LIMIT 200
=== NCBI由来に限って、上位タクソンを探す ===
PREFIX species: SELECT * WHERE { graph { species:hasSuperTaxon ?o . ?o species:hasTaxonRank ?r . } } LIMIT 1000
=== NCBI由来に限って、自分の属する属genusタクソンのNCBI taxon idを返す === NCBI由来でないものがはいるとおかしなことがおこるので。
PREFIX species: SELECT distinct ?num WHERE { graph { species:hasSuperTaxon ?o . ?o species:hasTaxonRank . } ?o species:hasNCBITaxonomyID ?num . } LIMIT 1000