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gem 0.1.19 — 链霉菌权威模型目录 gem_models
新能力
- gem_models 权威模型目录（Sco-GEM / Salb-GEM / iJV1220）：list / install / verify 全链支持，SHA256 逐字节校验，面向链霉菌研究场景开箱即用
- G0–G6 七关验证链落地（含 G6 ATP 泄露哨兵）；模型卡声明审计 v3；账本/构建/指纹改进
质量
- 4 项定向测试入链；npm test 全绿（计数门 11 pass / 0 fail）
npm: npm install @dsh-bio/dsh-bio-gem@0.1.19（shasum 2a819d0c7ac25381b6839c0486df606519d02e4b）
v0.1.18 — 公开信息审计复核修复批次（含小型行为修复）
@dsh-bio/dsh-bio-gem v0.1.18
主题：公开信息审计复核修复批次（含小型行为修复）。
基因组尺度代谢模型（GEM）构建插件：基因组输入 → 构建 → 验证 → 补洞 → 出报告（标准 SBML + 模型卡）。
修复与改进
行为修复
- BiGG 模型下载的代理回退：显式将
ALL_PROXY映射到 http/https（此前仅声明支持、实际未生效）；直连失败时按系统/环境代理重试。 - 白名单构建入口守卫：
GEM_GAPSEQ_DB未配置或无效时在任何文件操作前给出可操作错误（生产调用链同样受控，不再隐式使用相对目录）。 - 回归脚本解释器默认值沿用
DSH_HOME（与生产解析规则一致；显式GEM_PYTHON仍最高优先）。
文档与一致性
- 架构文档：去内部阶段代号与决策史；工具契约表补
gem_quality/gem_sample（23 工具 / 23 op）；生长/通量单位口径统一（归一化 biomass 为 1/h；一般通量为 mmol/gDW/h）。 - 计数一致性：README 英文段 22 工具（除 build 外）；中文标题 23。
- 过程叙事中性化：代码注释与工具返回文案中的开发阶段标签、调用经历记录全部清除（保留判据依据与错误条件）。
安装
npx -y @deepseek-ai/dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-gem桌面端（0.2.0+）：用桌面端自带 CLI（--profile desktop）或应用内「插件」页安装。
分析用 Python（cobra）优先复用 dsh-bio-genie 自举环境；未装 genie 时见 README 第 2 节。
已知边界（诚实清单）
gem_build的 gapseq 引擎为实验性（WSL2 环境绑定，30–60 分钟/模型）；默认 carveme 引擎已可出可验证模型。- 其余边界见 v0.1.12 清单。
v0.1.17 — 公开信息审计修复与默认值通用化
@dsh-bio/dsh-bio-gem v0.1.17
主题：默认值通用化与公开信息审计修复。
基因组尺度代谢模型（GEM）构建插件：基因组输入 → 构建 → 验证 → 补洞 → 出报告（标准 SBML + 模型卡）。
修复与改进
默认值通用化（面向所有用户）
- 资源路径默认值不再绑定开发机目录：解释器/工具与参考资源改为插件数据目录 + 环境变量优先
（GEM_GAPSEQ_DB/GEM_DIAMOND/GEM_WHITELIST_DB_DIR/GEM_UNIVERSAL_MODEL/GEM_INX_MODEL），
缺失时给出可操作提示而非静默失败。 - BiGG 模型下载的代理回退改为读取环境变量代理（
HTTP_PROXY/HTTPS_PROXY/ALL_PROXY），
不再固定本机端口；描述与实现一致。
测试与文档
- 回归脚本资产配置显式化：
--assets-root或DSH_BIO_GEM_ASSETS指定模型资产；缺资产时相关检查 SKIP（不误报为回归失败）。 - 文档一致性：生长值单位口径说明（归一化 biomass 为 1/h；一般反应通量为 mmol/gDW/h）、工具计数、
架构文档状态与内部代号清理、基准报告路径通用化。
安装
npx -y @deepseek-ai/dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-gem桌面端（0.2.0+）：用桌面端自带 CLI（--profile desktop）或应用内「插件」页安装。
分析用 Python（cobra）优先复用 dsh-bio-genie 自举环境；未装 genie 时见 README 第 2 节。
已知边界（诚实清单）
gem_build的 gapseq 引擎为实验性（WSL2 环境绑定，30–60 分钟/模型）；默认 carveme 引擎已可出可验证模型。- 其余边界见 v0.1.12 清单。
v0.1.16 — 导出与工作区修复批次
@dsh-bio/dsh-bio-gem v0.1.16
主题：导出与工作区修复批次 + 公开文档整理。
基因组尺度代谢模型（GEM）构建插件：基因组输入 → 构建 → 验证 → 补洞 → 出报告（标准 SBML + 模型卡）。
修复与改进
导出产物规范化
- CSV 导出保持纯数据表（标准表头 + 行）；声明/参数/免责信息移入旁车文件
<path>.meta.json（返回体附export_csv_meta路径）——标准解析器（pandas 等）可直接读取。 - 导出路径父目录不存在时自动创建（mkdir -p 语义），不再报 FileNotFoundError。
工作区与运行环境
- 工具相对路径基于会话工作区解析（python 子进程 cwd 对齐会话目录）。
- gapseq 能力探针改为只读检查本地序列库元数据，不再依赖在线检查（离线环境不再误报）。
公开文档整理
- 清理内部流程信息；架构文档措辞规范化。
安装
npx -y @deepseek-ai/dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-gem桌面端（0.2.0+）：用桌面端自带 CLI（--profile desktop）或应用内「插件」页安装。
分析用 Python（cobra）优先复用 dsh-bio-genie 自举环境；未装 genie 时见 README 第 2 节。
已知边界（诚实清单）
gem_build的 gapseq 引擎为实验性（WSL2 环境绑定，30–60 分钟/模型）；默认 carveme 引擎已可出可验证模型。- 其余边界见 v0.1.12 清单。
v0.1.15 gapseq 探测中不再被报成不可用
gapseq 探测中不再被报成不可用
G 系列跨插件契约层修复（独立包，不合并）。
修复
- capabilities 依赖状态折叠：
buildCapabilitiesReport原把所有非ok
的状态都算进missingDeps。runtime.gapseq在 WSL 冷启动期间按契约就是
warn（null= 尚未探测），于是「还在探测」被对外报成「gapseq 不可用」——
冷启动期面板给出错误结论。现区分三态：missing才算unavailable；
warn（探测未完成或进行中）与 check 缺席都归unknown，一并写进
unknown_dependencies供前端提示「待确认」。 - 依赖检查漏项：
requires映射用的判断在某个依赖 id 没出现在checks
里时返回 false，即「未观测到」被当成「已满足」。collectChecks()目前固定
产出全部 check id，该分支在生产路径不可达，但buildCapabilitiesReport
是导出函数，测试或后续裁剪 check 集都会踩到。
测试
test/capabilities-warn-state.mjs新增 5 项。test/check-counts.mjs对gem-expert.md的检查从「文档里是否有 N个语义化
工具这句计数」改为「skill 出现的gem_*工具名与 manifest 双向一致」。
该skill 逐名列工具、无总数声明，旧检查项因此长期 WARN；新检查项同时能发现
缺失与过时两种漂移。
验证
变异：把 warn 折回 missingDeps → actual: 'unavailable', expected: 'unknown'，exit 1；还原 → exit 0。npm test exit 0，计数门 9 pass / 0 fail /
0 warn（基线为 8 pass / 1 warn）。
v0.1.14 版本号单一真值源修复
fix: /health 自报版本号与磁盘不一致（潜在）
问题
src/integration.js 的 PLUGIN_VERSION = '0.1.13' 是硬编码字面量。本次未触发显示错误（版本恰好一致），但与 galatea 同型缺陷 —— bump 时漏改即导致自报旧版本。
改动
改为从 package.json 实时读取，消除第二真值源。
新增门禁
test/check-version-source.mjs（与 galatea 同款），接入 npm test。变异实验已验证门禁有效。
已知既有问题（与本次改动无关，经 git stash 判定）
smoke 的「benchmark 自检: 蔗糖条件生长差已知方向」在改动前即失败（37 通过 / 1 失败 / 4 跳过）。
dsh-bio-gem v0.1.12 — 审计修复 + 引擎兼容声明
@dsh-bio/dsh-bio-gem v0.1.12
跨版本说明：npm 上此前 latest 为 0.1.3，本版为 0.1.4–0.1.12 的累积发布（GEM 全链能力 + 一轮审计修复）。
基因组尺度代谢模型（GEM）域插件：全基因组 → 自动构建 → 验证 → 补洞 → 出报告（SBML + 模型卡），供 dsh-bio-genie 宿主消费。
亮点
21 个 gem_* 语义化工具（累积）：构建（gem_build/gem_gapseq/gem_annotate）、验证与修复（gem_validate/gem_gapfind/gem_gapfill/gem_phenotype/gem_l3_fix）、分析（gem_biomass/gem_fluxscan/gem_sensitivity/gem_essentiality/gem_double_knockout/gem_enrichment/gem_secretion/gem_precursor_scan/gem_targets）、资产与账本（gem_media_resolve/gem_ledger/gem_benchmark/gem_report）。
能力要点
- 预测账本：一个模型一个账本（
~/.dsh/dsh-bio-gem/ledger/<模型>.jsonl），登记/幂等/坏行容错；退化模型（生长为 0）显式拒绝登记预测。 - 介质两级策略：内置完整成分（含金属离子）预设 + 跨引擎解析护栏。
- 可分泌谱 / 双敲 / 靶点导出：带边界声明与计数闭合校验（closure），不伪造通路。
- 域面板：BioGenie 设置面板「代谢建模」分页（六态 + 修复指引，由宿主托管）。
0.1.12 审计修复轮（本版新增）
test/smoke.js重构：模型资产多候选解析（--assets-root/DSH_BIO_GEM_ASSETS/ 新旧位置）——资产迁移后不再硬编码路径崩溃；缺资产 / 缺账本标记 SKIP 而非失败（--require-assets供 CI 严格模式）；CarveMe 跳过判断移至调用前；子进程非零退出 fail-closed。npm test接线：smoke + integration + optional-injection（真注册验证，此前未纳入任何 npm 入口）。
引擎兼容（2026-09-19）：经 dsh 0.1.5-rc.2 走廊逐卡走查（55 张变更卡：零适配命中）与实机验证（工具注册 / 代谢建模面板 / 账本与模型数据）。
安装
dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-gem
# 或：npx -y @deepseek-ai/dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-gem- 安装后重启 dsh web。
- Python 环境：解释器探测顺序 =
GEM_PYTHON→ 宿主dsh-bio-genie自举环境 →CONDA_PREFIX→PATH。分析/验证类工具随装随用。 ⚠️ 构建侧重依赖（gem_build才需要，不与 genie 共享）：CarveMe 独立 venv（~/.dsh/dsh-bio-gem/venv-carveme）必须另放diamond.exe（缺它 carve 不报错、退出码 0、输出为空——README 第 3 节有完整步骤与实测坑）；gapseq 引擎走 WSL2 桥（可选，实验性）。- Smoke 说明：
npm run smoke的 C58 回归断言需要模型资产与账本——缺失时对应检查显式 SKIP 并打印原因（新机器不会误报失败）。
验证口径
npm test全链通过：smoke（45 项，0 失败 0 跳过）/ integration（10 项）/ optional-injection（21 工具真注册）。- 回归锚点：C58 模型 1084 基因 / 2492 反应；AB 介质生长 0.519981；账本 522 条闭合导出。
已知边界（诚实清单）
gem_build的 gapseq 引擎为实验性（WSL2 本机拓扑绑定，30–60 分钟/模型）；默认 carveme 引擎已可出可验证模型。- CarveMe 运行时需手动准备一次（README 第 3 节）——「装完插件」不等于「构建可用」，分析/验证类能力不受影响。
- 注释依赖 SBML groups（gapseq 系模型自带）；无注释模型按契约返回
annotation_unavailable兜底，不伪造通路。
dsh-bio-gem v0.1.3 — G6 ATP 解析跨 ID 体系修复
G6 ATP 解析跨 ID 体系修复
gem_validate 的 G6（ATP 泄漏检测） 此前只按固定的 id 模式匹配 ATP 代谢物，对 MetaCyc / BioCyc 导出模型（ATP 的 id 为 M00002_c、name 为 ATP）匹配失败并误判为 SKIP——该关卡在这类模型上实际从未执行。
现改为三级解析：
- id 模式（补 MetaCyc
m00002系列） - name 匹配（跨 ID 体系最稳的信号，排除 dATP 等衍生物）
- 分子式匹配（含去质子化变体）
返回值新增 atp_resolved_by 标明实际命中的解析路径，SKIP 时的提示同步更新。
实机验证
同一模型（MetaCyc 风格 id 的 GEM）G6 由 SKIP 转为 PASS：
atp_metabolite_found: M00002_c
atp_resolved_by: id_pattern
atp_leak_flux: 0.0