graft 0.1.9 — 候选核验链（GF-1/2/3）

新能力

• 候选身份/坐标/翻译后果核验链（GF-1/2/3）：候选 sgRNA 的身份一致性、基因组坐标、翻译后果三重核验
• 脱靶事实回填与版本自报：扫描结果带事实回填；适配版本自报

---

npm: npm install @dsh-bio/dsh-bio-graft@0.1.9（shasum d345b9887a4b8db1441ab7819eced6954c242bed）

v0.1.8 — 公开信息审计复核修复批次

@dsh-bio/dsh-bio-graft v0.1.8

主题：公开信息审计复核修复批次（功能无变更）。
基因编辑设计专科插件：11 个语义化工具（sgRNA 候选 / 评分向量 / 脱靶扫描 / 策略评估 / 验证方案 / EditPlan 账本）。

修复与整理

文档与一致性（本批全部为文档/注释层）

• 里程碑命名统一（中英文一致；能力表与实现同步）。
• 发布史修正：v0.1.2 说明改注「历史版本（未发布到 npm）」，与 CHANGELOG / v0.1.3 说明一致。
• 契约测试注释计数同步（11 个工具）。
• 过程叙事中性化：测试与注释中的来源叙事改为行为说明，保留回归背景与断言。

安装

dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-graft
# 或经 npx：npx -y @deepseek-ai/dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-graft

桌面端（0.2.0+）：用桌面端自带 CLI（--profile desktop）或应用内「插件」页安装。

已知边界（诚实清单）

• Cas-OFFinder 后端仅 Windows 自动获取（v2.4.1 稳定版）；其他平台手动放置。
• 无 CPU OpenCL 设备的机器上只能走 GPU（device=auto 已自动处理）。
• 编辑器几何证据状态见 docs/PROFILES-TODO.md（未核编辑器如实标注）。

v0.1.7 — 公开信息审计修复与一致性整理

@dsh-bio/dsh-bio-graft v0.1.7

主题：公开信息审计修复与文档一致性整理（功能无变更）。
基因编辑设计专科插件：11 个语义化工具（sgRNA 候选 / 评分向量 / 脱靶扫描 / 策略评估 / 验证方案 / EditPlan 账本）。

修复与整理

文档与实现一致性

• 接入状态与路线图更新：integration v2 载荷已对齐、里程碑 B–F 全部标记完成（英文 README 同步）。
• 「首个 npm 发布版本」历史修正：0.1.3 为首个 npm 发布版本。
• 第三方适配器表述澄清：FlashFry / PrimeDesign / inDelphi / CRISPResso2 永不 bundle；当前未实现任何适配器，未来若接入只以 external adapter 形式。

公开信息整理

• 移除内部设计编号引用与本地路径；批次命名统一为「里程碑」；测试断言计数改为通用表述。

安装

dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-graft
# 或经 npx：npx -y @deepseek-ai/dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-graft

桌面端（0.2.0+）：用桌面端自带 CLI（--profile desktop）或应用内「插件」页安装。

已知边界（诚实清单）

• Cas-OFFinder 后端仅 Windows 自动获取（v2.4.1 稳定版）；其他平台手动放置。
• 无 CPU OpenCL 设备的机器上只能走 GPU（device=auto 已自动处理）。
• 编辑器几何证据状态见 docs/PROFILES-TODO.md（未核编辑器如实标注）。

v0.1.6 — 编辑设计细节修复批次

@dsh-bio/dsh-bio-graft v0.1.6

主题：编辑设计细节修复批次 + 公开文档整理。
基因编辑设计专科插件：11 个语义化工具（sgRNA 候选 / 评分向量 / 脱靶扫描 / 策略评估 / 验证方案 / EditPlan 账本）。

修复与改进

编辑设计语义

• 碱基编辑坐标语义显式化：codon_index 明确标注 0-based；新增 codon_number_1based 字段，消除「第几个密码子」歧义。
• graft_score 输出 schema 放宽；策略/评分字段补充适用性标注。

脱靶扫描（安全相关）

• 修复带返回上限的扫描把「未读取」显示成「零命中」的问题——n_hits 恒为全量计数（另附 hits_truncated 标志与截断列表），杜绝假「无脱靶」结论。

输入与运行环境

• guide_enumerate / base_edit 的 sequence 参数支持文件路径输入。
• 工具相对路径基于会话工作区解析（python 子进程 cwd 对齐会话目录）。
• 解释器 / 后端探测语义与查找链加固。

公开文档整理

• 清理内部流程信息；英文 README 状态同步更新。

安装

dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-graft
# 或经 npx：npx -y @deepseek-ai/dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-graft

桌面端（0.2.0+）：用桌面端自带 CLI（--profile desktop）或应用内「插件」页安装。

已知边界（诚实清单）

• Cas-OFFinder 后端仅 Windows 自动获取（v2.4.1 稳定版）；其他平台手动放置。
• 无 CPU OpenCL 设备的机器上只能走 GPU（device=auto 已自动处理）。
• 编辑器几何证据状态见 docs/PROFILES-TODO.md（未核编辑器如实标注）。

v0.1.5 补齐 /v1/capabilities 端点

补齐 /v1/capabilities 端点

G 系列跨插件契约层修复（独立包，不合并）。

新增

• GET /api/dsh-bio-graft/integration/v1/capabilities：输出
  { contract_version, plugin_id, plugin_version, tool_count, tools }，
  工具名取自随包 capabilities.json。
• INTEGRATION_FEATURES 增加 capabilities；capabilities.json 补
  capabilitiesPath 与该 feature 声明。

背景

宿主按 status.features 是否声明 capabilities 决定是否拉取域侧工具清单。
gem 与 galatea 都提供了该端点，只有 graft 没有，导致 graft 的工具清单只能
依赖宿主侧的静态回退清单，与「能力单源」契约不一致。

测试

test/integration-contract.mjs 新增 10 条（26 → 36 条）：载荷形状、清单与
实际注册工具一致、端点注册在声明路径、health/status 回显 feature，以及安全
项——非 loopback GET 拒绝、POST 拒绝。

验证

变异：向capabilities.json 注入一个不存在的工具名 → integration-contract
报 34 passed, 1 failed、exit 1；还原 → exit 0（确认非「只打印不失败」）。

dsh-bio-graft v0.1.3 — 首个发布（基因编辑设计域插件）

@dsh-bio/dsh-bio-graft v0.1.3

首个 npm 发布版本 —— 0.1.0–0.1.2 未发布到 npm，本版涵盖全部改动（含 0.1.2 的所有内容与 0.1.3 审计修复轮）。
基因编辑设计域插件：dsh-bio 家族第三个成员（genie = 宿主 / gem = 代谢模型 / graft = 序列编辑）。

亮点

11 个语义化工具（其中 10 个纯标准库 Python，装完即用；脱靶扫描需 Cas-OFFinder 外部二进制，可自动获取）

工具	一句话
graft_profiles	编辑酶注册表（PAM/spacer/几何 + 证据分级）与碱基编辑器（五层 profile，窗口带文献与计数约定）
graft_design	PAM 双向扫描 → 候选 + 评分向量 + 切割位点（含口径与 verified）
graft_score	候选评分向量（不打综合分）
graft_rank	声明式排名：pareto / 字典序 / 显式加权；policy_id+policy_digest 随结果进账本
graft_offtarget	Cas-OFFinder 脱靶扫描 → 结构化命中 + search_completeness（枚举没搜的维度）+ per_guide 汇总
graft_base_edit	碱基编辑设计（BE3/BE4max/ABE7.10）：窗口内可编辑碱基 + bystander + 密码子后果 + 链语义三件套
graft_strategy	多 guide 策略：deletion_pair 预测缺失区间/连接点/移码；paired_nickase 配对；每对附 pairwise 脱靶组合（风险不相加）；未实现策略显式拒绝
graft_validation_plan	验证方案：按模态+宿主分档（required 不可删）+ 指标带分子/分母/assay + cannot_conclude；植物加嵌合/合子性/可遗传
graft_backend_status	后端探测 / OpenCL 设备列表 / 自动安装
graft_plan_save / graft_plan_load	EditPlan 可审计账本（append-only runs，run 号单调只增）

0.1.3 审计修复轮（本版新增）

• graft_rank 目标轴缺失 fail-closed：未分析指标不再以零成本参与排序（weighted 下不再"缺失者排第一"；pareto dominance 增加"任一轴不可比较即不得支配"兜底）；三种策略口径一致，缺失原因随 excluded 写明。
• graft_base_edit strand:'-' 修复：此前只扫正链再过滤成空结果，现在真正枚举反链；返回体新增 strand_requested 自证。
• graft_strategy single_cut 支持单候选（最低候选数按策略分支）。
• graft_rank homopolymer_max 扁平形态回退 + 契约单一来源 rank-contract.json（schema/帮助/Python/测试同源防漂移）。
• 测试门禁加固：harness 对子进程非零退出 fail-closed、Cas-OFFinder 发现链三路径覆盖、缺后端显著 SKIP。npm test 204 断言全绿。

计算结果可信度是产品的一部分

• 脱靶结论永不说「安全」：结构化 assessment.safety_conclusion 恒为 not_supported，0 命中给排查提示；search_completeness 明确列出没搜的维度。
• 不打综合分：只给评分向量 + 声明式策略；weighted 必须显式给权重且带 disclaimer。
• 负证据语义：0 / null / not_searched 严格区分；数据缺失硬过滤剔除并说明。
• 几何 ≠ 效率：窗口内只推「几何兼容」；编辑器几何未核一手文献的（Cas12b/Cas13a）如实标注 verified=false。

引擎兼容（2026-09-19）：经 dsh 0.1.5-rc.2 走廊逐卡走查（55 张变更卡：零适配命中）与实机验证（工具注册 / 域面板 / Cas-OFFinder 就绪）。

安装

dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-graft
# 或：npx -y @deepseek-ai/dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-graft

• 安装后重启 dsh web。
• 脱靶扫描后端：graft_backend_status(action="ensure") 自动获取（仅 Windows）；其他平台手动放置或设 GRAFT_CAS_OFFINDER 环境变量；无后端时扫描相关测试/工具显式标记不可用（绝不静默冒充已验证）。
• 与宿主 dsh-bio-genie 同实例共存；BioGenie 设置面板「基因编辑设计」分页显示本插件运行时状态（需宿主 ≥0.6.24）。

验证口径

• npm test 204 断言全绿（8 套件：工具契约/黄金 op/脱靶扫描/排名/碱基编辑/策略/验证方案/集成契约）。
• 实机 E2E：全新 dsh 环境安装 → 11 工具注册 → graft_profiles/graft_design/graft_plan_save 真实会话链路 → 面板「已安装 · 协议就绪」。

已知边界（诚实清单）

• 脱靶扫描依赖 Cas-OFFinder（外部二进制 + OpenCL）：无可用后端时相关能力显式不可用（含 install_hint）。
• prime_edit / HDR / multiplex 等策略未实现——被问及时显式拒绝并给出可行替代，不产出假设计。
• 评分向量不含效率预测；活性/效率一律 external provider。
• EditPlan 为本地 append-only 文件账本（~/.dsh/dsh-bio-graft/plans/），非数据库。