初始化过程中，index.md及llmdoc目录中存在与scout相关的信息

[gengsir-bluedog]

您好！很惊艳的工作，感谢开源。但使用过程中发现如下非预期行为：

1. index.md中存在scout产生的文档链接 -- 理应不存在
2. llmdoc目录下仍存在用于临时存放scout中间文件的agent文件夹 -- 理应不存在

附使用llmdoc过程中所产生的index.md和llmdoc目录层次实例：

产生的`index.md`实例

...省略一些内容

## Reference (参考)

- [hardware-config.md](reference/hardware-config.md) - 硬件配置规范
- [workload-config.md](reference/workload-config.md) - 工作负载配置规范
- [coding-conventions.md](reference/coding-conventions.md) - 代码规范
- [git-conventions.md](reference/git-conventions.md) - Git 提交规范

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########如下内容不应该出现########

## Agent 专用文档 

以下文档为 AI Agent 提供深度代码导航支持：

- [scout-core-architecture.md](agent/scout-core-architecture.md) - 核心架构导航
- [scout-memory-hardware.md](agent/scout-memory-hardware.md) - 内存和硬件导航
- [scout-comm-visualization.md](agent/scout-comm-visualization.md) - 通信和可视化导航
- [scout-config-workload.md](agent/scout-config-workload.md) - 配置和工作负载导航

########如上内容不应该出现########

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## 快速入门

1. **了解项目**: 阅读 [project-overview.md](overview/project-overview.md)
2. **运行仿真**: 参考 [how-to-run-simulation.md](guides/how-to-run-simulation.md)
3. **理解架构**: 查看 [simulation-core.md](architecture/simulation-core.md)
4. **配置参数**: 参考 [hardware-config.md](reference/hardware-config.md) 和 [workload-config.md](reference/workload-config.md)

EOF

`llmdoc`目录下的文件夹层次

$ /myItem/llmdoc$ tree .
.
├── agent 该目录不应该存在
├── architecture
│   ├── memory-system.md
│   ├── noc-communication.md
│   └── simulation-core.md
├── guides
│   ├── how-to-add-primitive.md
│   ├── how-to-run-simulation.md
│   └── how-to-use-visualization.md
├── index.md
├── overview
│   └── project-overview.md
└── reference
    ├── coding-conventions.md
    ├── git-conventions.md
    ├── hardware-config.md
    └── workload-config.md

[Disdjj]

非常感谢, 我们会尽快解决.

[Disdjj]

@itMrBoy cc