tsconfig/base.jsonでcheckJSを有効にしているので、JavaScriptファイルもTypeScriptのルールに従ってチェックされる。
しかし、デフォルトでnoEmitを設定しておらず、outDirも指定していないためJsファイルをトランスパイルしたJsファイルを同じディレクトリに出力しようとしていると考えられる。
このため入力ファイルが上書きされる旨のエラーが出ている。
したがって
- outDirを指定する
- allwoJsとcheckJsを無効にする
- noEmitを指定する
のいずれかの対応が必要である。