CDS tool chain v0.2.10

[SebStaeubert]

Allgemein

• Filterung nach Stationen (REDCap Data Access Groups - DAG), Beschreibung siehe [R-cds2db/cds2db_config.toml]( https://github.com/medizininformatik-initiative/INTERPOLAR/blob/422e04d1f4856f1c3e712234f78e2ecd206c03f2/R-
  cds2db/cds2db_config.toml#L149)
• DB:
  • Migration Skripte entwickelt
  • Logging von Änderungen an der DB-Struktur
• REDCap Anpassungen, siehe IP-Wiki
  • Fall: Layout
  • Fall: Benennung Felder bzgl. Größe und Gewicht korrigiert
• REDCap Migration, siehe Discussion REDCap: Aktualisiertes Projekt übernehmen (Migration) #737
• Update R-Version
• Fehlerbehandlung verbessert
• Lizenz hinzugefügt (Apache-2.0)
• Performance-Optimierungen
• Bugfixes, u.a.
  • Vorkommen von Patienten auf mehreren Stationen
  • Fehler bei der Anzeige von Fall und Zimmernummer
  • curl-Timeouts werden berücksichtigt
  • abgebrochene DB-Verbindungen wiederherstellen

Hinweise

Nach der Installation sind die folgenden Schritte erforderlich:

• DB-Migration, siehe Discussion CDS DB: Datenbank Migration starten #749
• REDCap-Migration, siehe Discussion REDCap: Aktualisiertes Projekt übernehmen (Migration) #737

What's Changed

• 668 erkennen wenn patienten im frontend geändert aus fhir kommen by @Flow191 in 668 erkennen wenn patienten im frontend geändert aus fhir kommen #669
• Sql scriptgenerierung erweitern by @astruebi in Sql scriptgenerierung erweitern #671
• Create and Update Data Access Groups in Redcap by @astruebi in Create and Update Data Access Groups in Redcap #676
• Create LICENSE by @SebStaeubert in Create LICENSE #675
• Update Frontend_Table_Description and dictionary by @Flow191 in Update Frontend_Table_Description and dictionary #677
• 661 typo in tabledescriptiondefinition medreq intend statt intent by @Flow191 in 661 typo in tabledescriptiondefinition medreq intend statt intent #678
• 666 fix fhir resource download by @Flow191 in 666 fix fhir resource download #679
• 665 dokumentation änderung der datenbankstruktur by @reuschem in 665 dokumentation änderung der datenbankstruktur #681
• Add deceasedDateTime in Table_Description and SQL scrips by @Flow191 in Add deceasedDateTime in Table_Description and SQL scrips #682
• 670 fall fe tabelle je eine spalte für encid und encidentifier2 by @Flow191 in 670 fall fe tabelle je eine spalte für encid und encidentifier2 #683
• 644 retry bei fhir search abfragen by @astruebi in 644 retry bei fhir search abfragen #684
• 667 fhir metadatum update separat behandeln by @reuschem in 667 fhir metadatum update separat behandeln #689
• 644 retry bei fhir search abfragen by @Flow191 in 644 retry bei fhir search abfragen #691
• Fix missing grant in SQL script for last import view by @Flow191 in Fix missing grant in SQL script for last import view #692
• Fix query for pids_per_ward_last by @Flow191 in Fix query for pids_per_ward_last #693
• 667 fhir metadatum update separat behandeln by @reuschem in 667 fhir metadatum update separat behandeln #694
• DB - Correct code typo Refs FHIR Metadatum Update - separat behandeln #667 by @reuschem in DB - Correct code typo Refs #667 #698
• Add parameter to download FHIR resources by subject= again by @astruebi in Add parameter to download FHIR resources by subject= again #704
• 686 cds2db auslastung auf die vm by @SebStaeubert in 686 cds2db auslastung auf die vm #702
• 703 patienten ohne vornamen by @Flow191 in 703 patienten ohne vornamen #709
• disable multiple encounter in pids_per_ward by @Flow191 in disable multiple encounter in pids_per_ward #710
• 711 fhir search min patient age can be null by @astruebi in 711 fhir search min patient age can be null #713
• 703 patienten ohne vornamen2 by @Flow191 in 703 patienten ohne vornamen2 #712
• 715 reactivate fhircrackr installation from cran in dockerfile r by @Flow191 in 715 reactivate fhircrackr installation from cran in dockerfile r #716
• 714 fix filter for multiple encounters per patient by @astruebi in 714 fix filter for multiple encounters per patient #717
• Enable run cron job function from R code by DB toml parameter by @astruebi in Enable run cron job function from R code by DB toml parameter #719
• 720 fix git not found error in docker run by @Flow191 in 720 fix git not found error in docker run #721
• 722 optimize database calls for observations by @astruebi in 722 optimize database calls for observations #723
• 724 validate encounter subject references by @Flow191 in 724 validate encounter subject references #725
• 462 data access groups im importskript berücksichtigen by @astruebi in 462 data access groups im importskript berücksichtigen #726
• Retrieve git informations by @Flow191 in Retrieve git informations #728
• 729 update r version on docker1 by @astruebi in 729 update r version on docker1 #730
• 732 update redcap version and db scripts by @Flow191 in 732 update redcap version and db scripts #733
• 674 zimmernummerbett in fall fe by @astruebi in 674 zimmernummerbett in fall fe #735
• Develop by @astruebi in Develop #736
• 727 no patient ref found in pids per ward after check patients on multiple wards by @astruebi in 727 no patient ref found in pids per ward after check patients on multiple wards #738
• 685 umschreiben der sql createskripte so das diese auch als migrationsskripte verwendbar sind by @reuschem in 685 umschreiben der sql createskripte so das diese auch als migrationsskripte verwendbar sind #742
• 743 reopen closed database connection by @Flow191 in 743 reopen closed database connection #744
• Add missing new line in log message by @astruebi in Add missing new line in log message #747
• Develop -> Release 0.2.10 by @astruebi in Develop -> Release 0.2.10 #748
• Release v0.2.10 by @SebStaeubert in Release v0.2.10 #751

Full Changelog: v0.2.9...v0.2.10

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