Este repositório contém os pipelines de bioinformática e scripts de análise estatística desenvolvidos durante meu Doutorado (UNICAMP) e Pós-Doutorado (INPA). O foco do projeto é a genômica populacional e história evolutiva de peixes-boi (Trichechus spp.) utilizando dados de sequenciamento de nova geração (NGS).
/analise_populacional: Scripts em R para Análise de Componentes Principais (PCA) e estrutura populacional./filogeografia: Scripts para plotagem de mapas de distribuição e redes de haplótipos./variant_calling: Scripts Bash/Shell para processamento de dados brutos e chamada de variantes (SNPs).
- R (adegenet, ggplot2, maps)
- Bash Scripting
- Software de Bioinfo: Stacks, BWA, Samtools
Os scripts deste repositório foram fundamentais para gerar os dados e figuras apresentados em:
- de Souza, É.M.S., Freitas, L., da Silva Ramos, E.K. et al. The evolutionary history of manatees told by their mitogenomes. Sci Rep 11, 3564 (2021). https://doi.org/10.1038/s41598-021-82390-2
Desenvolvido por Érica Souza