BGI CLI

BGI CLI 是面向中国生物学研究者的 AI 终端工具，开箱即用，无需额外配置。

• ✅ 一行安装 — npm install -g @bgicli/bgicli，无需克隆仓库
• ✅ 内置 1001 个技能 — 涵盖生信分析、结构生物学、药物发现、临床等全领域，自动安装
• ✅ 智能技能路由 — 描述任务自动激活对应技能，无需手动搜索
• ✅ 中国 AI 服务商 — 百炼(DashScope)聚合：Qwen、DeepSeek、Kimi、MiniMax 等 20+ 模型
• ✅ 真实工具调用 — 执行 bash、读写文件、运行 R/Python 脚本
• ✅ 内网支持 — 可接入公司私有化部署的大模型

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安装

环境要求： Node.js 18+

npm install -g @bgicli/bgicli

安装完成后直接运行：

bgi

首次运行自动初始化技能库（约 16MB），无需额外操作。

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卸载

# 卸载命令行工具
npm uninstall -g @bgicli/bgicli

# 删除本地数据（配置、技能库）
# Linux / macOS
rm -rf ~/.bgicli

# Windows PowerShell
Remove-Item -Recurse -Force "$env:USERPROFILE\.bgicli"

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快速开始

bgi                    # 启动
/connect               # 首次配置 API Key
/cat                   # 浏览技能分类目录
/sk deseq2             # 搜索并激活 DESeq2 技能
/help                  # 查看全部命令

首次运行提示配置百炼 (DashScope) API Key：

• 获取地址：bailian.console.aliyun.com → API Key 管理

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支持的 AI 服务商

百炼 · 阿里云 (DashScope) — 默认

通过百炼统一接入多个国内主流模型：

模型	命令
Qwen3.5-plus（默认）	/model qwen3.5-plus
Qwen3.5-397B（旗舰）	/model qwen3.5-397b-a17b
Qwen3-235B	/model qwen3-235b-a22b
Qwen3-Coder-Plus	/model qwen3-coder-plus
DeepSeek-R1（推理）	/model deepseek-r1
DeepSeek-V3	/model deepseek-v3
DeepSeek-V3.2	/model deepseek-v3.2
Kimi-K2.5	/model kimi-k2.5
Kimi-K2-Thinking（推理）	/model kimi-k2-thinking
MiniMax-M2.5	/model MiniMax-M2.5
GLM-5	/model glm-5
QwQ-Plus（推理）	/model qwq-plus

获取 API Key：bailian.console.aliyun.com

内网私有化部署

/provider intranet     # 切换到内网 Qwen3-235B（无需 Key）

自定义 OpenAI 兼容服务

/connect custom        # 配置任意 vLLM / Ollama / FastChat 地址

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命令参考

服务商 / 模型

命令	说明
/provider <name>	切换服务商（bailian / intranet / custom）
/model <name>	切换模型
/models	列出当前服务商所有可用模型
/providers	列出所有服务商
/connect [provider]	配置 API Key
/status	显示当前配置

技能

命令	说明
/cat	按领域浏览技能分类目录（11个领域）
/sk	列出全部技能
/sk <关键词>	搜索并激活技能（如 /sk deseq2、/sk alphafold）
/wf	同 /sk，别名
/install <url|slug>	从 GitHub 或 SkillHub 安装新技能
/uninstall <id>	卸载已安装的技能

智能路由：直接描述任务，BGI CLI 自动识别并激活对应技能。

对话管理

命令	说明
/clear	清空对话历史（重置激活的技能）
/history	查看对话统计（轮次 / Token 估算）
/save [文件名]	保存对话为 Markdown 文件
/think [on|off]	切换思考模式（Qwen3 /think 前缀）

断点与恢复

命令	说明
/checkpoint	保存当前对话断点（含激活的技能）
/checkpoint save [标签]	保存断点并指定标签
/checkpoint list	列出本次会话所有断点
/checkpoint restore <id>	恢复到指定断点

适合长时间分析任务中途保存进度，防止意外中断丢失上下文。

数据库管理

命令	说明
/db list	列出已注册的参考数据库
/db add <路径> [基因组] [类型] [说明]	手动注册数据库路径
/db scan [目录]	自动扫描文件系统查找已知数据库
/db rm <id>	删除数据库记录
/db download [名称]	显示标准数据库下载命令

注册后 AI 可自动引用正确路径，无需每次手动指定。支持 hg38/hg19/mm10 基因组、STAR/HISAT2 索引、GTF 注释等。

安全扫描

命令	说明
/scan <命令>	扫描命令安全风险，输出 CRITICAL / HIGH / MEDIUM / LOW 等级

AI 执行每条 bash 命令前均自动扫描；CRITICAL 级别命令将被拦截。

文件与目录

命令	说明
/cd <路径>	更改工作目录
/cwd	显示当前工作目录
/tools	列出 AI 可调用的工具
@路径	消息中内嵌文件内容（如 @data.csv 里有什么?）

会话报告与记忆

退出时（双击 Ctrl+C 或输入 exit）自动显示会话报告：

• 运行时长
• 消耗 Token（输入 / 输出）
• 执行命令成功 / 失败次数
• 可选保存会话记忆到 ~/.bgicli/memory/

其他

命令	说明
/help	显示帮助
exit / quit / q	退出（显示会话报告）

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快捷键

快捷键	说明
Ctrl+C（单次）	中断当前 AI 任务（保留对话历史）
Ctrl+C（连按两次）	退出程序（显示会话报告）

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内置技能库（1001个）

使用 /cat 浏览分类目录，/sk <关键词> 搜索，/install 安装更多技能。

🧬 转录组学

技能 ID	说明
bulk-rnaseq-counts-to-de-deseq2	DESeq2 差异表达分析
bulk-omics-clustering	样本/特征聚类（K-Means / HDBSCAN）
scrnaseq-scanpy-core-analysis	单细胞 RNA-seq（Scanpy/Python）
scrnaseq-seurat-core-analysis	单细胞 RNA-seq（Seurat/R）
spatial-transcriptomics	空间转录组（Visium）
coexpression-network	共表达网络（WGCNA）
functional-enrichment-from-degs	功能富集（GO / KEGG / GSEA）
grn-pyscenic	基因调控网络（pySCENIC）

🧪 基因组学

技能 ID	说明
genetic-variant-annotation	VCF 变异注释（VEP / ANNOVAR）
gwas-to-function-twas	GWAS → TWAS 因果基因
mendelian-randomization-twosamplemr	孟德尔随机化
polygenic-risk-score-prs-catalog	多基因风险评分（PRS）
pooled-crispr-screens	CRISPR 文库筛选（MAGeCK / BAGEL2）

🔗 表观基因组

技能 ID	说明
chip-atlas-peak-enrichment	ChIP-seq 峰值富集
chip-atlas-diff-analysis	差异结合分析
chip-atlas-target-genes	转录因子靶基因鉴定

🏥 临床与流行病学

技能 ID	说明
survival-analysis-clinical	临床生存分析（KM 曲线 / Cox 回归 / 竞争风险）
clinicaltrials-landscape	临床试验格局分析
literature-preclinical	临床前文献系统提取
experimental-design-statistics	实验设计与统计检验
lasso-biomarker-panel	LASSO 生物标志物筛选
pcr-primer-design	PCR/qPCR 引物设计

📦 更多技能（979个）

结构生物学、单细胞、药物发现、抗体设计、文献检索、临床 AI 等，使用 /cat 或 /sk <关键词> 查找。

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架构

bgi
├── src/index.ts        — CLI 主入口、命令处理、智能路由、会话管理
├── src/chat.ts         — 流式对话引擎（工具调用循环、进度渲染）
├── src/tools.ts        — 工具实现（bash / read_file / write_file 等）
├── src/security.ts     — 命令安全扫描（CRITICAL / HIGH / MEDIUM / LOW）
├── src/databases.ts    — 参考数据库注册与管理
├── src/skillRouter.ts  — 关键词路由表（35个核心技能自动匹配）
├── src/prompt.ts       — 生物信息学系统提示
├── src/providers.ts    — 中国 AI 服务商配置
├── src/config.ts       — 配置管理（~/.bgicli/config.json）
└── data/               — 内置数据（Skills + Python 工具）

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License

MIT