issue to analysis

[yxg618]

请问一下evaluation中，target_dir中的.pdb文件是从分子动力学模拟轨迹上采样250个pdb文件后，cat一起的吗？

[BLEACH366]

因为我们之前用的ATLAS的数据集，所以target_dir里的.pdb就是它给的3段MD轨迹（每段1000个结构）的cat，一共3000个结构。如果要重新跑MD的话，那么结构数量可以取250，也可以更大。重点是（和ATLAS数据集类似），取一个稍大的模拟时长（如100ns），然后从整段轨迹中挑选出结构以代表该轨迹（如均匀选取）

[yxg618]

因为我们用的ATLAS的数据集，所以target_dir里的.pdb就是它给出的3段MD计量（每段1000个结构）的猫，总共3000个结构。如果重新跑MD的话，那么结构数量可以取250，也可以更大。重点是（和ATLAS数据集类似），取一个稍大的模拟时长（比如100ns），然后从整段仪表中拿出结构来代表该表格（如上）

感谢您的回复。也就是从每一条分子动力学轨迹采样1000个结构，将三条轨迹也就是3000个结构cat成target_dir的.pdb。作为评估比较对象是吗？

[BLEACH366]

是的