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CancerDAO/firefly-skill

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CancerDAO    ×    KHub 罕见病开源社区

CancerDAO × KHub 罕见病开源社区 联合出品

萤火.skill

"每一种罕见,都值得被认真对待。"

License: MIT Agent Skill Claude Code Codex OpenCode Cursor DeepRare


跑了 5 家医院还是确诊不了?
孩子拿到基因报告,"可能致病" 四个字看了一宿?
确诊之后国内没药、找不到同路人?
你不是第一个这样的家庭。

你需要一点萤火。一束会陪你走过长夜的光。


试试看把你的症状、病历、基因报告交给萤火。
它陪你 把诊断奥德赛一点一点走短
能给你 Top 5 诊断方向 + 建议检查,读懂基因报告的 VUS / ACMG 分类,
帮你生成带去下一位医生的一页就诊摘要、给孩子的年龄分层告知脚本、
筛查照护者的 Zarit 负担、对接中国罕见病联盟病友群、
打包一份英文病例包投给国外 UDN。一个 Skill 装下这些事。

功能 · 技术基座 · 安装 · 使用 · English


萤火能帮你做什么

罕见病的痛点不只是"罕见"本身,而是整条路径:诊断要平均 5-7 年,确诊后国内可能没药、没同路人、没遗传咨询师。很多问题没有标准答案,但可以被更好地整理、分派、连接。

萤火把这些问题收敛成一个可执行的导航系统:

你遇到的问题 萤火怎么帮你
看了很多医生都确诊不了 OCR 病历 + HPO 标准化 + DeepRare 多源检索,给出 Top 5 诊断方向 + 优先检查
基因报告看不懂 VUS / ACMG 逐条解读证据代码、评估外显率、画家系图、算家族成员风险
孩子要做 PGT-M 备孕 列中国上市机构 / 流程 / 费用 / 成功率 / 替代方案
国内确诊不了想去国外 UDN / UDP-EU / Centogene 申请流程对比 + 生成英文病例包
诊断奥德赛让人撑不住了 PHQ-9 / GAD-7 / IES-R 三联筛查 + 危机热线直达
照护 10 年快崩了 ZBI-22 照护者负担量表 + 喘息资源地图
孩子几岁能告诉他诊断 SHARE 模型年龄分层告知脚本(0-6 / 7-11 / 12-17 / 成年)
PKU / Pompe 患儿不知怎么吃 按病种加载饮食协议 + 食物交换份 + 代谢危象应急卡
想系统建自己的医疗档案 N=1 数据仓 + 4 级分享控制(🔒私有 → 🌐匿名公开)
确诊了不知道有没有病友 中国罕见病联盟 + 单病社群 + NORD / EURORDIS 匹配(curated 库)
想找做 X 病的专家中心 / 招募中试验 / UDN 申请路径 多 subagent 并行联网 ORPHANET / RDCRN / 协作网 / 一手源,按匹配度排序的短名单 + 转诊路径

功能

1 个入口 + 11 个陪伴模块 + 1 个联网底层

firefly                     家族入口,按你的情境分派到对应子技能

firefly-organize            OCR + HPO + DeepRare 诊断导航(Top 5 方向 + 就诊摘要)
firefly-genetic-counseling  ACMG 变异解读 + 家族风险 + PGT-M 可行性
firefly-education           个性化患教手册(Mermaid 疾病机制图 + 治疗决策树)
firefly-caregiver           照护者 Zarit 筛查 + 喘息资源 + 自我保护清单
firefly-mind                心理筛查(PHQ-9 / GAD-7 / IES-R)+ 危机热线
firefly-diet                代谢性罕见病饮食(PKU / Pompe / UCD / MSUD / GSD)
firefly-second-opinion      UDN / UDP-EU / 协作网跨境会诊包
firefly-vault               N=1 数据仓 + 基因数据重识别风险评估
firefly-disclosure          遗传风险家庭告知(对孩子 / 血亲 / 配偶)
firefly-patient-org         已 curated 患者组织 + 遗传咨询师库
firefly-find-care           活体查专家中心 / 专科医生 / 试验 / 诊断网络(ORPHANET / RDCRN / UDN / 协作网,多 subagent 并行联网)

web-access                  联网底层(CDP 浏览器 + 并行 subagent 调度,find-care 必需依赖)

每个模块都可以 独立触发,不需要按顺序走完整条路。系统先理解你的身份和情境,再引导下一步。

设计哲学

萤火是一个"导航 + 结构化"的系统,不是诊断替代者

在罕见病的语境里,核心决策——确定诊断、选择治疗、生育规划——必须发生在你和主诊医生、遗传咨询师之间。

萤火的职责是:

  • 缩短诊断之路 — 用 DeepRare 方法论(Nature 2026,2,919 种罕见病,64.4% recall@1)给出方向而不是结论
  • 翻译医学信息 — 把 ACMG / HPO / ORPHA 这些术语变成患者能用的语言
  • 连接资源 — 罕见病在中国 14 亿人口基数下仍有绝对数量,缺的是匹配
  • 看见情绪 — 诊断奥德赛是慢性创伤,筛查 + 支持不能缺席

因此萤火不会

  • 下诊断——只给"建议排查 X 方向"
  • 推荐治疗方案——只说"这个选项值得和医生讨论"
  • 替你决定生育——呈现所有选项(包括不生育、收养、供/供)
  • 劝阻你遵医嘱
  • 说"没有办法了"——总有支持性治疗或研究参与机会

技术基座

萤火整合了两个前沿系统:

DeepRare 诊断方法论

开源复现的 AI 罕见病诊断管线(Nature 2026, doi:10.1038/s41586-025-10097-9),覆盖 2,919 种罕见病,Recall@1 64.4%(超越人类专家 54.6%)。

核心 pipeline:HPO 表型提取 → 多源知识检索(PubCaseFinder + Phenobrain + OMIM + Orphanet + PubMed)→ LLM 共识排序 → 可追溯推理链 + 自反思验证。

罕见病研究之神认知框架

综合全球 6 大学派 50 位顶级研究者(含 Schiff, Lupski, Valle, Rehm, Firth 等)的集体思维框架:7 个心智模型 + 10 条决策启发式 + 6 对内在张力 + 8 大盲点自检。

应用示例:

  • Genome-First(心智模型 1)——先问"基因组说了什么"而不是症状反复排查
  • 备份基因激活(心智模型 3)——SMN2 之于 SMA,HbF 之于镰刀细胞
  • 速度即药物(心智模型 6)——罕见病的道德紧迫性
  • 种族代表性盲点——gnomAD 偏向欧洲裔,东亚变异频率可能误导

安装

一行装到 Claude Code、Codex、OpenCode、Cursor 中的任意一个或多个 agent:

# 装到 Claude Code(最常见)
npx skills add CancerDAO/firefly-skill -g -a claude-code -y

# 同时装到多个 agent
npx skills add CancerDAO/firefly-skill -g -a claude-code -a codex -a opencode -a cursor -y

# 装到全部支持的 agent(45+)
npx skills add CancerDAO/firefly-skill -g --all -y

装完重启对应 agent。更多选项(项目级安装、按需装单个 companion、手动 symlink)见 INSTALL.md


使用

在 Claude Code 里输入任何一个触发场景——

  • "我家孩子拿到 WES 报告,说有个 c.xxxx 的变异是 VUS" → 自动调 firefly-organize + firefly-genetic-counseling
  • "我照护 SMA 孩子 8 年了,最近很崩溃" → firefly-caregiver + firefly-mind
  • "想给国外医院投一份诊断咨询,怎么准备材料" → firefly-second-opinion
  • "苯酮尿症的孩子能吃什么" → firefly-diet

或者直接调子技能:/firefly-mind 做心理筛查 / /firefly-patient-org 找已知病友 / /firefly-find-care 联网调研专家中心。


数据流

跨模块共享一个 profile.json(schema 见 firefly/references/templates.md)——一个患者的所有结构化信息,10 个 companion 按权限读写。

 OCR / 对话
   ↓
 firefly-organize  →  创建 profile.json + Top 5 诊断方向
   ↓
 firefly-genetic-counseling  →  补全 genetic_findings + 家系
   ↓
 firefly-education  →  读 profile → 生成患教手册
 firefly-vault      →  读 profile → 建本地数据仓 + 分享控制
 firefly-mind       →  写 mental_health 筛查结果
 ...

联合出品

萤火由 CancerDAOKHub 罕见病开源社区 共同发起、共同维护。

KHub
KHub · 罕见病开源社区
CancerDAO
CancerDAO
国内首个由患者发起需求、技术共建者开源协作的罕见病社区。真实场景驱动,小组快速迭代,成果双向反哺——既解决患者当下的问题,也为产业沉淀可复用的方案。 全球首个患者全病程数据驱动、AI 原生、社区共建的肿瘤健康基础设施。以真实临床数据为基石、AI 为引擎、社区为网络,贯通院内诊疗、产业协作与患者服务的完整价值链。

罕见病与肿瘤共享同一组结构性难题:诊断奥德赛、数据碎片化、患者声音缺位、临床到产业的断层。两个社区把各自的方法论汇到萤火里——KHub 贡献患者发起的真实场景与开源协作机制,CancerDAO 贡献全病程数据范式与 AI-native 工程基座。


贡献

欢迎 issue / PR。罕见病相关的:

  • 单病组织 / 病友社群 / 遗传咨询师补充(提 PR 改 firefly-patient-org/references/
  • 饮食协议修订(firefly-diet/references/,需引用权威指南)
  • 翻译校对 / 术语订正
  • Bug / 行为修正

License

MIT License — 见 LICENSE


致谢

  • DeepRare 方法论:Nature 2026 论文作者团队
  • HPO 标准化:Köhler et al., Human Phenotype Ontology Consortium
  • ACMG 变异分类:Richards et al. 2015 + ClinGen
  • 中国罕见病诊疗协作网:324 家成员医院 + 中国罕见病联盟
  • 50 位罕见病领域研究者的集体认知贡献(见 firefly/references/cognitive-framework.md
  • firefly-find-care 模块的多 subagent 并行联网能力,基于 一泽Eze 开发的开源 skill web-access(MIT,v2.5.0)实现。我们将 web-access 整体 vendor 进 skills/web-access/,保留原作者署名 / 许可证 / 脚本 / 站点经验。该模块版权归原作者所有,按 MIT 重新分发

萤火 · FireflyCancerDAO 罕见病姊妹项目,与 抗癌搭子 同构

About

萤火 (Firefly) — Rare Disease AI Navigator skill family for any agent (Claude Code / Codex / OpenCode / Cursor / 41 more). 1 meta + 10 companions, powered by DeepRare (Nature 2026). Install: npx skills add CancerDAO/firefly-skill

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