Stage Louis 2016

Intro

Cette répertoire git va servir de cahier de laboratoire pour le stage de Louis à l'été 2016. Les tâches seront définies à travers le système d'Issues.

Matériel didactique

git

• Intro sur les commandes de base de git.
• Github flow
• Comment écrire des bons messages de commit.
• Syntaxe markdown de github

Note: Les commandes les plus importantes sont init, add, commit, push et pull.

Le format JSON

• JSON primer

Les projets ENCODE et Roadmap

• ENCODE
• Roadmap
• L'API REST d'ENCODE
• Le schéma des tables d'ENCODE

Le langage R

• Petite intro de R
• jsonlite
• data.table
• data.table cheatsheet
• shiny
• RUnit
• Introduction aux paquets R
• Guide sur les paquets R

Les pull requests

Les pull request devront respecter les critères suivant:

• Le code doit être fonctionnel!
• R CMD build
• R CMD check
• R CMD BiocCheck
• La mise en forme du code doit respecter le coding style de Bioconductor.
• Les tests unitaires doivent être à jour pour valider que les changements fonctionnent comme prévu.
• Le fichier NEWS doit être mis à jour.
• La version du logiciel dans le fichier DESCRIPTION doit être incrémentée.
• Le message du commit doit être clair et complet.