🧬 多组学数据库

一个综合的多组学数据平台，集知识库、数据浏览、可视化分析和 API 接口于一体。

✨ 功能特性

• 📚 完整知识库 - DNA/细胞/空间/蛋白质组学
• 🔍 数据浏览器 - 酶学、组织、表达数据查询
• 📊 可视化仪表板 - 实时数据统计和交互式图表
• 🔗 RESTful API - 完整的数据访问接口
• 🚀 快速开始 - 一键部署开发环境

🚀 快速开始

前置要求

• Node.js >= 20.0
• npm 或 yarn

启动（推荐）

Linux/Mac:

chmod +x setup.sh
./setup.sh

Windows:

setup.bat

手动启动

1. 安装依赖

   npm install
   cd api-server && npm install && npm run db:init && cd ..

2. 启动 API 服务器

   cd api-server && npm run dev

3. 启动文档网站

   npm run start

访问：

• 📖 文档：http://localhost:3000
• 🔍 浏览器：http://localhost:3000/explorer
• 📊 分析：http://localhost:3000/analysis
• 🔗 API：http://localhost:5000

📋 项目结构

├── docs/                    # Docusaurus 文档
├── src/                     # React 组件和页面
├── api-server/              # Express.js 后端
│   ├── routes/              # API 路由
│   ├── config/              # 数据库配置
│   └── scripts/             # 初始化脚本
├── package.json             # 主项目依赖
└── FRAMEWORK_GUIDE.md       # 完整项目指南

📚 核心内容

四大组学领域

1. 🧬 DNA 组学 - 基因组、变异、拷贝数分析
2. 🔬 细胞组学 - 单细胞转录、蛋白、表型
3. 🌌 空间组学 - 保留空间信息的多组学
4. 🧪 蛋白质组学 - 质谱、流式、免疫检测

数据库资源

• 酶学知识库 - 100+ 种酶信息
• 组织数据库 - 20+ 种人源/模式生物组织
• 实验方案 - 详细的操作步骤
• 分析指南 - 数据处理工作流

🔧 技术栈

• 前端 - React 19, Docusaurus 3.10, ECharts
• 后端 - Express.js, SQLite
• 工具 - Node.js 20+, npm

📖 完整文档

查看 FRAMEWORK_GUIDE.md 获取：

• 详细项目结构说明
• 开发指南
• 数据库管理
• 生产部署
• 常见问题

🔗 API 文档

启动后访问 http://localhost:5000/api-docs

主要端点

• GET /v1/enzymes - 酶列表
• GET /v1/tissues - 组织数据
• GET /v1/scrnaseq/expression/:geneId - 基因表达
• POST /v1/analysis/enzyme-compatibility - 酶兼容性分析

🛠️ 开发

添加新文档

在 docs/ 相应目录创建 .md 文件

添加新 API

1. 在 api-server/routes/ 创建路由
2. 在 server.js 中挂载

修改样式

编辑 src/css/custom.css 或组件 CSS 模块

📦 构建和部署

生产构建

npm run build

Docker 部署

docker build -t omics-db .
docker run -p 3000:3000 -p 5000:5000 omics-db

🤝 贡献

欢迎提交 Issue 和 Pull Request！

📄 许可证

MIT License

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开始使用： 快速开始指南

完整文档： 框架指南