Generate Fake Reads
假设使用515F/806R引物。双端测序数据对应图示中的R1与R2,三代测序如图示中Pacbio_R。
--t_r_R2----> !!互补 e.g. C=>G
-----R1-----> <-----R2-----
--*---------------------------------------------*------
515 806
------------------Pacbio_R-------------------->
|--read_len--|
|---------------insert_size--------------------| 常规定义为不包含primer的长度，但此Tool为了偷懒设定为包含primer
！！！未免造成误解，下方 insert_size 实际上是 insert_size_with_Primer（Primer设定）或者Fragment Length（Random设定）；返回的fragments实际上去除了Primer，所以会比设定长度短（设定时应加上两侧Primer长度）；reads则是基于去除primer序列后的Fragment生成的。
另外，如果 read_len 大于获取到的Fragment，不会报错，而是生成完全重叠、比设定短的reads。
[common]
output_folder = output/
each_contig_as_a_genome = True ## 是否按照文件内部排序，以gap=insert_size-1链接同一个文件中的contigs
## False:each_file_as_a_genome True:each_contig_as_a_genome
[input] #处理单个输入fasta
input_SampleID = gtdb
input_Amount = 6 ## 为每个contig生成这些数目的fragments，如果contigs已被链接，则算作1个
input_RawFasta = raw/gtdb.all.16s.ncbi-genus.fasta
[inputs] #处理多个输入fasta
input_cfg = config_Random.xls
[Random] #随机切割基因组所需参数
read_len = 250
error_rate = 0.01
insert_size = 450
[Primer] #按双侧primer切割基因组所需参数
read_len = 250
error_rate = 0.01
forward=341F ## 查看 Primers.py内置简写或者自定义序列
reverse=806R
insert_size=466
insert_size_max=476
insert_size_min=300
size_punish=0.02 ## punishment for insert_size
f_treash = 3 ## largest Levenshtein distance to be selected
r_treash = 3
[Anchor] #按单侧primer切割基因组所需参数
read_len = 250
error_rate = 0.01
forward=341F
insert_size=466
size_punish=0.02
f_treash = 3
config_Random.xls（示例）
Sample Amount RawGenome
Spe1 1X raw/GCF_002871005.1_ASM287100v1_genomic.fna
Spe2 50M raw/GCF_007829915.1_ASM782991v1_genomic.fna
Spe3 2X raw/GCF_009687845.1_ASM968784v1_genomic.fna
* 以tab分隔
* Amount列中，'X'代表测序深度，B K M G T 以 1024 阶乘；无单位代表reads count；字母大小写不限。
* Amount指为每个contig生成这些数目的fragments，如果contigs已被链接，则算作1个
from GenReads import *
cfg_file = 'cfg.ini'
MainCall(cfg_file)
自动根据 cfg.ini 中 forward 与 reverse 的存在选择模式：
| 模式 | 说明 | -- |
|---|---|---|
| RandomModeGeneration | 使用cfg.ini中[Random]设定 |
随机切割，模仿超声波打碎模式 |
| PrimerModeGeneration | 使用cfg.ini中[Primer]设定 |
切取F/R引物中间序列，选取Levenshtein小于f/r_treash且两引物直接距离合理者，每条contig只取match+insertsize punishment最小者 |
| AnchorModeGeneration | 使用cfg.ini中[Anchor]设定 |
单侧引物，切取其之后序列 |
对于引物模式其实blast然后提取序列会更快速，但个人电脑不想装blast。