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LLM based Literature Search Agent. PaperSeek 是一个面向研究者的文献发现工具，支持用自然语言发起检索、自动迭代查询、扩展候选论文、排序结果并导出可复核的文献列表。
在线体验：点击体验。在线体验版需要使用 ModelScope 账号登录，模型调用使用登录用户的 API Inference 免费额度，搜索历史会保存在云端；详情见 在线体验版使用说明。
文档站：PaperSeek Docs。 完整使用说明见 PaperSeek 用户手册。 部署说明见 Docker 与 Vercel 部署指南。
PaperSeek 将研究问题组织成一条可观察的检索工作流：
- 输入中文或英文研究问题。
- 由 LLM 生成适合数据源的检索查询。
- 根据命中数量自动放宽或收窄查询。
- 统一整理题名、作者、期刊、年份、DOI、摘要、引用数和链接等元数据。
- 对候选文献进行 LLM 相关性评分。
- 可选地通过 OpenAlex 引用关系扩展高匹配论文的前向引用和后向参考文献。
- 在网页中查看工作流、结果表和引用图，并导出 CSV。
PaperSeek 专注于第一轮候选文献发现和元数据整理。系统综述流程、全文获取、版权合规和最终研究判断仍需由研究者完成。
| 功能 | 说明 |
|---|---|
| 自然语言检索 | 输入研究问题，自动生成数据源查询。 |
| 多轮迭代 | 根据目标结果数量自动调整查询，默认最多 5 轮。 |
| 相关性排序 | LLM 对候选论文打分并给出简短理由。 |
| OpenAlex 引用扩展 | 从高匹配论文扩展参考文献和被引论文。 |
| 结果导出 | 在 Results 页面勾选论文并导出 CSV。 |
| 引用图 | 使用箭头显示引用方向，支持拖拽、缩放和平移。 |
| CLI 与 Web UI | 既可命令行运行，也可打开本地网页交互使用。 |
| 本地历史记录 | 开源自托管版默认把搜索记录、日志事件和结果保存到本地 SQLite，便于回看和复用。 |
| Docker / Vercel 部署 | 支持 Docker 完整部署和 Vercel 一键体验部署。 |
| 配置诊断 | doctor、smoke、sources 帮助排查 API Key、数据源和协议问题。 |
| 可选 Agent Skill | skills/paperseek/ 可单独复制到支持 Skill 的 agent 平台，不随 Python 包自动安装。 |
git clone https://github.com/MingfengHong/paperseek.git
cd paperseek
python -m venv .venv
source .venv/bin/activate
python -m pip install --upgrade pip
python -m pip install -e .Windows PowerShell：
git clone https://github.com/MingfengHong/paperseek.git
cd paperseek
python -m venv .venv
.\.venv\Scripts\Activate.ps1
python -m pip install --upgrade pip
python -m pip install -e .启动网页界面：
paperseek-web打开：
http://127.0.0.1:8765/
也可以直接使用命令行：
paperseek "open innovation and digital platforms" --source openalexDocker 是完整 Web UI 的推荐部署方式：
docker compose up --build打开：
http://127.0.0.1:8765/
Vercel 可用于快速体验和轻量 Web UI 部署：
长时间搜索、引用扩展和大量请求建议使用 Docker 或 VPS。完整说明见 部署指南。
PaperSeek 至少需要一个 LLM。默认数据源是 OpenAlex；OpenAlex 可匿名测试，但建议申请免费 API Key 以获得更稳定的访问体验。
以 DeepSeek 为例：
export LLM_PROVIDER=deepseek
export LLM_API_TYPE=openai_chat
export LLM_MODEL=deepseek-v4-flash
export LLM_BASE_URL=https://api.deepseek.com
export LLM_API_KEY=your-llm-api-key
paperseek-web以中国科技云为例：
export LLM_PROVIDER=cstcloud
export LLM_API_TYPE=openai_chat
export LLM_MODEL=DeepSeek-V4-Flash
export LLM_BASE_URL=https://uni-api.cstcloud.cn/v1
export LLM_API_KEY=your-cstcloud-api-key
paperseek-web以 ModelScope API-Inference 为例：
export LLM_PROVIDER=modelscope
export LLM_API_TYPE=openai_chat
export LLM_MODEL=Qwen/Qwen3-235B-A22B-Instruct-2507
export LLM_BASE_URL=https://api-inference.modelscope.cn/v1
export LLM_API_KEY=your-modelscope-token
paperseek-webWindows PowerShell：
$env:LLM_PROVIDER = "deepseek"
$env:LLM_API_TYPE = "openai_chat"
$env:LLM_MODEL = "deepseek-v4-flash"
$env:LLM_BASE_URL = "https://api.deepseek.com"
$env:LLM_API_KEY = "your-llm-api-key"
paperseek-web本地 Ollama 不需要 LLM API Key：
export LLM_PROVIDER=ollama
export LLM_API_TYPE=openai_chat
export LLM_MODEL=qwen3:8b
export LLM_BASE_URL=http://127.0.0.1:11434/v1
paperseek-web项目提供 .env.example。你可以复制为 .env 作为本地配置参考，但不要提交真实 API Key。
PaperSeek 的网页界面分为四个工作区：
| 页面 | 用途 |
|---|---|
| Search | 输入研究问题，配置数据源、LLM、迭代次数和目标结果数；实时查看工作流与系统日志。 |
| Results | 查看最终排序结果，搜索、过滤、排序、勾选，并导出论文 CSV。 |
| Citation Map | 查看 OpenAlex 引用扩展形成的关系图，按箭头方向探索论文之间的引用关系。 |
| History | 查看本地保存的搜索运行、最终检索式、结果列表和运行事件。 |
Web UI 中填写的 API Key、Base URL 和参数只用于当前浏览器会话，不写入本地配置文件。历史记录会保存运行参数摘要、检索式、日志事件和结果，但不会保存任何 API Key。
Results 导出的 CSV 文件名使用研究问题主题和本地日期，便于区分多次运行。
基本检索：
paperseek "responsible AI governance in public sector" --source openalex显式子命令：
paperseek search "digital platforms and open innovation" --source openalexJSON 输出：
paperseek search "open innovation" --source openalex --output json常用参数：
paperseek search "your research question" \
--source openalex \
--field management \
--min 5 \
--max 50 \
--iterations 5 \
--llm-provider deepseek \
--llm-api-type openai_chat \
--llm-model deepseek-v4-flash \
--llm-base-url https://api.deepseek.com \
--llm-key your-llm-api-key诊断配置：
paperseek doctor
paperseek doctor --source openalex --json测试数据源最小真实请求：
paperseek smoke --source openalex --query "machine learning"
paperseek smoke --source crossref --query "open innovation" --json查看数据源能力：
paperseek sources
paperseek sources --json查看本地历史记录：
paperseek history list
paperseek history show <RUN_ID> --json
paperseek history path保存 CLI 用户级配置：
paperseek config path
paperseek config set LLM_API_KEY your-llm-api-key
paperseek config list
paperseek config unset LLM_API_KEY环境变量优先于用户级配置。paperseek config list 会遮蔽密钥。
| 数据源 | 默认状态 | API Key | 适合场景 | 说明 |
|---|---|---|---|---|
| OpenAlex | 默认 | 推荐 | 精确检索、摘要、引用数、引用扩展、引用图 | 开放学术元数据库，适合通用文献发现与引用关系探索。 |
| Crossref | 支持 | 通常不需要 | DOI、出版元数据、期刊和出版社信息校验 | DOI 与出版元数据注册库，适合题录校验和 DOI 补全。 |
| Web of Science Starter | 适配中 | 必需 | 已有 Clarivate API 权限的机构用户 | 商业数据库 API，返回字段和可用性取决于订阅计划与机构授权。 |
PaperSeek 支持两类主流接口协议：OpenAI 风格接口和 Anthropic Messages API。Provider 表示模型服务商，API Type 表示请求协议。
| Provider | 默认 API Type | 默认模型 |
|---|---|---|
| OpenAI | openai_responses |
gpt-5.4-mini |
| Anthropic | anthropic_messages |
claude-sonnet-4-6 |
| Google Gemini | openai_chat |
gemini-3.5-flash |
| DeepSeek | openai_chat |
deepseek-v4-flash |
| 中国科技云 CSTCloud | openai_chat |
DeepSeek-V4-Flash |
| 阿里云百炼 DashScope | openai_chat |
qwen3.6-plus |
| Kimi Moonshot | openai_chat |
kimi-k2.6 |
| 智谱 AI GLM | openai_chat |
glm-5.1 |
| 硅基流动 SiliconFlow | openai_chat |
deepseek-ai/DeepSeek-V4-Flash |
| OpenRouter | openai_chat |
openai/gpt-5.4-mini |
| 火山方舟 | openai_chat |
doubao-seed-2-0-mini-260428 |
| 腾讯混元 | openai_chat |
hunyuan-turbos-latest |
| 百度千帆 | openai_chat |
ernie-5.0 |
| ModelScope 魔搭 | openai_chat |
Qwen/Qwen3-235B-A22B-Instruct-2507 |
| Ollama | openai_chat |
qwen3:8b |
| Custom | openai_chat |
空，用户自行填写 |
默认模型用于初始化表单和命令参数示例。实际可用模型以各服务商控制台、账号权限和兼容层为准。
一次搜索通常包含四步：
- Query Generation：LLM 根据研究问题和可选学科提示生成初始查询。
- Source Search：请求 OpenAlex、Crossref 或 WoS Starter，并记录 HTTP 状态和命中数量。
- Query Refinement：若命中数过少或过多，LLM 调整查询并继续下一轮。
- Ranking & Results：将候选池交给 LLM 统一评分，输出前若干条结果。
如果启用 OpenAlex 引用扩展，PaperSeek 会从高匹配论文中选择 seed paper，加入 seed 的参考文献和被引论文，再对完整候选池统一评分。默认最大输出 50 条。
Citation Map 使用箭头表示引用方向：
A -> B 表示 A 引用了 B
图中节点来自最终结果和 OpenAlex 引用扩展记录。你可以拖动节点、缩放和平移画布，并查看节点详情。引用图适合发现关键词检索遗漏的经典文献、相邻主题和近期延伸研究。
| 变量 | 说明 |
|---|---|
DATA_SOURCE |
openalex、crossref 或 wos，默认 openalex。 |
LLM_PROVIDER |
LLM 服务商，例如 openai、deepseek、cstcloud、anthropic、ollama。 |
LLM_API_TYPE |
openai_responses、openai_chat 或 anthropic_messages。 |
LLM_MODEL |
模型名称。 |
LLM_BASE_URL |
API Base URL。 |
LLM_API_KEY |
LLM API Key；Ollama 可不填。 |
OPENALEX_API_KEY |
OpenAlex API Key，推荐填写。 |
OPENALEX_EMAIL |
OpenAlex 联系邮箱。 |
CROSSREF_EMAIL |
Crossref polite pool 邮箱。 |
WOS_API_KEY |
Clarivate Web of Science Starter API Key。 |
WOS_DB |
WoS 数据库代码，默认 WOS。 |
TARGET_MIN / TARGET_MAX |
目标结果数量范围。 |
MAX_ITERATIONS |
最大查询调整轮数。 |
EXPAND_CITATIONS |
是否启用 OpenAlex 引用扩展，默认 true。 |
FETCH_ABSTRACTS |
是否尝试从外部 DOI 元数据补摘要，默认 false。 |
CITATION_SEED_COUNT |
引用扩展 seed 论文数量。 |
CITATION_PER_SEED |
每个 seed 抓取的引用邻居数量。 |
CITATION_MAX_RECORDS |
引用扩展候选上限。 |
PAPERSEEK_HISTORY_ENABLED |
是否启用本地历史记录，默认 true。 |
PAPERSEEK_TIMEZONE |
本地历史记录时间戳时区，默认 Asia/Shanghai；Web UI 会优先使用浏览器检测到的时区。 |
PAPERSEEK_DATA_DIR |
本地数据目录，默认 ~/.paperseek。 |
PAPERSEEK_HISTORY_DB |
本地历史 SQLite 数据库路径，默认 ~/.paperseek/paperseek.db。 |
OpenAlex 可匿名访问，但推荐配置免费 API Key：
- 打开 OpenAlex 并注册账号。
- 进入 OpenAlex API settings。
- 复制 API Key。
- 在 Web UI 填写
OpenAlex API Key，或设置OPENALEX_API_KEY。
Crossref REST API 通常不需要 API Key。建议设置邮箱进入 polite pool：
export CROSSREF_EMAIL=you@example.org如果需要更高限额、优先支持或生产级 SLA，可以了解 Crossref Metadata Plus。PaperSeek 使用 Crossref 公共/Polite REST API 路径。
中国科技云大模型 API 提供 OpenAI API Compatible 接口，Base URL 为 https://uni-api.cstcloud.cn/v1。PaperSeek 内置的 provider 为 cstcloud，默认模型为 DeepSeek-V4-Flash。
API Key 获取方式：
- 打开 中国科技云 API Keys。
- 登录中国科技云统一认证。
- 登录后按页面要求输入申请信息并提交，即可获取 API Key。
- 中国科学院院内用户可使用中国科技云通行证登录，通行证通常为院邮箱账号及密码。
- 在 Web UI 填写
LLM API Key，或设置LLM_PROVIDER=cstcloud、LLM_API_KEY=your-cstcloud-api-key。
接口说明见 中国科技云大模型 API 接口使用手册。
WoS Starter 需要在 Clarivate Developer Portal 申请，通常适合已有机构订阅权限的用户：
- 打开 Clarivate Developer Portal 注册页，点击
Register。 - 建议使用机构邮箱注册，并尽量与 Web of Science 数据库账号一致。
- 登录后进入 Applications，点击
Register Application。 - 填写应用信息：
Application ID使用数字、小写字母、-或_。Application Name可写为机构或项目名称。Application Description可说明用于 Web of Science API 检索。Client Type保持默认Public: Single Page Application。- 不勾选 OAuth2.0 Flows。
- 打开 Web of Science Starter API 页面。
- 找到刚注册的 Application，点击
Subscribe。 - 按身份和机构权限选择计划。机构成员通常选择 Institutional Member 相关计划。
- 看到
Subscription approval is pending后等待审批。机构申请通常需要数个工作日。 - 获得 API Key 后，在 Web UI 填写
WoS API Key，或设置WOS_API_KEY。
WoS Starter 的权限、每日请求量和返回字段取决于订阅计划与机构授权。若遇到 HTTP 401，先检查是否使用 https:// 和正确 key；若遇到 Clarivate 返回的非标准 HTTP 512，应优先检查 Clarivate 服务状态、订阅审批和检索式兼容性。
仓库包含一个可选的 PaperSeek Skill：
skills/paperseek/
它用于指导支持 Skill 的 AI agent 正确调用 paperseek CLI 和本地 Web UI，包括数据源选择、配置诊断、JSON 结果解析和引用图边界。Skill 使用 progressive disclosure：SKILL.md 保持简短，详细命令契约放在 references/。
这个 Skill 不会随 Python 包自动安装。如果需要在 agent 平台中使用，可以手动复制或链接 skills/paperseek/ 到对应平台的 Skill 目录。
Skill 中的 launcher：
skills/paperseek/scripts/paperseek.py
只负责调用完整的 PaperSeek Python 包，不维护无依赖降级版检索实现。单独发布 Skill 时，应先安装 PaperSeek 包，或设置 PAPERSEEK_PROJECT_ROOT 指向本地源码。
PaperSeek 当前处于 alpha 阶段。CLI、Web UI、OpenAlex、Crossref、引用扩展、CSV 导出和 Skill 基本可用，但仍建议对正式研究结论进行人工复核。
欢迎贡献：
- 新数据源适配器。
- 更稳健的查询生成与排序提示词。
- 更好的引用图交互。
- Web API、CLI、provider parsing 和导出行为测试。
- 文档、示例和错误诊断改进。
贡献前可阅读 CONTRIBUTING.md。安全问题请参考 SECURITY.md。
PaperSeek 的设计和实现参考了以下开源项目：
- dr-dumpling/paper-search-cli：参考 CLI 使用方式与文献检索工作流设计。
- 666ghj/MiroFish：参考 Web 前端界面的左右分栏和工作流展示风格。
- clarivate/wosstarter_python_client：参考 Web of Science Starter API 的客户端调用方式。
- Lloyd-Jahn/openclaw-paper-search：参考文献搜索工具的组织方式。
PaperSeek 使用 Apache License 2.0 开源。