BCI公开数据集获取和使用

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BCI公开数据集获取和使用

在临床前阶段由于手头没有临床数据，希望获取一些过往临床研究的数据，这时就可以尝试寻找公开数据集。

常用数据库

目前看到的较全的数据库是DANDI Archive：https://dandiarchive.org/
另外像一些BCI竞赛也会提供公开数据集，如：https://bnci-horizon-2020.eu/database/data-sets

关于NWB格式

NWB（Neurodata Without Borders）计划旨在通过促进神经科学领域的数据标准化，提升研究可重复性和机遇。在该项目中神经生理学家与软件开发人员共同制定了细胞电生理学及光学成像实验记录与元数据的通用数据格式，实际上.nwb文件是一种特殊结构的hdf5文件。具体可参考以下资料：

• 官方文档： https://nwb-overview.readthedocs.io/en/latest/
• 论文1： 《Neurodata Without Borders: Creating a Common Data Format for Neurophysiology》
• 论文2： 《NWB:N 2.0: An Accessible Data Standard for Neurophysiology》

数据下载

当我们进入DANDI的数据集页面时，会看到右侧的下载按钮：

点击下载会弹出如下页面：

初次使用时需要先选择下方的“Don't have DANDI CLI”，安装DANDI CLI：

当通过pip安装好DANDI CLI之后，就可以使用上面的命令进行数据集下载。

数据读取和查看

python和MATLAB平台均提供相关的库可进行数据查看：

• PyNWB：https://pynwb.readthedocs.io/en/stable/tutorials/
• MatNWB：https://matnwb.readthedocs.io/en/latest/index.html
  同时也提供了如NWB Explorer和Neurosift这样的查看工具：
• NWB Explorer：https://github.com/MetaCell/nwb-explorer
• Neurosift：https://neurosift.app/