Skip to content

Theod04/python

Folders and files

NameName
Last commit message
Last commit date

Latest commit

 

History

7 Commits
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Repository files navigation

Εφαρμογή Δομικής Βιοπληροφορικής για πρόβλεψη δραστικότητας μορίων απέναντι σε πολλαπλούς πρωτεϊνικούς στόχους.
Το σύστημα χρησιμοποιεί RDKit molecular fingerprints (ECFP/Morgan) και Machine Learning μοντέλα (Random Forest / Gradient Boosting) για την ταξινόμηση μορίων ως Ενεργά ή Ανενεργά.


  • Προβλέπει δραστικότητα για πολλές πρωτεΐνες (AChE, BACE1, NMDA, MAO-A, MAO-B κ.λπ.)
  • Υποστηρίζει:
    • ✔ Μοναδικό SMILES input
    • ✔ Μαζική πρόβλεψη μέσω CSV αρχείου
  • Οπτική απεικόνιση του μορίου (RDKit)
  • Πρόβλεψη + πιθανότητα πρόβλεψης (probability score)
  • Ιστορικό προβλέψεων
  • Δημιουργία γραφημάτων για CSV mode

Μοριακή Αναπαράσταση – Morgan Fingerprints
Κάθε μόριο μετατρέπεται σε δυαδικό διάνυσμα 1024 bits χρησιμοποιώντας:

  • RDKit
  • Morgan/ECFP (radius = 2)

Αυτό το fingerprint κωδικοποιεί τη τοπολογική χημική δομή και χρησιμοποιείται ως είσοδος στο μοντέλο. Μοντέλα Μηχανικής Μάθησης
Τα μοντέλα έχουν εκπαιδευτεί σε datasets δραστικότητας και αποθηκεύονται ως: .joblib. Τύποι μοντέλων:

Random Forest Classifier

Gradient Boosting Classifier

Η πρόβλεψη δίνεται ως:

Prediction ∈ {Active, Inactive}

Probability ∈ [0–1]

About

No description, website, or topics provided.

Resources

Stars

Watchers

Forks

Releases

No releases published

Packages

 
 
 

Contributors

Languages