SWW Summer 2021

Repo for project of SCAMT Workshop Week, July 2021

Задачи на понедельник:

• Зарегистрироваться на гитхабе
• Пройти тест на знание терминов, чтобы освежить
• Сформировать SSH ключи
• Научиться прокладывать туннель до сервера
• Выбрать рабочее название тула
• Форкнуть этот репозиторий себе (подробности например тут https://github.com/aglabx/edusummer2021/blob/main/github.md)
• Выбрать тестовых животных, можно начать с кори, но нужно найти геномы из разных видов.
• Каждому реализовать кусочек кода для расчетов базовых статистик:

1. чтение фаста файла, можно использовать любые библиотеки на этом этапе
2. записаь результатов в файл
3. расчет N50
4. расчет длины
5. расчет GC
6. расчет частот нуклеотидов
7. подсчет частоты кмеров
8. поиск ORF'ов
9. частоты кодонов
10. частоты аминокислот

Разные задачки разной сложности. Выбирите по своем скиллу.