Home
Welcome to the Echinochloa_genome wiki!
scripts used in Global Echinochloa Genomes Project
- genome assembly
- scaffolding of tetraploid E. oryzicola using DipHiC
- scaffolding of hexaploid E. colona using DipHiC
- scaffolding of hexaploid E. crus-galli using DipHiC
- population structure
- variation calling
- tree, pca and structure
- selection scan
- gene flow
For any questions or more details, please contact at wudongya@zju.edu.cn.
Cite: Wu, D., Shen, E., Jiang, B. et al. Genomic insights into the evolution of Echinochloa species as weed and orphan crop. Nat Commun 13, 689 (2022). https://doi.org/10.1038/s41467-022-28359-9
https://www.nature.com/articles/s41467-022-28359-9/figures/1
Источник: Геномный взгляд на эволюцию видов Echinochloa как сорняков и бесхозных культур.
рисунок 1
Обзор рабочего процесса метода построения каркасов с использованием диплоидов (DipHiC) при сборке гексаплоидов. В DipHiC реализованы два модуля: распознавание субгеномов и построение хромосом. Информация о глубине картирования 100-меров, полученных из диплоидной сборки, в сборку гексаплоидного черновика, аллелизма контигов и межконтиговых взаимодействий интегрирована в модуль различения субгеномов. Направленные взаимодействия между контигами в пределах одного субгенома и предварительное назначение групп хромосом определяются с использованием диплоидной сборки для закрепления контигов и построения хромосом. б Особенности эталонного генома Echinochloa Colona . Хромосомы показаны на дорожке i. На дорожках ii–v показаны плотности повторяющихся элементов (ii), Gypsy (iii), Copia (iv) и плотность генов (v). Трек vi показывает синтенические блоки. Серые ссылки показывают синтенные отношения между гомологичными субгеномами. Темно-синие и красные связи показывают синтенные отношения, возникшие в результате древнего события дупликации всего генома, присущего Poaceae. в Распределение размера семейства генов NB-ARC в разных геномах Poaceae. Полные названия видов см. в дополнительных данных 1. (Суб)геномы Echinochloa выделены пунктирным эллипсом. d Филогения Echinochloa путем интеграции однокопийных генных деревьев с помощью ASTRAL. Пунктирные ветви обозначают исчезновение или неизвестный статус. «T» и «H» в зеленом и красном узлах обозначают тетраплоидизацию и гексаплоидизацию соответственно. D. exilis -A и -B, субгеномы A и B у Digitaria exilis ; Ehap, Echinochloa haploclada ; АТ и ВТ — субгеномы А и В у тетраплоида E. oryzicola ; AH, BH и CH — субгеномы A, B и C у гексаплоидного E. crus-galli ; DH, EH и FH — субгеномы D, E и F у гексаплоидной E.colona ; aA и aB — предковые диплоидные геномы субгеномов A и B. Субгеномы одного и того же вида соединены линиями с цветовой кодировкой. e Частота квартета генного дерева вокруг узла дивергенции a в филогении Echinochloa . Красный (t1) представляет топологию АСТРАЛЬНЫХ и конкатенационных видов; синие (t2) и зеленые (t3) деревья представляют две альтернативные топологии. Цветные полосы на правой панели показывают частоты трех топологий. Исходные данные предоставляются в виде файла исходных данных.
https://www.frontiersin.org/journals/plant-science/articles/10.3389/fpls.2021.773090/full
https://en.wikipedia.org/wiki/Papaver_somniferum
https://ar.culture.ru/ru/subject/golovki-maka#
https://nplus1.ru/news/2018/08/31/opium-poppy-genome
Опийный мак «научился» вырабатывать морфин 8 миллионов лет назад
https://glam-fille.blogspot.com/2019/04/2.html
Анатомия мака
me₽e'$ ©ÅmA₾ი არ მააკლოდ, სუფრიდან ნუ ააყენებთ, კრაოტი გაუთბეთ და გზაც გექნებათ მეტროცაო და ვინძლო სთარ გეითსიც გაიხსენოს თავის მშვენიერ multiples ნაშა enad [NASA] ერთადაო ვინძლოw!
ვინც კი იქ არა სწევხართ, ან დარია არ გაგიგზავნიათ ნუ ბოდიშობთ, ტყუილად რეტრანსლაცია კლიმატს აცხელებს და იონოსფეროს შლის, როგორც ზაფხულში პალტოთი სიარული, ვითარცა ვადერსტახუნი დაინახოს რო სცივადაო ... ნდე ბრაზილ, რა კარნავლები ჰქონდათ ვიდრე ... ... უსინათლოების ქვეყნად მხედველნი რომ იბადებოდნენ, ვიძმაკები არიან შამქმნელის შაურაცყოფააო და თვალებს აცლიდნენ და ძაღლებს აჭმევდნენ, უეთ რომ გვიჩვენონ გზაო ... виДьмак От 🦉 сЛов виДеть ... ვისაც არ გჯერავთ იხილედ სატელევიზიო ეპიზოდური ერიზოდური ბაბა ვოსსზე და მის გერებზე ...
ВиДЕТЬ
SEE
http://wwwchem.uwimona.edu.jm/spectra/index.html
