mendelian‐r
Welcome to the mendelian-r wiki!
on Physic Cemie d'wordginal Pycckuü (₽_Russian):
Менделёвская РандомизациR
Менделевская рандомизация (МР) — это процесс, который подразумевает случайную сегрегацию и распределение генов от предков к потомству, происходящее во время формирования гамет, и представляет собой метод использования генетических вариантов для получения случайных выводов относительно связи между воздействием и результатами. Этот пакет обеспечивает функциональность для следующих операций: Рассчитайте стандартное отклонение от effectsize или логарифмического нечетного счета, если он отсутствует. mr.calculate.se() Группировка, для обрезки SNP, которые находятся в неравновесном сцеплении (LD). Также предоставляется метод поиска прокси-SNP для замены SNP, которые находятся в LD. mr.clump() Q-тест Кохрана для определения SNP, которые перекрывают модель или вносят плейотропные эффекты. mr.cochran.Q.test() Метод рандомизации Менделя Эггера (метод MR-Эггера) для оценки причинности, проверки причинности и для проверки общей плейотропии в наборе данных. mr.egger.method() Если в вашем наборе данных отсутствует аллельная информация, ее можно запросить с помощью справочного файла. mr.find.missing.allelic.information() Построение лесной диаграммы анализа MR для просмотра общего веса, который SNP вносит в исследование. mr.forest.plot() Воронкообразная диаграмма методов, используемых в анализе MR для обнаружения систематических ошибок исследования. mr.funnel.plot() Получить номер хромосомы и положение SNP. mr.get.chr.pos() Гармонизация набора данных. Выравнивание SNP, удаление проблемных SNP, например, палиндромных SNP, несовпадающих SNP и SNP с неправильной ссылкой. mr.harmonize() Метод обратного взвешивания дисперсии для усреднения оценочных соотношений. mr.inverse.variance.weighted.method() Очень модный способ построения графика результатов MR. mr.plot() Функциональность предварительной обработки данных, которая проверяет набор данных на отсутствующие аллели, отсутствующие бета-коды, выбирает значимость для всего генома, удаляет дубликаты и удаляет аллели, из которых невозможно измерить направление. mr.pre.process() qq-график для распределения p-значений выбранного метода. mr.qq.p.distribution() Нормальный qq-график для построения графика теоретических квантилей в сравнении с нормальными квантилями. mr.qq.plot() Удалить определенный регион в хромосоме. mr.remove.region() Выполните wald-ratio для получения причинно-следственной оценки на основе регрессии воздействия на генотип и регрессии результата генотипа. mr.wald.ratio() Тестовые данные для апробации пакета.
källan, klick på bild:
