2photon_pipeline

install

install essential packages

pip install -r requirements.txt

pre-commit install

For developers, you should install pre-commit to format your code

pip install pre-commit
pre-commit install

Usage

launch GUI

python main.py

Settings

1. Select Light Field

• None: 只进行拼接，不进行光场矫正

• Estimate: 旧的光场估计方法，先进行高斯模糊后利用小图进行估计，可能需要手动调整bias以达到更好效果

• NaiveEstimate(Recommended): 新的光场估计方法，利用像素合成后进行估计，加入了自适应降噪，但是对于部分花纹状噪声较多的图像，即使在降噪后上下两端还是会有一定的残留影响图像质量。因此，可以选择调整bias，通常设为bias=0.6即可，如果上下边缘还是有较明显的亮线，可以再适度调大，例如bias=1

• BaSiC: 集成 BaSiC 算法，代码详见 https://github.com/peng-lab/BaSiCPy