study-template

File structure for creating a new neuroimaging study.

Start by cloning this repo to the server in the projects directory

cd /data00/projects
git clone https://github.com/cnlab/study-template.git

Once cloned, rename the study_template folder for your project and remove git tracking.

cd /data00/projects/[project name]
rm -rf .git

Core scripts in the CN lab pipeline are in /data00/tools/cnlab_pipeline.

Repo file structure

├── data
│   ├── behavioral
│   ├── bids_data
│   │   └── derivatives
│   │       ├── DWI
│   │       ├── FC
│   │       ├── MVPA
│   │       ├── PE
│   │       ├── PPI
│   │       ├── ROI
│   │       ├── fmriprep
│   │       ├── freesurfer
│   │       ├── nipype
│   │       ├── rsfMRI
│   │       └── sMRI
│   └── task_logs
└── scripts
    ├── BIDS
    ├── DICOMS
    ├── DWI
    ├── FC
    ├── FMRIPREP
    ├── L1
    	└── motion
    ├── L2
    	└── thresholding
    ├── MVPA
    ├── PE
    ├── PPI
    ├── ROI
    ├── behavioral
    ├── rsfMRI
    └── sMRI