fix: rispetta mode all ed explicit nel clean

[Gabrymi93]

Obiettivo

Closes #20
Correggere la selezione degli input RAW nel layer clean quando il dataset usa casi multi-source.

In alcuni casi, la presenza di primary_output_file nel manifest RAW finiva per scavalcare il comportamento richiesto da:

• clean.read.mode: all
• clean.read.mode: explicit

Problema

Il risultato era che il clean poteva leggere un solo file RAW anche quando il config chiedeva esplicitamente:

• tutti i file candidati (all)
• oppure una selezione esplicita via include / exclude (explicit)

Questo comportamento è emerso su un caso reale nel filone SIOPE in fase di test, ma il bug è generale e non dipende dal dataset.

Cosa cambia

Il fix mantiene il comportamento standard nel caso semplice, ma evita che primary_output_file scavalchi:

• mode: all
• mode: explicit

In pratica:

• latest continua a usare la logica standard
• largest continua a usare la logica standard
• all legge tutti i file selezionati
• explicit rispetta include / exclude

File toccati

• toolkit/clean/input_selection.py
• tests/test_clean_input_selection.py

Test

Eseguiti:

py -m pytest tests/test_clean_input_selection.py