DSH | Paper Library | 文献管理、AI 阅读、知识整理与论文写作

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非官方项目，由社区成员独立开发和维护。

项目地址 Mappedinfo/dsh-paper-library · 安装与使用 · 独立画板

Paper Library 是 DeepSeek Harness 里的本地文献与研究工作台。 它把文献收集、PDF 阅读与批注、AI 对话、知识整理、文献画板和 LaTeX 写作放在同一个插件里。

日常使用可以从一篇 PDF 开始。把论文导入文献库，阅读时留下批注，把需要追问的段落带进这篇论文的 DSH 对话；读过的文献按项目组织，把概念和证据放到图谱或画板，最后在 LaTeX 工作台里继续写作。论文、数据集、引用和阅读记录都可以在这个过程中反复使用。

插件独立于 Zotero 运行，也支持导入 Zotero 导出的资料；复用 DSH 的模型服务、会话和 Web 认证，无需修改 Harness 源码。

文献收集、管理与引用

把 PDF 拖进窗口，或粘贴公开论文链接、DOI、arXiv 地址，就能开始整理文献。支持多 PDF 顺序导入，以及 JSON、RIS、BibTeX 等元数据导入；已有 Zotero 导出资料也可以带进来。

文献库可以按标题、作者、年份、DOI、引用键、标签和摘要检索，展开表格后继续排序、编辑资料、补全公开元数据。阅读项目用于管理不同主题，一篇论文可以属于多个项目。已有 PDF 目录也可以通过可选的外部文献源接入，首次批注时才生成管理副本。

引用方面支持 APA 7 富文本与纯文本、BibLaTeX 导出，也能生成 references.bib，检查引用键和 DOI 冲突。缺失的作者、日期等信息会保留为待核对项。

PDF 阅读、批注与论文对话

阅读器支持连续滚动、缩放、全屏和可调整宽度的侧栏。高亮、下划线、删除线、便笺与评论写入管理副本 PDF；文中批注与侧栏条目可以互相定位。批注随 PDF 导出，导入的原文件保持不变。

每篇论文有自己的 DSH 对话。可以选择几条批注、补上临时选文，一起放进主输入框，再写问题发送；插件内与 DSH 主页面使用同一段历史。关联的 AI 回复可以保存在对应批注下，明确标为 AI 内容，回看时仍能找到当时引用的原文。

可选的 实时伴学 会在保存带文字评论的批注后回应释义、追问或联想。选文还可以直接翻译、优化表述，难词本保留原句、论文出处和可编辑释义。

从阅读记录到知识、证据与数据集

有文字层的 PDF 可以交给 DSH 分批阅读全文，生成带出处的知识图谱、精读笔记和评审草稿。读者可以查看原文与已知页码，核对主张、方法、数据和证据之间的关系，再选择材料加入论文对话。AI 产出始终是待核对内容。

知识笔记、证据图谱和手工关系可以分别维护。针对明确选中的文献，也提供研究难点候选提取、跨篇主题复核与导出，便于把后续阅读问题整理出来。

数据集有独立条目、版本、文件登记和引用信息，可与论文建立提及、使用、发布等关系并附上证据。本地 CSV、TSV、JSONL 提供有界样本预览，适合先核对字段和内容，再决定如何使用数据。

用文献画板组织多篇论文

画板支持文本、便签、形状、连线、撤销重做与自动排版。可以把文献作为节点加入，同一张画板关联多篇论文或多个阅读项目，双击文献节点回到阅读器。

画板可以导入导出 Mermaid 子集和 draw.io 文件，也有可读的 JSON 源文件。把画板放进 DSH 对话时，会固定当时的内容供模型引用；AI 新增或修改的节点标为提议，由读者审阅接受。

下图只展示通用学习方法：阅读一段材料、想清楚、写下来，再带着问题返回阅读。前三步各关联一篇合成练习文档。

同一套画布也提供独立网页版本，可以先体验画图和排版。独立版不连接文献库或 DSH 模型，长期保留内容请导出 JSON。

在 LaTeX 工作台继续写作

工作台采用源码与 PDF 并排布局，支持登记已有论文项目或创建新项目、保存、调用本机 TeX 编译、查看错误和历史差异。DSH 写作协作使用同一套可收起的阅读侧栏。

可以把当前源文件或选中片段交给 DSH 提问，也可以生成修改提案，检查具体替换内容后再接受写入。编辑和 AI 改动都检查文件修订，避免覆盖另一窗口已经保存的内容。编译需要本机安装 latexmk 和相应 TeX 引擎。

用笔把想法留在原文旁

在这些阅读与批注功能之上，插件还支持 关联手写。先高亮一句话，再点侧栏这条批注的「手写」，直接在原 PDF 上写字、圈图和画箭头；顶部也保留自由手写。笔迹与批注一起保存，保留它们在页面上的位置关系。

关联手写时，停笔约 1.5 秒后自动暂存；点「完成手写」立即回到之前的标注工具，保存继续在后台进行。状态和操作合并在固定的一行中，落笔或自动保存不会再把页面往下推。

查看手写预览、跳回原页与转文字

批注卡片显示原笔迹预览。点摘录回到原文，点预览回到手写位置，目标短暂描亮；看完可以返回刚才的阅读位置。页面笔迹保存为标准 PDF Ink，并保留与高亮的关联。

接入 DSH 视觉模型后，可以在结束手写后自动转文字并校对，原笔迹继续保留。识别会把笔迹图片发送给当前配置的 DSH 视觉模型。

手写按 Apple Pencil 随航阅读场景开发，目前以 Chrome 验证。笔与手指能否分开识别取决于系统和浏览器事件；物理 Pencil／随航、Safari 和 Electron 仍需设备验证，当前没有压感、双击或挤压切换工具。完整手写说明

安装、存储与适用范围

安装后从 DSH 右侧面板打开「文献库」或「画板」。插件提供文献、引用、批注、画板等工具和配套技能，可以在 DSH 会话中直接调用；设置中的偏好与插件界面共用。

完整体验本文展示的当前功能，请按 README 安装 main 源码。 截至 2026-10-04，npm 的 @mappedinfo/dsh-paper-library@0.2.2 已发布，但不包含这轮手写更新。源码安装需要 Node、Python、uv 和已构建的本地 DSH checkout。

资料和状态保存在运行 DSH 的本机；使用模型功能时，相应原文、批注或稿件会提交给已配置的 DSH 模型服务。PDF 处理按需运行，阅读时只渲染附近页面；没有常驻向量模型，不会在后台自动解析现有全库 PDF。自动整理针对导入或选中的论文，扫描页尚无全文 OCR。元数据检索、AI 草稿和真实模型质量的验证范围见验证记录。

本文截图使用合成文献、图示与稿件。当前公开演示仅采用通用阅读、思考与写作方法；手写截图使用程序输入的演示笔画，截图不代表真实模型输出质量或物理 Pencil 测试。截图来源与复现

原创代码采用 MIT；默认 PyMuPDF、citeproc 运行时涉及 AGPL，CSL 资源保留 CC BY-SA，详见第三方许可。

欢迎把 Paper Library 用到日常收集、阅读、整理和写作中，也欢迎反馈哪个环节还不顺手。

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v0.1.0 已发布 · Release · CHANGELOG

首帖之后插件完成了多轮更新，这里同步一下当前状态（仍然是非官方、社区维护、源码安装，尚未发布到 npm）。

阅读与批注

• 阅读区与批注栏可自由缩放：中间分隔条可拖动无级调整侧栏宽度（160–720 px，方向键可微调），PDF 随之自动重新适配。
• PDF 任意缩放：默认全宽自适应，可用 −／＋ 或直接输入 25–400% 的百分比，放大后横向滚动，渲染密度随缩放提高以免文字发虚；宽度与缩放保存在主机，刷新或换浏览器后恢复。
• 文中批注与批注栏双向联动：点击文中的批注标记会定位并高亮批注栏里对应条目，点击条目则滚动到文中该批注并闪示；拖选文字仍优先走批注流程，不受影响。

自动化与知识

• 后台自动整理：有界并行（默认同时 2 篇，可配 1–4），按小批次读取全文并逐批落盘；完成后会生成一份结构化的精读笔记草稿（一句话概括、研究问题、核心主张附页码、方法与数据、主要结果、局限与疑点、证据等级、待核实与未覆盖），状态为待核对。
• 实时伴学（可选，默认关闭）：保存或修改带评论的批注后，用本篇论文当前的 DSH 模型按连续阅读方式回应，答复写回 PDF 源批注下；同类问题在 1.8 秒内合并，未完成的任务重启可恢复，不确定的生成不会默默重试。
• 知识工作流：数据结构化编码为可审阅草稿，并新增只读的「结构检查」，列出无支撑主张、孤立节点、未被引用的证据等问题，只报告不自动修改。
• 构建引用库：一键写出 references.bib 与身份审计（引用键冲突、DOI 重复、缺失字段、受管 PDF 核对），缺 DOI 的条目区分「有页面链接可补全／只能手工」；可选按 DOI 逐字段核验题名、年份、期刊与第一作者，冲突会同时保留目录值与登记值，只比较、不回写。
• 可选元数据兜底：可接自部署的 Zotero translation-server（仅回环地址）作为补充供应层，主路径取不到时重试，候选仍须通过精确 DOI／题名核对；该服务不随插件打包或启动，插件只发送标识符与公开链接，不发送 PDF 正文、批注或草稿。

范围没有变化的部分

• 仍无全库扫描、无后台 OCR、无向量／全文检索；扫描件与图像不计入结论。
• AI 生成内容一律标记待审阅，不编造作者、日期或 DOI。
• 容量验证仍是约 2,000 条记录 / 1,000 个小型合成 PDF；未验证真实大库、WPS 保存往返与提供商输出质量。
• 原创代码 MIT；默认 PyMuPDF、citeproc 运行时涉及 AGPL，CSL 资源为 CC BY-SA，可选的 Zotero translation-server 为 AGPL-3.0（由使用方单独运行）。

验证

当前通过 405 项 JavaScript 与 193 项 Python 测试，以及真实 Chromium 浏览器流程和原生 DSH 集成回执；全部使用合成文档，未发起真实提供商请求。范围与复现方式见 docs/validation.md。

安装方式与首帖一致（源码注册到目标 profile，重启 DSH 后从右侧面板打开）。欢迎继续反馈导入失败的文件类型、批注兼容性，以及长时间阅读与整库整理时的表现。

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v0.2.0 已发布 · Release · 变更记录

首帖之后插件又完成了 35 个提交，这里同步一下当前状态（仍然是非官方、社区维护、源码安装，尚未发布到 npm）。

阅读与批注

• 两种阅读模式（新增「选文后」切换）：默认「勾选后提问」保持原流程 —— 拖选文字后写下问题或评注；新增「自动着色」—— 拖选即按当前颜色直接写成自然批注、不弹对话框，符合“先勾画、再阅读/提问”的习惯。模式、颜色与着色类型随阅读布局持久化，刷新后保留。
• 取色器与渲染颜色一致：选区高亮此前是固定蓝/黄、批注回看闪示固定青色，与取色器无关；现在选区跟随所选颜色，闪示使用该批注自身的 PDF 颜色，颜色与模式经单一写入队列持久化（旧实现并发读改写会撞修订号并弹出保存重试条）。
• 精确选文：隐形文字层此前与栅格文字不对齐（实测偏宽 18–34 px，词尾空格还压到下一个词上），拖选会命中相邻词、按词框裁剪又会丢掉浏览器已高亮的文字。现在每个词按 scaleX 精确贴合自己的词框，词间与行尾补上空格命中区；取文改为按选区切片、绝不丢弃已选中的字，预览完整显示多行选文。
• 换行拼接：跨行选择不再凭空多一个空格（中文 PDF 一行常被抽取成一个“词”，此前每处换行都会多一个空格）；拉丁词同行保留空格，换行处不加分隔符，measure- + ment 仍是 measure-ment。
• 多条批注的 AI 回复各归其位：此前一次为多条批注请求反馈，会把整段回答写在每一条批注下；现在模型按批注逐条回复，每条只写回自己的批注（PDF 原生 /IRT），未回答的批注会被标出而不是拿别人的答案填充；模型若仍返回合并答案则只保存一条并提示。

阅读项目与文献画板

• 阅读项目：目录数据库新增 projects / project_papers（多对多）与归档表，一篇文献可同时属于多个项目。文献库顶部新增项目栏，可新建／编辑／归档，选中项目后列表只显示其成员并与搜索、排序、分页组合；画板也能关联项目。关联只增删边，移出项目不删除、不归档文献。
• 文献画板：库 web 界面新增「画板」视图。SVG 自由画布支持平移缩放、文本/便签/矩形/椭圆/菱形节点、拖拽与改尺寸、连线（直线/折线/箭头/虚线、可插拐点）、多选、撤销重做；把文献拖上画布即成为绑定 paper.id 的节点，双击回到阅读器；勾选多篇可一键生成思维导图。
• 确定性排版与可读源文件：分层树（lr/tb/rl/bt）、放射思维导图、分层图 DAG 三种自动排版；内容与样式可落到可读的 board.json / board.style.json，可生成、编辑、校验。
• AI 可读写画板：新增 library_board 工具，模型新增/修改的节点与连线标记为待评审，只有读者能接受 AI 改动。
• 独立侧栏入口：同一个插件注册两个右栏标签类型 —— 「文献库」与「画板」，开始页面会列出两张入口卡片，可与文献库标签并排。

研究难点挖掘（P1–P4，可选）

• P1 候选扫描（无模型）：显式选择 1–50 篇，按小节边界做触发词/句式扫描，输出带真实页码与命中规则的候选段落；零模型调用、零网络。
• P2 单篇受限抽取（模型）：候选冻结为不可变来源，经隔离子代理产出难点记录（gap/question + 来源状态 + 逐字证据），保存为待核对草稿；引用校验失败不落盘、重复请求不重放。
• P3 跨篇主题聚合（确定性优先）：归一化标签聚合成语料级主题，给出覆盖篇数、年份分布、来源状态计数与代表引用；相似标签只给待审合并建议，接受/否决/合并均需人工复核。
• P4 复核、对照与评审包：结构检查按稳定代码报告缺证据/单篇/仅推断等问题；可与自有清单（粘贴文本或本地 .md/.txt/.json/.csv/.bib，记录来源与日期）做确定性覆盖对照并列出缺口；导出 challenges.csv / .md / .bib 与人工评审包。

范围没有变化的部分

• 仍无全库扫描、无后台 OCR、无向量／全文检索；扫描件与图像不计入结论。
• AI 生成内容一律标记待审阅，不编造作者、日期或 DOI；难点与主题一律从「待核对」起步。
• 容量验证仍是约 2,000 条记录 / 1,000 个小型合成 PDF；未验证真实大库、WPS 保存往返与提供商输出质量。
• 原创代码 MIT；默认 PyMuPDF、citeproc 运行时涉及 AGPL，CSL 资源为 CC BY-SA，可选的 Zotero translation-server 为 AGPL-3.0（由使用方单独运行）。

验证

当前通过 485 项 JavaScript 与 220 项 Python 测试，以及真实 Chromium 流程与原生 DSH 集成回执：阅读器 24 流程、选文精度 8 项、批注模式 7 项、AI 反馈 4 项、研究难点浏览器 10 项与原生宿主 7 项、阅读项目 9 项、画板 28 项。全部使用合成文档，未发起真实提供商请求；范围与复现方式见 docs/validation.md。

安装方式与首帖一致（源码注册到目标 profile，重启 DSH 后从右侧面板打开）。欢迎继续反馈导入失败的文件类型、批注兼容性，以及长时间阅读与整库整理时的表现。