WorkshopPython

Análisis de Datos Biológicos con Python & Biopython

"I wrote 20 short programs in Python yesterday.
It was wonderful. Perl, I am leaving you." Randall Munroe, XKCD

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1. Primeros pasos en Python
   • Métodos y funciones
   • Documentación: docstrings
   • Tipos de objetos básicos: int, float, str, list, dict, set
   • Estructuras de control: if, for, while
     • List comprehension
2. Construcción de pipelines
   • Ejecutando programas externos: subprocess
   • Obteniendo archivos de la web: urllib
   • Manipulación de archivos de texto
     • Expresiones regulares: re
   • Scripts con Python
     • Entrada por línea de comandos: argparse
     • Testeo & documentación: doctest and docstrings
3. Análisis de datos de manera interactiva
   • Análisis de datos biológicos: Biopython
     • BioSeq
       • Slicing
     • Escritura de archivos & secuencias: SeqIO
     • Lectura de archivos & gráficos: matplotlib
     • Lectura de archivos PBD
       • Cálculo de contactos
   • Manejando números: NumPy
   • Tablas de datos: PANDAS
     • Datos en grupos
     • Datos faltantes
     • Análisis de Normalidad

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Más recursos

1. Libros (versión online)
   • Think Python
     • Think Python Vocabulary
   • Learn Python the Hard Way
   • Automate the Boring Stuff with Python
2. Cursos
   • Coursera - An Introduction to Interactive Programming in Python (Part 1) + (Part 2)
   • Coursera - Python for Everybody Specialization
   • Codecademy - Python
   • edX - Introduction to Python for Data Science
   • Google's Python Class
3. Ejercicios
   • Practice Python
   • Project Euler
   • Python Challenge