2025年度先進ゲノム支援(PAGS)、DDBJ合同 中級者情報解析講習会

概要

• 日時：
  2026年2月20日（金）10：00 ～ 16:00
• 会場：
  オンライン開催(Zoom webinar)

スケジュール：

【2020年2月20日】

• 10：00～10：05　冒頭挨拶 遺伝研 黒川顕
• 10：05～10：30　1. Jupyter notebook の使い方 遺伝研　谷沢靖洋
• 10：30～11：00　2. Numpy　遺伝研　黒川真臣
• 11：00～11：45　3. 表形式ファイルの処理（Pandas）　遺伝研　坂本美佳
• 13：00〜13：50　4. Pythonを用いた基礎的なシングルセルRNA-seq解析　遺伝研　望月孝子
• 14：00〜15：30　5. 生成AIを用いたプログラミング等　遺伝研　森宙史

プログラム実行環境の準備

本講習会では Linux/Mac 環境で miniforge (mamba) を使って必要なライブラリをインストールして実行することを想定しています。
Windows をご使用の場合、WSL2 を使った Linux 環境か Linux の仮想マシンで実行環境を用意してください。

miniforge 仮想環境へのインストール

miniforge は公式ウェブサイトの手順等に従ってインストールしてください。miniforge のかわりに Anaconda、miniconda、micromamba 等を使っても構いません。

• 仮想環境の作成 pags2025 という名称で仮想環境を作成し、Python 3.12 をインストールします。Anaconda/miniconda を使用している場合には mamba コマンドの代わりに conda コマンドを使用してください。

mamba create -n pags2025 python=3.12
# 仮想環境の有効化
mamba activate pags2025

仮想環境から抜けるには mamba deactivate を実行します。

• モジュールのインストール 仮想環境 pags2025 を有効化した状態で行なってください。

mamba install -c conda-forge jupyter
mamba install -c bioconda biopython
mamba install -c conda-forge matplotlib-venn
mamba install -c conda-forge scanpy python-igraph leidenalg
mamba install -c conda-forge scikit-misc

• Jupyter notebookの起動

# ソースコード取得
git clone https://github.com/genome-sci/python_bioinfo_2025.git

# ディレクトリに移動
cd python_bioinfo_2025

# jupyter notebook起動
jupyter notebook

起動すると自動でWebブラウザが立ち上がります。 Webブラウザが立ち上がらない場合には、http://localhost:8888/ にアクセスしてください。

Docker を利用する場合

# ソースコード取得
git clone https://github.com/genome-sci/python_bioinfo_2025.git

# ディレクトリに移動
cd python_bioinfo_2025

# コンテナイメージをビルド (pags:2025という名称のイメージを作成します)
docker build -t pags:2025 .

# jupyter notebook 起動
docker run -it --rm -v $PWD:/python_bioinfo_2025 -p 8888:8888 pags:2025

# コンテナ内でコマンドを実行する
docker run -it --rm -v $PWD:/python_bioinfo_2025 -p 8888:8888 pags:2025 bash

Jupyter notebook を開くには起動後、ウェブブラウザから http://localhost:8888 を開いてください。