docs(cli): setupDatabase.php を canonical、initSQLite.php を legacy として明文化する (#294)

[hideyukiMORI]

Summary

• 新規 `docs/development/cli.md`: 両 CLI の役割、option 群、idempotency、schema 3-way 重複への cross-ref、`composer setup` ショートカットを一括説明。
• `docs/deployment/server-install.md` 更新: "Confirmed Short Path" と "SQLite Option" を `setupDatabase.php` 先頭にリストラ。`initSQLite.php` は backwards-compat 用として後置 (削除はしない)。
• SQLite case でも canonical installer を `NENE_DB_TYPE=SQLite3` で使うパターンを示す。
• FT6 finding F-1 への対応 (closes docs(cli): setupDatabase.php を canonical installer、initSQLite.php を legacy として明文化する (F-1 from FT6) #294)。

Related

• 関連 FT6 follow-ups: docs(database): schema が 3 箇所に重複していることを明文化する (F-2 from FT6) #295 (schema 3-way parity docs), fix(cli): initSQLite.php に --yes / --help flag を追加する (F-3 from FT6) #296 (initSQLite --yes/--help), fix(cli): setupDatabase.php で --env=PATH 指定時にファイル不在を error にする (F-4 from FT6) #297 (--env=PATH strict), feat(composer): composer setup shortcut を scripts に追加する (F-5 from FT6) #298 (composer setup shortcut) — それぞれ別 PR で landed/inflight、本 PR で cross-ref。

Test plan

• markdown rendering で見出し階層が崩れない
• 内部リンク (`docs/development/docker.md`, `docs/deployment/server-install.md` への back-ref) が resolve する
• `docs/review/database.md` (docs(database): schema が 3 箇所に重複していることを明文化する (F-2 from FT6) #295 で 3-way に更新済み) と整合

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