Skip to content

iampuero/RetinalPredictability

Folders and files

NameName
Last commit message
Last commit date

Latest commit

 

History

4 Commits
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Repository files navigation

RetinalPredictability

📄 Código de memoria ⭐

Datos Analizados

Los datos utilizados contienen las matrices de tiempos de disparo de 4 retinas bajo 6 condiciones distintas.

Índice Código Detalle
0 issa Oscuridad Inicial
1 ifsa Luz Inicial
2 wn White Noise
3 nm Natural Movie
4 ffsa Luz Final
5 fssa Oscuridad Final

Esta matriz de tiempos de disparo es binarizada en base a un tiempo de intervalo entre los 1[ms] a 10[ms].

Para obtener una matriz con los estados binarizados de disparo de cada neurona en el tiempo.

Estructura de Carpetas

  • Code - Códigos en python
    • External - Librerías externas (JITD)
    • MatlabIsing - Implementación de Ferrari MaxEnt (Matlab)
      • {-|mi|r}{Models|Rasters}
      • _ - Selección aleatoria por cada número de neuronas
      • mi - Selección en base a ranking de MI
      • r - Selección en base a coeficiente R^2
    • PyIsing - Impementación de Herzog de MaxEnt (Python)
  • Data - Datos guardados
    • Graphs - Grafos generados
    • PreComputed - Medidas pre-computadas para cargar
      • AIS - Active Information Storage
      • H - Entropy
      • MI - Mutual Information
      • TE - Transfer Entropy
    • Sparse - Guardado de matrices Numpy-Sparse
  • Documents - Documentación del trabajo

Formato de Archivos

Los archivos creados tienen la siguiente estructura:

E<experimento>_C<condicion>_T<binT>.npy

Donde la ubicación del archivo determina su contenido.

Notas

  • Se debe colocar el archivo de rasters en la carpeta Data spktimes_4_exps_6_conds.mat para la generación en caliente de los datos pre-computados

Software Recomendado

  • Python 3.5+ para la ejecución del código
  • Jupyter para la visualización de los ipython notebook
  • Typora para la visualización de los archivos .md
  • Gephi para la visualización de los grafos
  • JITD, incluído en el repositorio (cálculo de métricas de TI)

About

No description, website, or topics provided.

Resources

License

Stars

Watchers

Forks

Releases

No releases published

Packages

 
 
 

Contributors

Languages