New chapter "Mixed models" #104
Conversation
|
thanks a lot !! I'm currently travelling but will review it next week |
|
Un grand merci. Je fais un merge, teste la compilation et je relis |
larmarange
left a comment
larmarange
left a comment
There was a problem hiding this comment.
- la commande
lattice.options(default.theme=brewer.theme)ne fonctionne pas. Faut-il un package spécfique pour que ce thème soit disponible ? - il manque une équation ligne 427 et une autre ligne 575
- ATTENTION : calling lmer with 'family' is deprecated; please use glmer() instead
- éviter l'usage de .Last.value (problème avec le cache de knitr a priori)
- serait-il possible de traduire les schémas en français ?
- lorsqu'une fonction est appelée dans le code, il serait bon qu'elle soit rapidement présentée (avec mention de son package) dans le texte, afin qu'elle soit dans les index
- ligne 100 : équation non rendue dans le HTML. idem avec les équations suivantes (bug à identifier)
- de manière générale, le chapitre est très technique et mériterait d'être plus accessible et plus pratique quand à la mise en oeuvre des modèles (dans telle situation, je fais appel à telle fonction par exemple)
|
|
||
| Le modèle considéré s'écrit : | ||
|
|
||
| $$ |
| ```{r} | ||
| library(lattice) | ||
| library(gridExtra) | ||
| lattice.options(default.theme=brewer.theme) |
There was a problem hiding this comment.
ne fonctionne pas sur mon PC. Faut-il un package spécifique ?
| ``` | ||
| Quelle est la différence entre cette approche et la précédente ? Dans le cas du modèle mixte, on utilise une approche conditionnelle, d'où la nécessité de spécifier la distribution des effets aléatoires (dans ce cas précis, uniquement les intercepts individuels). Le modèle s'écrit : | ||
| $$ |
| gee.fit3 <- geeglm(resp ~ as.factor(age) + smoke, id = id, | ||
| data = ohio, family = binomial, | ||
| corstr = "exch", scale.fix = TRUE) | ||
| if (require(doBy)) esticon(gee.fit3, c(0, -1, 0, 1, 1)) |
There was a problem hiding this comment.
ATTENTION : si doBY n'est pas installé, la commande .Last.value$Estimate provoque une erreur. Mieux vaut forcer le recours à doBY
| data = ohio, family = binomial, | ||
| corstr = "exch", scale.fix = TRUE) | ||
| if (require(doBy)) esticon(gee.fit3, c(0, -1, 0, 1, 1)) | ||
| exp(.Last.value$Estimate) |
There was a problem hiding this comment.
De manière plus générale, ne pas utiliser .Last.value dans des rapports md, car on peut avoir des erreurs avec le sytème de cache.
|
|
||
| Le premier modèle, qui suppose les observations indépendantes, ne supprime pas la variance entre sujets (presque 78~\% de la variance résiduelle). Les deux modèles suivants, `M2` et `M3`, incorpore chacun des effets spécifiques aux sujets : | ||
|
|
||
| $$ y_{ij} = \mu + \text{subject}_i + \text{pilltype}_j + \varepsilon_{ij},\quad \varepsilon_{ij}\sim{\cal N}(0,\sigma_{\varepsilon}^2). $$ |
There was a problem hiding this comment.
équation pas rendue correctement quand on générère le HTML
|
Pour faire des corrections, le mieux est de récupérer la dernière version du data repository et d'ouvrir une nouvelle pull request. Merci |
|
Merci pour la relecture et les précieux commentaires ! Je m'occupe des corrections, incluant le fix pour |
|
Surtout, n'hésite pas à "kniter" le chapitre de ton côté pour voir le rendu |
|
My bad, was too lazy ;-) |
2 participants
Two separate commits for this two-part chapter, plus a minor fix.
Cheers,
-- chl